Nature Genetics·· 2 小时前精选AI 评分72
fastGxE 实现生物样本库规模的全基因组基因-环境互作检测
Genome-wide detection of genotype–environment interactions at biobank scale with fastGxE
AI 导读
fastGxE 是一种可在生物样本库规模上同时纳入多个环境因子、进行全基因组基因-环境互作(GxE)检测的方法。该方法控制多基因效应、多基因互作效应和噪声异质性,对参与互作的环境因子数量保持稳健,相比现有方法取得 32.98–126.49 倍的提速。作者通过大量模拟和对 UK Biobank 中 32 项体格性状与 67 项血液生物标志物的分析展示其效果,在真实数据中检出 7 个与体格性状相关的基因组位点(其中 4 个为新位点)和 18 个与血液生物标志物相关的位点(其中 12 个为新位点)。作者认为这些发现揭示了遗传与环境的动态互作,并提示可能存在具有临床相关性的通路。
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来源:Nature Genetics · doi.org
推荐理由
新方法在 UK Biobank 规模上把全基因组 GxE 分析提速 33 至 126 倍,并给出新位点,做复杂性状遗传分析的人可参考其建模思路。