Journal of Chemical Information and Modeling·· 4 小时前精选AI 评分78
基准评测显示蛋白-配体共折叠模型的配体定位与蛋白构象准确性相互脱钩
Benchmarking Protein–Ligand Cofolding Models: Correct Ligand Placement Is Decoupled From Accurate Protein Conformation
AI 导读
研究对 AlphaFold3、RoseTTAFold3、Boltz-2 和 Chai-1 四个共折叠模型进行基准评测，发现配体定位正确与周围蛋白构象预测准确之间存在系统性脱钩。作者以激酶和 Class A GPCR 为测试体系，选用所有模型训练截止日期之后发布的复合物，并加入一个更早的核苷酸结合结构作为对照。结果显示，即使配体 RMSD 很低，激酶激活环、DFG/DYG 几何以及 GPCR 的 ICL3 等胞内构象等定义状态的结构特征仍常被误判；共折叠会围绕配体自适应重塑正构口袋，但这种局部适应很少传递为正确的整体构象。
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来源：Journal of Chemical Information and Modeling · doi.org
推荐理由
对四个共折叠模型的基准评测显示，配体位置正确与蛋白构象准确并不一致，为结构导向药物设计提供了可迁移的评测视角。