婴儿源两歧双歧杆菌 PNGaseA 偏好 N-糖肽的结构基础

研究解析了婴儿肠道相关两歧双歧杆菌 LMG13195 中 PNGaseA 家族酶的结构，该酶偏好作用于糖肽上的 N-糖而非变性或天然蛋白上的 N-糖。研究获得 apo 酶、未结合配体的 E236Q 突变体以及 D107N–E236Q 与 G2-肽复合物的结构，为该超家族首批结构，显示其具有典型双 β-三明治 PNGase 核心及额外的十链 β-折叠 cradle。结合分子动力学模拟与突变分析，糖肽结合与 cradle 环向 β-三明治 1 闭合相偶联，复合物结构明确了两个核心 GlcNAc 与中心甘露糖的识别，肽段接触集中于 NXT 序列的 +2 Thr，并将可切割酰胺置于活性位点。