生信周报 · 2026 年第 43 周 · 10.19 — 10.25
BIOINFOSOUL
本周多组学与人工智能加速融合，西湖大学郭天南团队在 Nature 发表基于扰动蛋白质组的虚拟细胞模型 ProteinTalks，斯坦福团队在 Cell 用 H&E 切片预测肿瘤微环境。临床与转化研究密集报喜，NICHE-2 试验显示 dMMR 结肠癌新辅助免疫治疗后 5 年无复发，CRISPR 先导编辑首次在人体内直接修改 DNA。医药产业交易与审批活跃，罗氏与翰森达成超 150 亿美元 ADC 合作，GSK 反义寡核苷酸药物 Hibsago 获 FDA 批准。
GSK 反义寡核苷酸药物 Hibsago 获 FDA 批准用于慢性乙肝
GSK 的 Hibsago 获 FDA 批准，成为首个用于慢性乙型肝炎的反义寡核苷酸治疗药物，FiercePharma 报道了该批准，并报道该药被视为通向功能性治愈的方向。
FiercePharma原文 方法与工具
本版导读本周工具层集中出现把成像、语言模型与虚拟细胞结合的平台，覆盖全基因组 CRISPR 筛选、自然语言蛋白设计和扰动蛋白质组模拟。
公众号：生信人10.24Cell 发表 SPARCS 平台：近 7000 万细胞图像表型的全基因组 CRISPR 筛选
德国慕尼黑大学 Veit Hornung 团队与马克斯·普朗克生物化学研究所 Matthias Mann 团队等在 Cell 报道了 SPARCS，将高内涵显微成像、深度学习分类、自动化激光显微切割与 sgRNA 测序整合为一条流程，使复杂细胞图像表型可用于全基因组 CRISPR 筛选。平台在可激光切割的 PPS 膜上培养细胞，用开源工具 py-lmd 生成切割路径，回收效率约 1000 个细胞核/小时、实际收集效率约 80%。
Bluesky：Stephen Turner (@stephenturner.us)10.22Nature 论文：16B 参数模型 Pinal 用自然语言设计功能蛋白
Stephen Turner 在 Bluesky 分享了 Nature 论文《Programmable design of functional proteins from natural language》。论文提出 16 亿参数的人工智能模型 Pinal，可根据自然语言描述设计功能蛋白，并展示了经实验验证的活性以及改进的 CO2 固定表现。
公众号：生信人10.23西湖大学郭天南团队在 Nature 发表蛋白质组虚拟细胞模型 ProteinTalks
西湖大学郭天南团队联合北京大学、北京科学智能研究院、深势科技及哈尔滨医科大学等单位，在 Nature 在线发表论文，构建了基于扰动蛋白质组的虚拟细胞模型 ProteinTalks。研究以 18 株乳腺癌细胞系为基础，用 63 种 FDA 批准药物及 59 种药物组合在 0、6、24 和 48 h 采集扰动蛋白质组，获得 16,311 份蛋白质组数据和 23,482 次细胞活力测定，以 DIA-MS 建立时序扰动数据库 PTDS。
公众号：生信人10.23斯坦福团队在 Cell 发表虚拟空间肿瘤图谱，仅用 H&E 切片预测肿瘤微环境空间结构
斯坦福大学医学院团队联合 Broad 研究所、MD 安德森癌症中心等在 Cell 发表研究，构建虚拟空间肿瘤图谱并开发 AI 平台 CANVAS，可从常规 H&E 染色切片预测肿瘤微环境的空间生态结构。研究用 41 重 CODEX 空间蛋白组学解析 457 例非小细胞肺癌患者逾 1800 万个细胞，无监督聚类定义 10 种保守细胞邻域（CN），并据此训练基于病理大模型 MUSK 的分类器 CANVAS，训练、验证与独立测试集准确率均超过 0.83。
研究发现
本版导读免疫微环境与胚胎发育成为焦点，西方饮食经菌群削弱 Treg 并诱发免疫治疗毒性，化学诱导类全能干细胞在体外自组装出小鼠胚胎模型。
公众号：单细胞天地10.24Cell 研究：西方饮食经菌群诱导 Treg 脆性，驱动免疫治疗相关不良反应
一项发表于 Cell 的研究构建 LISA 小鼠模型，用西方高脂低纤维饮食联合抗 PD-1 等免疫检查点抑制剂，复现结肠、肝脏、皮肤、肺的多器官免疫相关不良反应（irAE），而单纯抗 PD-1 在标准饲料小鼠中难以诱发明显毒性。单细胞 RNA 测序、单细胞 TCR 测序与 ATAC-seq 显示，受累器官中细胞毒性组织驻留记忆 CD8+T 细胞扩增，肝脏 Treg 出现 Foxp3 下调、表达 Cxcr3、Tbx21、Ifng、Gzmb 的脆性状态，且脆性局限于靶器官而非脾脏。
