人类基因组参考版本选择:GRCh38 用 no_alt_analysis_set
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人类基因组参考版本选择:GRCh38 用 no_alt_analysis_set
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AI 综述
Ming "Tommy" Tang 在 X 上指出,DNA-seq 分析不能"直接用 hg38",而应按参考版本选用特定参考集:GRCh38 用 no_alt_analysis_set,GRCh37 用 hs37d5。他称,ALT contig、重复的 PAR 区域和异常的染色体命名会悄悄破坏流程。 这是其个人提出的操作建议,报道未给出验证数据或适用范围说明。
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最新进展10月29日 21:00
人类基因组参考版本选择:GRCh38 用 no_alt_analysis_set报道时间线
沿着报道,了解事件的不同侧面。
10月29日
- Ming "Tommy" Tang人类基因组参考版本选择:GRCh38 用 no_alt_analysis_set
Ming "Tommy" Tang 指出,DNA-seq 分析一开始就要面对"用哪个人类基因组"的问题,"直接用 hg38"并不够:GRCh38 应使用 no_alt_analysis_set,GRCh37 应使用 hs37d5,因为 ALT contig、重复的 PAR 区域和异常的染色体命名会悄悄破坏流程。
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