4D-atlas 发布多物种四维时空转录组数据库
4D-atlas: a multi-species four-dimensional spatiotemporal transcriptomics database spanning development, regeneration, and disease
4D-atlas 是一个面向多物种四维时空转录组的公开数据库，作者称其为首个专门收录此类图谱的公开资源。该库收集并标准化了来自六个物种、15 个代表性数据集的 1629 张空间切片，覆盖 88 个不同时间点，每个数据集含 2–41 个时间点，共超过 2220 万个细胞或空间位点，涵盖胚胎发育、组织再生和疾病进展。除数据收集外，4D-atlas 提供七个交互式分析模块，支持在三维空间加时间维度上探索组织形态发生、空间基因模块、通路活性、调控网络、细胞间通讯、发育轨迹和时间表达模式。作者用统一分析流程整合离散生物学阶段的三维空间结构与分子信息，以支持跨时间和空间的系统研究。
来源：Nucleic Acids Research · doi.org
该数据库把跨物种、跨时间点的空间转录组切片统一整理，并配七个分析模块，便于比较不同发育与疾病阶段的时空动态。
四维（4D）空间转录组学能够同时捕获三维（3D）组织结构与时间进程中的分子图景，对于解析发育、再生和疾病进展等动态生物学过程至关重要。在此，我们推出 4D-atlas（https://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/4D-Atlas 或 https://4d-atlas.bio-database.com/），这是首个专门面向多物种 4D 时空转录组图谱的公开可访问数据库。4D-atlas 收集并标准化了 1629 张空间切片，覆盖 88 个不同时间点（每个数据集 2–41 个时间点），包含来自六个物种的 15 个代表性数据集的超过 2220 万个细胞或空间位点，涵盖胚胎发育、组织再生和疾病进展。除数据收集外，4D-atlas 还提供七个交互式分析模块，支持对组织形态发生、空间基因模块、通路活性、调控网络、细胞–细胞通讯、发育轨迹和时间表达模式进行 4D（3D 空间 + 时间）探索。4D-atlas 采用统一的分析流程，整合离散生物学阶段中的 3D 空间结构与分子信息，从而能够系统研究跨时间和空间的组织形态发生与动态调控程序。