生信日报 · 2026 年 11 月 1 日 · 星期日
BIOINFOSOUL
伊成器研究组揭示PARP1介导的m6A负反馈调控机制
北京大学伊成器研究组在Molecular Cell发表论文，揭示PARP1介导的ADP核糖基化参与m6A负反馈调控，并提出PARP抑制剂联合m6A靶向抑制剂的肿瘤协同治疗策略。研究结合226个RNA结合蛋白的CLIP-seq/RIP-seq数据、单碱基定量技术GLORI和AI模型BioPathNet筛选，两条独立结果均将PARP1排在前列。
公众号：北大生科原文 方法与工具
Nucleic Acids Research一手DBAASP v4 发布：抗菌肽数据库扩展到条件分辨的活性与化学结构
抗菌肽活性与结构数据库 DBAASP 发布 v4，条目超过 25 000 条，并从以序列为中心扩展为结构感知的资源库。新版系统加入 SMILES 表示、链内键与环结构的注释、专门的抗生物膜与协同作用记录、PubChem 链接、超过 9200 条分子动力学轨迹以及新的预测服务。数据库由人工整理，把肽和拟肽与定量的抗菌、抗生物膜、抗癌、溶血和哺乳动物细胞毒性测量及其实验条件关联起来。作者指出，这类条件分辨的数据可用于监督学习、菌株与靶点特异模型、模型校准以及遗传算法的替代适合度函数，SMILES 表示还能支持难以仅用序列描述的非天然肽和拟肽建模。
研究发现
公众号：单细胞天地Nature Cancer 研究用 140 万单细胞解析骨髓瘤免疫微环境与预后
一项发表于 Nature Cancer 的研究基于 MMRF CoMMpass 队列 337 例初诊多发性骨髓瘤患者，以单细胞分辨率解析骨髓免疫微环境与疾病进展的关联。研究设发现队列 263 例、验证队列 74 例，对治疗前 CD138 阴性骨髓细胞做 scRNA-seq，发现队列获得 1,149,344 个高质量细胞、鉴定出 106 个细胞亚群，并配套全基因组、全外显子组与 bulk RNA 测序数据。
Nature Communications一手移植十年后干细胞样 CD8+ T 细胞库持续补充效应细胞并维持同种免疫
研究分析了移植约 10 年后被排斥的人肾移植物的 CD8+ T 细胞，发现循环与移植物之间存在大量克隆重叠：这些克隆在循环中维持 TCF1+ 干细胞样状态，进入移植物后分化为 TCF1− 细胞毒性效应细胞。小鼠模型显示，效应分化受 TCF1 抑制，并依赖乳酸脱氢酶 A（lactate dehydrogenase A）。细胞毒性效应细胞寿命短，转移到继发宿主后不足以介导移植物排斥；干细胞样 T 细胞则保留自我更新能力，持续补充效应细胞，并在连续移植中驱动排斥。作者据此提出，干细胞样 CD8+ T 细胞库通过持续分化出效应细胞来维持长期同种免疫，而非走向耗竭。
公众号：BioArt另有 2 家信源报道Science：BAX/BAK 经不同分子机器驱动凋亡与敝亡两种细胞死亡
美国纪念斯隆凯特琳癌症中心 Emily H. Cheng 团队与圣路易斯华盛顿大学 James J. Hsieh 团队在 Science 发表论文，发现 BAX/BAK 通过两套不同的线粒体分子机器分别调控细胞色素 c 和 mtDNA 释放，并将这种 caspase 非依赖性死亡命名为 baciptosis（敝亡）。
公众号：BioArtNature 发表双位点激酶抑制剂设计原则，并开发出抗白血病候选分子 PonatiLink-2
