Nature Methods·· 11 小时前AI 评分62
openDVP 发布开源端到端深度视觉蛋白组框架
OpenDVP: an experimental and computational framework for community-empowered deep visual proteomics
AI 导读
openDVP 是一个面向深度视觉蛋白组(DVP)的开源实验与计算框架,用于对细胞邻域进行可扩展、高分辨率的蛋白组分析。它把开源图像分析工具 MCMICRO、QuPath 和 napari 与 scverse 的 AnnData、SpatialData 格式结合,以支持多组学整合,并提供两条工作流:一条无需图像分析经验的快速通道,另一条是引入图像预处理、分割和空间分析先进方法的人工智能流程。作者在人类胎盘、早期肺癌和局部复发乳腺癌三项存档组织研究中应用 openDVP,将空间单细胞表型与探索性蛋白组测量整合,并提出细胞邻域深度蛋白组分析作为空间发现蛋白组学的可扩展路径。
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来源:Nature Methods · doi.org