研究优化 MetaPhlAn4 与 StrainPhlAn，实现粪便样本中艰难拟梭菌的免培养菌株分型

研究团队优化了菌株水平分析工具 MetaPhlAn4 和 StrainPhlAn，使其能在住院患者复杂的粪便微生物组中区分艰难拟梭菌（Clostridioides difficile）的不同菌株，并展示了宏基因组短读长测序用于医疗环境中 CDI 免培养、快速流行病学监测的可行性。艰难拟梭菌是医疗相关腹泻的主要病因，其核糖体型（RT）和序列型（ST）在毒力与流行潜力上存在差异；现有 TcdB PCR 等临床检测无法确定不同 ST 的流行情况，难以识别传播事件或暴发。