PharmaDiff：以3D药效团为条件的扩散模型用于配体从头设计

作者提出 PharmaDiff，一个以药效团为条件的扩散模型，用于生成三维分子。该模型采用基于 transformer 的架构，把原子层面的三维药效团表示融入生成过程，从而生成与预设药效团假设相符的三维分子图。测试显示，PharmaDiff 在匹配三维药效团约束上优于基于配体的药物设计方法；在基于结构的药物设计中，它无需靶点蛋白结构，就能在多种蛋白上取得更高的对接分数。作者认为，把药效团建模与三维生成技术结合，可为理性药物设计提供灵活框架。该工作发表于 Journal of Chemical Information and Modeling。