阿联酋泛基因组及二倍体参考图谱发布
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阿联酋泛基因组及二倍体参考图谱发布
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AI 综述
阿联酋参考基因组项目(ERGP)在 Nature Communications 发布阿联酋泛基因组:包含一个基于深度多平台测序的三人家系二倍体染色体级组装,以及另外 57 个基于 HiFi 测序的高质量染色体级组装,其中 27 个为家系样本。 组装质量方面,单倍型连续性较高,N50 中位数为 151.9 Mb,碱基准确度 QV 中位数为 59.31;全部组装染色体中 31.8% 为端粒到端粒(T2T)支架,64.3% 达到染色体级连续性。这些组装构成 ERGP 人群特异性泛基因组图的基础,其捕获的变异与全球多样的 HPRC 参考图相当,同时覆盖区域富集变异。 研究团队称,将 ERGP 泛基因组用于一个独立阿联酋队列的短读长基因分型,发现与表型相关 GWAS 变异存在连锁不平衡的结构变异位点,显示基于人群图的变异推断价值。
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最新进展10月20日 08:00
阿联酋泛基因组发布二倍体染色体级参考组装报道时间线
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10月20日
- Nature Communications精选阿联酋泛基因组发布二倍体染色体级参考组装
阿联酋参考基因组项目(ERGP)发布了阿联酋泛基因组,包含一个基于深度多平台测序的三人家系二倍体染色体级组装,以及另外 57 个基于 HiFi 测序的高质量染色体级组装,其中 27 个为家系样本。单倍型连续性较高,N50 中位数为 151.9 Mb,碱基准确度 QV 中位数为 59.31;全部组装染色体中 31.8% 为端粒到端粒(T2T)支架,64.3% 达到染色体级连续性。这些组装构成 ERGP 人群特异性泛基因组图的基础,其捕获的变异与全球多样的 HPRC 参考图相当,同时覆盖区域富集变异。
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