美国加州大学旧金山分校 Kevan M. Shokat 与 Kevin Lou 团队在 Nature 发表研究，以 ABL1 与 EGFR 为模型系统梳理双位点（bitopic）激酶抑制剂的设计原则，并据此开发出双位点 ABL1 抑制剂 PonatiLink-2。研究合成了以达沙替尼或普纳替尼为活性位点配体、阿西米尼为变构位点配体、不同长度 PEG 连接臂拴接的三个系列化合物，发现配体间协同性与连接臂构象涨落幅度均与效力正相关，连接臂过长则损害细胞渗透性。
医药产业
君实生物三季报扣非净利转正，ESMO公布JS207与JS212等IO+ADC管线进展
君实生物前三季度营业收入25.13亿元，同比增长39.18%，扣除股份支付影响后归母净利润3153.49万元，经营活动现金流净额1.66亿元由负转正。特瑞普利单抗国内销售收入同比增长31%至19.64亿元，已在中国内地获批13项适应症，其中12项纳入国家医保目录。在2026年ESMO年会上，君实生物共有35项研究入选，JS207（PD-1/VEGF双抗）联合抗CTLA-4单抗JS007一线治疗晚期肝癌的II期研究中，联合组ORR为44.1%，6个月PFS率67%。
观点与综述
公众号：赛先生当科研开始工业革命：AI进入数学与科学后的两种走向
陈永伟在《经济观察报观察家》撰文，借OpenAI宣称用约1万个AI智能体在约88小时内给出纳维—斯托克斯方程存在性与光滑性问题的候选证明一事，讨论AI进入科研后正在发生的“工业革命”。文章认为，科研正从个人从头到尾完成的手工业模式，转向任务可拆分、探索可并行、部分推理自动化的机器体系，AlphaFold预测约2亿种已知蛋白质结构被190多个国家和地区的200多万研究人员使用是另一例证。作者指出这场变化同时带来两种相反力量：一是科研资本化与集中化，最先进模型掌握在少数公司手中；二是平权化，非专家借助AI也能进入开放问题。
Bluesky：Nikolai Slavov (@slavov-n.bsky.social)另有 1 家信源报道Nikolai Slavov 指出 UMAP 全局结构优势的说法已被质疑文章推翻
Nikolai Slavov 分享了一篇 matters arising 文章，指出 UMAP 当年进入生物学数据时宣称比 t-SNE 更好地保留数据全局结构，这一说法在该文中已被推翻。他未在帖中展开具体论证与数据，只以该质疑文章作为依据。
公众号：医药魔方制药业的大反思：礼来、辉瑞和阿斯利康成功背后的临床成功率演变
医药魔方梳理了制药行业围绕临床开发成功率（LOA）的反思历程：阿斯利康新药临床成功率从4%升至19%，辉瑞从2010年的2%升至2020年底的21%，超过11%的行业均值。文章回顾2000至2011年研发生产力危机时期，行业整体LOA不足10%，II期失败率高达62%，失败主因从药代动力学问题转向缺乏临床有效性与安全毒性。辉瑞2012年的“三大支柱”论文与阿斯利康2014至2018年的“5R框架”由此形成，其理念可追溯至礼来的“Chorus模型”，核心是“快速失败、廉价失败”的早期决策文化。
Heng LiHeng Li 讨论 AI 评审是否优于人工评审
Heng Li 发布万圣节博文，讨论 AI 评审是否比人工评审更好。他认为，如果去问论文作者或同行审稿人，答案大体是“不”；如果要求作者逐条回复（point-by-point rebuttals），答案可能更负面。
Bluesky：Stephen Turner (@stephenturner.us)Stephen Turner 谈 AI 时代的论文作者身份
Stephen Turner 就 AI 时代的论文作者身份发表看法，称自己曾在论文中列入贡献远不及当下 AI、也无法对内容承担实质责任的共同作者，并认为参与大型复杂联合项目的人大多有过类似做法。他分享的引用内容提出，随着科学家越来越多地在工作中使用人工智能，需要追问在 AI 时代成为作者意味着什么。