四款共折叠模型配体定位与蛋白构象脱钩
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四款共折叠模型配体定位与蛋白构象脱钩
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AI 综述
《Journal of Chemical Information and Modeling》刊出的基准评测显示，AlphaFold3、RoseTTAFold3、Boltz-2 和 Chai-1 四个蛋白-配体共折叠模型存在系统性脱钩：配体定位正确，并不代表周围蛋白构象预测准确。 研究以激酶和 Class A GPCR 为测试体系，选用所有模型训练截止日期之后发布的复合物，并加入一个更早的核苷酸结合结构作为对照。结果显示，即使配体 RMSD 很低，激酶激活环、DFG/DYG 几何以及 GPCR 的 ICL3 等定义状态的结构特征仍常被误判；共折叠会围绕配体自适应重塑正构口袋，但这种局部适应很少传递为正确的整体构象。作者称，测试集中唯一的别构复合物在所有模型下均被放错，即使给出明确引导也是如此。
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最新进展10月21日 00:01
基准评测显示蛋白-配体共折叠模型的配体定位与蛋白构象准确性相互脱钩报道时间线
沿着报道，了解事件的不同侧面。
10月21日
- Journal of Chemical Information and Modeling精选基准评测显示蛋白-配体共折叠模型的配体定位与蛋白构象准确性相互脱钩
研究对 AlphaFold3、RoseTTAFold3、Boltz-2 和 Chai-1 四个共折叠模型进行基准评测，发现配体定位正确与周围蛋白构象预测准确之间存在系统性脱钩。作者以激酶和 Class A GPCR 为测试体系，选用所有模型训练截止日期之后发布的复合物，并加入一个更早的核苷酸结合结构作为对照。结果显示，即使配体 RMSD 很低，激酶激活环、DFG/DYG 几何以及 GPCR 的 ICL3 等胞内构象等定义状态的结构特征仍常被误判；共折叠会围绕配体自适应重塑正构口袋，但这种局部适应很少传递为正确的整体构象。
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还没有足够的连续观测数据，暂不绘制趋势。