可解释 AI 揭示重组率与染色质环境是玉米和白菜亚基因组进化的关键预测因子

可解释 AI（XAI）模型在玉米与白菜（Brassica rapa）中识别出重组率是区分亚基因组来源的最重要且高度互联的基因组特征。研究整合玉米 60 项、白菜 45 项基因组与表观基因组特征，构建监督机器学习模型对基因的亚基因组身份进行分类；尽管重组率在亚基因组组间均值差异不显著，XAI 仍将其列为首要贡献特征。染色体位置、转座子密度以及开放染色质区域与基因的邻近性、H3K9ac 和 H3K27ac 等活跃组蛋白修饰同样稳定位居前列。XAI 衍生的共变与互作网络显示重组率是连接各显著特征的中心节点，提示重组与染色质环境是多倍体基因组亚基因组分歧的主要预测因子。