丁胜团队用化学诱导类全能干细胞在体外构建小鼠胚胎模型
清华大学药学院丁胜团队用化学小分子诱导产生的类全能干细胞（ciTotiSCs）在体外自组装并连续发育成小鼠胚胎模型（ciToti-EMs），论文发表在 Nature。该模型跨越囊胚期、原肠运动到早期器官发生，达到自然胚胎 8.5 至 10.5 天阶段，出现前后轴、神经褶、体节、卵黄囊血岛、血管网络和原始生殖细胞，心脏形成心房样与心室样区室并有节律收缩。
Bluesky：Netherlands Cancer Institute (@nkinl.bsky.social)10.22NICHE-2 试验 5 年随访：dMMR 结肠癌新辅助免疫治疗后无复发
荷兰癌症研究所公布的 NICHE-2 试验长期结果显示，111 例 dMMR 结肠癌患者接受 4 周新辅助免疫治疗后手术，5 年随访无一人复发。该单臂、多中心 2 期试验的长期结果已发表于 The Lancet，术前使用 ipilimumab 与 nivolumab 的患者 3 年无病生存率和 5 年总生存率均为 100%。
公众号：BioArt10.21Nature：SERPINE1与SERPINB2在胰腺癌中编织纤维蛋白免疫抑制生态位
美国西奈山伊坎医学院Brian D. Brown团队在Nature发表研究，鉴定出肿瘤来源的SERPINE1（PAI1）与SERPINB2（PAI2）是胰腺导管腺癌（PDAC）免疫逃逸的空间主导调控因子。团队用自主建立的Perturb-map空间功能基因组学平台，将体内CRISPR敲除与Pro-Code蛋白条形码、多重免疫荧光成像结合，发现局部免疫邻域重塑在疾病早期即已发生，并先于晚期克隆的空间优势。
Nature一手10.22CRISPR 先导编辑首次在人体内直接修改 DNA
Nature 报道，高精度的先导编辑（prime editing）首次直接应用于人体内修改 DNA，属于一项针对可导致肝脏和神经损伤的遗传病的临床试验。报道未披露试验规模、受试者人数和具体结果。
公众号：BioArt10.20Nature 研究揭示人类关节软骨 GAG 含量降低的调控演化机制
京都大学 WPI-ASHBi 的 Fumitaka Inoue 课题组与以色列韦茨曼科学研究所 David Gokhman 课题组合作在 Nature 发表研究，构建了人类骨骼演化的顺式调控变异及其靶基因表达图谱。研究对比 139 个类人猿基因组与 15,708 个人类基因组及古人类基因组，筛出 561,410 个候选调控区单碱基替换，用 lentiMPRA 在人类初级关节软骨细胞中测试 732,804 条调控序列，鉴定出 15,077 个活性显著改变的 CREs。
AI × 生物医药
Jason Kelly10.22Hugging Face 团队发布 14B 模型 Carbon-X，打通 DNA 与自然语言
Hugging Face 团队发布 Carbon-X，一个把 DNA 与自然语言结合起来的 14B 模型。据其介绍，该模型在测试过的 DNA 基准上超过所有开源语言模型，与 GPT-6.1 Sol 相差不到 1 分，推理成本低 1000 倍以上；训练上先用 300B token 的 DNA 与文本交错数据做中期训练，再做 SFT（未用蒸馏）和 RL；新的混合 tokenizer 编码 DNA 所用 token 数比 BPE 少约 3 倍；其他模型可把它当作 DNA 专家子代理，Kimi K3 调用后提升 11.1 分；模型以 Apache 2.0 许可发布，可在笔记本上用 llama.cpp 本地运行。Jason Kelly 转发该发布并评论，认为当下技术与生物的交叉比合成生物学时代推进更快，原因是大科技公司正在投入。
NVIDIA Healthcare10.21NVIDIA 与华盛顿大学联合发布蛋白设计开放模型 RFD4-Proteina
NVIDIA 与华盛顿大学蛋白设计团队（@UWproteindesign）联合发布开放模型 RFD4-Proteina，已纳入 NVIDIA BioNeMo。官方称其在 200 个残基长度下生成速度比 RFdiffusion3 快 13 倍，在 12 项以上蛋白设计任务上达到当前最优水平，并支持自定义设计输入、对更难的问题使用 test-time compute。团队提供了 binder 设计教程供上手。
