Hicberg 从重复元件中重建 Hi-C 接触信号

研究团队提出算法 Hicberg，利用常规流程通常丢弃的短读段，从 Hi-C 等配对组学数据中推断重复元件缺失的三维接触。基因组在演化中积累的转座子、核糖体 DNA、重复基因和串联重复等序列，因短读段无法唯一比对到参考基因组而难以分析；Hicberg 通过统计推断与概率分布计算来重建这些接触信号。作者报告，该方法为重复元件对基因组空间组织的影响提供了新线索，并在酵母中观察到与某些转座子相关的染色体环形成分子马达的定位。研究强调需要整合性方法来理解基因组复杂性，为更深入探索重复元件铺路。