ECOD 2027 版重建网页界面并更新蛋白结构域分类
ECOD in 2027: a modernized interface and an updated classification of protein domains
进化分类数据库 ECOD 发布 2027 版，完成网页资源整体重建，并更新蛋白结构域分类。ECOD 目前收录 290 万个结构域，其中约 137 万个来自 PDB 实验结构，151 万个来自 AlphaFold 蛋白结构数据库的预测模型。检索改为序列、结构、关键词三种方式，Foldseek 成为网页端主要检索方法，检索对象为约 45.7 万个代表性结构域数据库，该库也对外分发供本地使用；结果通过 Mol* 交互查看器展示，并新增 API 供程序化访问。
来源：Nucleic Acids Research · doi.org
数据库重建后把 Foldseek 设为默认检索并开放 API，做蛋白结构注释的读者可据此调整查询与批量接入方式。
进化域分类（ECOD）将蛋白质域组织成一个进化关系的层级体系，涵盖实验测定的结构和计算预测的结构。ECOD 目前分类了 290 万个域，其中约 137 万个来自蛋白质数据库（Protein Data Bank），151 万个来自 AlphaFold 蛋白质结构数据库中的预测模型。我们在此报告的主要进展是 ECOD 网络资源的完全重建。搜索已围绕三种模式重建：(i) 序列、(ii) 结构和 (iii) 关键词。Foldseek 现在是 ECOD 网页的主要搜索方法，搜索约 45.7 万个代表性域数据库，该数据库也分发用于本地使用。结果通过 Mol* 交互式查看器呈现，并且已开发了一个新的 API 用于以编程方式访问数据库。除界面外，对新 PDB 条目进行分类的流程已重建并恢复为常规节奏，家族组已与 Pfam v38.2 同步，批量分发包已重新组织并现在包含搜索数据库，与每个域接触的配体被记录用于实验结构，并用来自 DrugDomain 的药物交叉引用进行注释，并且引入了一个注册表，ECOD 通过该注册表为基因识别的蛋白质分配稳定标识符并记录其预测的结构。ECOD 可在 http://prodata.swmed.edu/ecod 免费获取。