生信日报 · 2026 年 10 月 31 日 · 星期六
BIOINFOSOUL
方法与工具
Nature Genetics一手基于 490,319 名 UK Biobank 参与者基因组构建的单倍型参考面板提升全球人群基因型填充
研究团队利用 490,319 名 UK Biobank（UKB）参与者的全基因组测序数据构建了基因型填充参考面板，并通过 EagleImp 与 EagleImp-RAP 在 UKB 研究分析平台上提供本地与云端定相和填充。该面板在除 AMR 外的所有全球超级人群以及 26 个 1000 Genomes Project 子人群中的 25 个上，定相切换错误率低于广泛使用的 TOPMed r3 面板（133,597 人）。
Science Advances一手研究利用 AlphaFold 3 从序列预测 TCR 抗原特异性
研究团队提出一种基于 AlphaFold 3（AF3）的通用方法，可从序列预测 T 细胞受体（TCR）的抗原特异性。作者将 AF3 用于超过 9000 个 TCR、1000 多个不同表位和 70 多种 MHC I/II 类等位基因，发现 AF3 能以很高准确度预测 MHC:肽:TCR 三元结构，并据此找出区分同源三元组与对照的特征。所得模型在 AF3 和特征选择均未见过的验证三元组上取得 0.81 至 0.92 的中位 AUC。作者认为，这提示从序列出发的 TCR 特异性通用预测是可行的，有望加速免疫应答的解析。
Science Advances一手Decoder-FFPE-seq 实现存档组织单细胞分辨率全基因组空间转录组
研究团队提出 Decoder-FFPE-seq，一种面向 FFPE 存档组织的空间转录组方法，通过将 RNA 转 DNA 探针与印迹辅助条码（blotting-assisted barcoding）结合，实现单细胞分辨率和全基因组覆盖。在小鼠脑与存档人类样本的全转录组检测中，其灵敏度比现有平台提高超过 2.6 倍，可解析低丰度基因对应的细胞身份、更精细的组织结构和与预后相关的上皮-间质转化特征。扩展探针库后，该方法还能捕获长非编码 RNA 和病毒 RNA，并在口腔鳞状细胞癌（OSCC）中揭示它们与 mRNA 的空间共调控网络。
Nature Methods一手ATLAS 实现小鼠脑跨遗传背景的空间单细胞转录组定位
研究团队提出 ATLAS（atlas-scale transcriptome localization using aggregate signatures），一种可扩展的组织图谱方法：从 scRNA-seq 数据学习转录签名，用数万个寡核苷酸探针原位编码并解码，从而推断细胞类型和插补转录组。作者用标记基因的 MERFISH 直接测量结果验证 ATLAS，并与另外四种技术做定量比较。
Nucleic Acids Research一手DiseaseCIO 多组学数据库发布，整合 94 种疾病的干预结局数据
DiseaseCIO 是一个将微生物组、转录组和表观组数据与人类疾病干预结局整合的多组学数据库，用于在患者个体层面刻画与干预结局相关的分子特征。该数据库收录来自 94 种疾病状态的 42 798 份治疗前样本，覆盖 510 种治疗方案，涉及 377 种药物与非药物干预；样本包含四种标本类型，采集自八个采样部位。研究团队用定制的 iMOD 流程处理多组学数据，生成 20 类分子特征，并识别出超过 184 万条候选特征与结局关联。数据库还提供差异分析、预后评估、跨组学相关分析、跨队列整合分析，以及针对用户提交特征集的富集分析和特征构建等交互工具，供探索干预结局异质性并筛选候选多组学标志物。
公众号：上海人工智能实验室上海AI实验室联合清华推出蛋白质改造评测基准 PFArena
