TCRi：从单细胞 RNA 与 TCR 测序推断 T 细胞动态的信息论框架

作者提出 TCRi，一个分层贝叶斯信息论框架，用于从配对的单细胞转录组与 TCR 测序数据推断遗传克隆型与转录表型之间的联合概率分布。TCRi 把表型归属当作概率推断问题：用变分自编码器将单细胞表达嵌入结构化隐空间，再由分层贝叶斯模型在克隆型、患者和协变量之间共享信息，学习克隆型特异的表型分布，并据此计算克隆型熵、表型熵、表型通量和克隆型与表型之间的互信息等信息论量。作者在 4 个真实数据集上应用 TCRi，共包含 167,118 个来自接受抗 PD-(L)1 免疫检查点阻断治疗的癌症患者的 CD8 T 细胞，发现互信息能稳健区分治疗应答。