植物 microRNA 百科全书 PmiREN3.0 发布，物种扩至 340 个并加入 AI 知识服务
PmiREN3.0: a multi-omics integrated and AI-assisted encyclopedia for plant microRNA research
植物 microRNA 百科全书 PmiREN3.0 发布，物种/亚种覆盖从 179 增至 340，新增 22 个目、51 个科、108 个属。沿用此前版本的标准流程与注释标准，从 5319 个小 RNA 测序（sRNA-seq）数据集中鉴定高置信度 miRNA，miRNA 位点从 39 751 增至 87 667，miRNA 家族从 7838 增至 18 389。旧版资源与工具做了大幅更新，并新增六个模块，分别覆盖初级转录本、DNA 甲基化、RNA 修饰、胁迫响应表达、代谢通路和核心基因调控网络。
来源：Nucleic Acids Research · doi.org
植物 miRNA 数据库大幅扩充物种与位点，并新增多组学模块和 AI 问答服务，做植物小 RNA 研究可据此判断是否迁移。
MicroRNAs（miRNAs）是基因调控网络（GRNs）中关键的转录后调控因子。对miRNA的全面研究日益需要整合大规模、异质性的数据集，并需要更高效的知识探索方法。在此，我们推出PmiREN3.0，这是Plant MicroRNA Encyclopedia的一次重大更新。与PmiREN2.0相比，物种/亚种覆盖范围从179个增加到340个，新增22个目、51个科和108个属。采用与以往版本相同的标准化流程和注释标准，从5319个小RNA测序（sRNA-seq）数据集中鉴定出高置信度miRNA，miRNA位点从39 751个增加到87 667个，miRNA家族从7838个增加到18 389个。以往版本的资源和工具得到了广泛更新，同时新增了六个模块，分别涵盖初级转录本、DNA甲基化、RNA修饰、胁迫响应表达、代谢途径和核心GRNs。PmiREN3.0还推出了miRai+，这是一项由人工智能（AI）驱动的知识服务，结合了在miRNA知识上微调的语言模型与检索增强生成。评估得分为：答案相关性0.910、忠实度0.965、事实正确性0.906。总之，PmiREN3.0提供了一个扩展的植物miRNA数据集，以及一个结合多组学数据和AI辅助知识服务的集成平台，用于植物miRNA研究。PmiREN3.0可在https://pmiren.com/获取。