自制高密度芯片结合短读与长读测序实现异构体分辨的空间转录组

研究团队搭建了一套自制高密度空间转录组系统，用三段组合条形码设计扩大条形码容量，便于把长读段分配到空间位置。该流程把同一张捕获芯片上生成的全长 cDNA 拆分，在同一空间坐标系内同时做高深度短读定量和单分子长读段分析。在不相容的番茄—辣椒嫁接材料和小鼠胚胎中，该方法识别出具有空间定位的未注释异构体和内含子保留事件，并揭示出仅凭基因水平表达看不到的异构体使用区域差异。作者称该体系为在同一组织中结合空间基因表达定量与全长转录结构分析提供了框架。