scSpatial 发布单细胞空间组学图谱，整合 630 个项目逾 1800 张组织切片
scSpatial: an atlas for single-cell spatial omics
scSpatial 作为单细胞空间组学（SCSO）图谱发布，整合了 630 个项目、16 种空间技术产生的 1800 多张组织切片，并把超过 2000 万个具空间位置信息的细胞注释为 173 个标准化 Cell Ontology 类型。作者指出，SCSO 数据此前分散在各自发表的论文中，缺少综合资源，因此构建了这一带专家注释和高分辨率空间映射的图谱。平台提供面向 SCSO 的分析与交互可视化，包括空间基因表达图谱、细胞类型分布图、空间可变基因、基因表达相关性和通路水平的空间活性谱。scSpatial 无需登录即可免费访问。
来源：Nucleic Acids Research · doi.org
该图谱把分散在 630 个项目中的单细胞空间组学数据统一注释并可视化，便于跨数据集比较组织空间结构。
单细胞空间组学（SCSO）通过在单细胞分辨率下同时实现分子表征和空间定位，重塑了空间分析，为在原生生物背景中理解细胞身份和组织结构提供了洞见。通过将空间坐标与分子谱和细胞身份整合，SCSO数据集已被广泛用于构建空间分辨的细胞图谱、表征疾病相关的组织重塑以及绘制疾病相关细胞群体。然而，这些SCSO数据集仍分散于各独立出版物中，全面的SCSO资源仍然缺乏。因此，这里开发了scSpatial，作为具有专家策展细胞注释和高分辨率空间映射的SCSO图谱。当前版本的scSpatial策展了大规模SCSO数据集合，包含来自630个项目的1800多个组织切片，这些数据由16种空间技术生成；提供了超过2000万个空间分辨细胞，并注释为173个标准化Cell Ontology类型；并提供了针对SCSO定制的分析和交互式可视化，包括空间基因表达图谱、细胞类型分布图、空间可变基因、基因表达相关性以及通路水平空间活性谱。scSpatial可在https://idrblab.org/scspatial/免费访问，所有用户无需登录。