医药产业
本版导读并购与合作密集，吉利德收购瀚辰星泰口服 IL-23R 项目，默沙东与 Moderna 公布个体化 mRNA 癌症疫苗 3 期详细结果，美国财政部拟限制对华生物技术投资。
pharmaphorum10.20罗氏与翰森达成超 150 亿美元 ADC 合作，首付款 4 亿美元
罗氏与翰森达成一项覆盖多款抗体偶联药物（ADC）的合作，首付款 4 亿美元，未来里程碑付款总额可能超过 150 亿美元，其中包括翰森两款已处于临床前阶段的候选药物。这是双方一年内的第二笔交易，上一笔为罗氏支付 8000 万美元获得靶向 B7-H3/CDH17 的 HS-20110 权益，未来付款最高 13.7 亿美元；两笔交易均授予罗氏在中国内地、香港、澳门和中国台湾以外地区的权利。新合作还让罗氏借助翰森的 ADC 发现平台，由翰森推进至 I 期人体试验阶段，后续开发由罗氏负责。
STAT10.23Moderna 与 Merck 个体化 mRNA 癌症疫苗在黑色素瘤试验中达到主要终点
Moderna 与 Merck 公布的一项大型临床试验详细数据显示，其个体化 mRNA 癌症疫苗 intismeran autogene 相比标准治疗将黑色素瘤患者的疾病复发风险降低 42%，达到关键终点。肿瘤学家表示，患者无癌复发生存时间显著延长，这对黑色素瘤治疗是重要进展。该疫苗针对患者肿瘤中特有的新抗原突变，依托与新冠疫苗相同的 mRNA 技术实现个体化制备。报道同时提到，这一结果可能带动针对其他癌种的同类疗法开发。原文为 STAT+ 付费内容，后续细节未在可见正文中展开。
pharmaphorum10.23美国财政部拟限制对华生物技术投资与授权交易
美国财政部在对外投资安全计划（OISP）更新草案中拟将生物技术纳入限制范围，可能影响未来与中国药企的授权合作。OISP 于 2025 年初依据行政令启动，此前仅覆盖半导体/微电子、量子信息技术和人工智能，新草案将范围扩展至生物技术。若最终落地，限制将涉及细胞与基因治疗、药物递送系统、生物制造设备、基因测序仪、数字化与基于 AI 的药物发现工具、生物信息学工具以及脑机接口等技术。据估计，全球约三分之一在研新药源自中国实验室。
公众号：药明康德10.23默沙东与Moderna公布个体化mRNA癌症疫苗3期详细结果
默沙东与Moderna公布个体化mRNA新抗原疗法intismeran autogene联合Keytruda治疗黑色素瘤的3期INTerpath-001研究详细结果，联合治疗使疾病复发或死亡风险降低42%（HR=0.58，95% CI：0.45～0.75，P<0.001），远处转移或死亡风险降低38%。研究纳入1137例已完全切除的IIB至IV期高风险皮肤黑色素瘤患者，中位随访24.6个月，达到无复发生存期主要终点和无远处转移生存期关键次要终点，两年无复发生存率联合组82.2%、对照组70.0%。
GEN10.20IMU Biosciences 与 UK Biobank 合作构建大规模免疫图谱，选用 Ultima 与 Waters 平台
IMU Biosciences 与 UK Biobank 宣布合作，计划生成迄今规模最大、最详细的人体免疫系统数据集。项目将整合高维免疫细胞分析、转录组分析和 AI 计算方法，为每位样本产出超过 1 亿个免疫数据点，先覆盖 8 万份 UK Biobank 参与者血样，并希望扩展至全部 50 万参与者。
GSK 免疫疗法 Jemperli 获 FDA 加速批准用于直肠癌
GSK 的 PD-1 抑制剂 dostarlimab（商品名 Jemperli）获 FDA 加速批准，用于治疗局部晚期 II 期或 III 期、MSI-H 或 dMMR 的成人直肠癌，患者用药前需经 FDA 授权检测确认这一遗传特征。该药五年前最初获批用于子宫内膜癌，此次扩展适应症让符合条件的患者有机会避开化疗、放疗和手术。
公众号：动脉网10.23吉利德以12.75亿美元现金首付收购瀚辰星泰口服IL-23R环肽项目
吉利德科学10月22日宣布与中国创新药企业瀚辰星泰达成最终协议，以12.75亿美元现金首付款收购其口服IL-23R抑制剂项目，包括核心候选药物HCXT-2001，交易预计2026年第四季度完成，完成后吉利德获得全球权益。