上海人工智能实验室联合清华大学智能产业研究院（AIR）及清华大学药学院推出蛋白质改造评测基准 PFArena，基于 202 项真实蛋白质实验、293 个任务实例和 60 万余条候选记录，系统评测蛋白质语言模型、通用大模型与科学智能体的候选生成、排序及实验信息利用能力。评测显示，即便表现最优的模型，在仅允许输出 40 个候选时平均命中不到 2 个高分突变，且表现随突变复杂度升高而下降。
研究发现
公众号：BioArt另有 1 家信源报道郭靖涛等团队在 Science 绘制人类泌尿生殖系统空间图谱，揭示跨器官共发育机制
中国科学院动物研究所郭靖涛、王晓琰团队与北京大学第三医院张哲等合作，在 Science 发表研究，以人类泌尿生殖系统为模板，从跨器官协同发育视角重构多器官共发育机制。研究整合高分辨率空间转录组 Stereo-seq、单细胞多组学、三维组织透明化荧光成像与体外人胚胎干细胞定向分化模型，覆盖 Carnegie 第 15 至 23 阶段（约受精后第 5 至 8 周）。
公众号：中国科学院分子细胞卓越中心高栋组在 Cancer Cell 揭示干扰素信号影响胰腺癌 KRASG12D 靶向治疗敏感性
中国科学院分子细胞科学卓越创新中心高栋研究组与长海医院金钢团队等合作，在 Cancer Cell 在线发表研究，发现干扰素信号通路活性是影响胰腺癌 KRASG12D 靶向治疗敏感性的重要因素。研究依托胰腺癌患者来源类器官生物样本库，结合全基因组、转录组、染色质可及性和单细胞转录组等多组学数据，发现约 19% 的 KRASG12D 突变类器官对 KRAS 抑制剂表现为先天耐药，其先天免疫及干扰素相关信号通路活性明显降低。
医药产业
公众号：医药魔方塔拉妥单抗 DeLLphi-305 III 期期中分析：ES-SCLC 一线维持中位 OS 达 21.1 个月
医药魔方报道，2026 年 ESMO 年会主席研讨会公布了塔拉妥单抗（安泰适）DeLLphi-305 全球 III 期研究的期中分析结果，并同步发表于 NEJM。该研究评估塔拉妥单抗联合免疫检查点抑制剂用于广泛期小细胞肺癌（ES-SCLC）一线维持治疗，随访 16 个月时联合组中位 OS 为 21.1 个月，单药维持组为 12.7 个月，死亡风险下降 58%；联合组 1 年生存率接近 80%，单药组为 53%。中位随访 13.9 个月时，联合组降低 66% 疾病进展或死亡风险，中位 PFS 为 7.4 个月对 1.9 个月，ORR 为单药的 6 倍以上。
公众号：医药观澜歌礼公布口服小分子GLP-1R激动剂ASC30治疗2型糖尿病的美国2期顶线结果
歌礼公布口服小分子GLP-1R激动剂ASC30治疗2型糖尿病的美国2期研究积极顶线结果，40毫克、60毫克和80毫克三个剂量均达到主要终点和所有次要终点。该研究为期13周，纳入100例糖尿病受试者，主要终点为第12周糖化血红蛋白较基线下降；经安慰剂校正后，三个剂量组分别下降1.7%、1.6%和1.7%，受试者基线平均糖化血红蛋白为8.3%。第13周经安慰剂校正的体重下降分别为4.4%、3.8%和4.0%（p = 0.001至0.003），基线平均体重93.7公斤，且未观察到平台期。
GENParse Biosciences 与 Nomic Bio 合作构建 1 亿细胞免疫多模态数据集 Cascade
Parse Biosciences（QIAGEN 旗下公司）与 Nomic Bio 宣布合作构建 Cascade，一个包含 1 亿细胞、面向人类免疫应答的基础数据集。该数据集将把 1 亿个单细胞 RNA-seq 图谱与超过 11,000 份蛋白组分泌组（secretome）图谱配对，覆盖不同免疫细胞类型对超过 150,000 种单独及组合的细胞因子和药物扰动条件的响应，并跨多个时间点记录。单细胞 RNA-seq 数据将在 Parse 的 GigaLab 生成，蛋白组数据由 Nomic 的 Omini 1000 平台测量 1,000 多种分泌蛋白。