PrinTE：转座子基因组扩张收缩模拟框架

研究团队在 Nature Communications 发表正向时间全基因组序列模拟器 PrinTE，可自定义转座子动态，用于找出与观测基因组最吻合的演化参数。作者称，在跨越四个数量级的模拟中，PrinTE 对转座子插入和删除速率的估计误差低于 6%。 作者在拟南芥和真菌亚门 Pucciniomycotina 上演示了该框架，包括通过转座子扩增使基因组扩大到 1,018 Mb 的桃金娘锈菌（Austropuccinia psidii）。模拟显示，仅靠基于重组的 LTR 反转录转座子清除无法阻止基因组膨胀，从一开始阻止其入侵更有效；作者据此推测 A. psidii 可能经历了长期扩张阶段，随后进入强效且仍在持续的收缩期。

AI 根据报道生成 · 2 小时前更新

还没有足够的连续观测数据，暂不绘制趋势。