胃癌 Perturb-seq 绘制表观遗传治疗的单细胞药物基因组图谱

研究团队用直接捕获 Perturb-seq 在正常胃细胞和胃癌细胞系中，针对 200 多个胃癌相关基因与 4 种表观遗传治疗药物进行组合扰动，在 625,866 个细胞中鉴定出 1770 万条药物基因组表达互作，覆盖基线与治疗后分子表型。该图谱验证了已知的基因驱动分子表型，并刻画了部分研究较少的基因以及基因剂量与分子表型的关系。治疗后存活细胞的分子表型中富集与耐药相关的通路，包括上皮–间质转化、细胞周期改变和代谢重编程。作者将体外分子表型映射到原发人胃癌，发现预后和空间上的差异，并比较不同药物与细胞系背景下的扰动，识别出保守与情境特异的分子改变。