定量方法影响 eQTL 分析、共定位与 TWAS 的可重复性

一项发表于 Nature Genetics 的研究发现，上游 RNA-seq 处理中的转录本参考注释和定量方法会显著影响 eQTL 检测、共定位与 TWAS 结果。研究覆盖 GTEx 的 48 个组织和 7 个表型，比较不同流程后发现，这些看似次要的方法选择会明显改变 eQTL 检测和基因表达预测，并进一步影响下游共定位与 TWAS 结论。不同流程结果一致的基因，更多集中在基因更长、异构体更多、表达遗传力更高的情形。作者据此呼吁在遗传关联研究中标准化并如实报告转录本注释与定量方法，以保证结果可重复。