PrinTE 正向模拟框架发布，用于研究转座子在基因组扩张与收缩中的作用

研究团队发布正向时间全基因组序列模拟器 PrinTE，可自定义转座子动态，用来找出与观测基因组最吻合的演化参数。在跨越四个数量级的模拟中，PrinTE 对转座子插入和删除速率的估计误差低于 6%。作者在拟南芥和真菌亚门 Pucciniomycotina 上做了演示，其中包括通过转座子扩增使基因组扩大到 1,018 Mb 的桃金娘锈菌（Austropuccinia psidii）。模拟显示，仅靠基于重组的 LTR 反转录转座子清除无法阻止基因组膨胀，从一开始阻止其入侵更有效；作者据此推测 A. psidii 可能经历了长期扩张阶段，随后进入强效且仍在持续的收缩期。