DBAASP v4 发布：抗菌肽数据库扩展到条件分辨的活性与化学结构
DBAASP V4: condition-resolved bioactivity and chemical structures for data-driven peptide and peptidomimetic discovery
抗菌肽活性与结构数据库 DBAASP 发布 v4，条目超过 25 000 条，并从以序列为中心扩展为结构感知的资源库。新版系统加入 SMILES 表示、链内键与环结构的注释、专门的抗生物膜与协同作用记录、PubChem 链接、超过 9200 条分子动力学轨迹以及新的预测服务。数据库由人工整理，把肽和拟肽与定量的抗菌、抗生物膜、抗癌、溶血和哺乳动物细胞毒性测量及其实验条件关联起来。作者指出，这类条件分辨的数据可用于监督学习、菌株与靶点特异模型、模型校准以及遗传算法的替代适合度函数，SMILES 表示还能支持难以仅用序列描述的非天然肽和拟肽建模。
来源：Nucleic Acids Research · doi.org
数据库把抗菌肽活性数据与实验条件、SMILES 结构和动力学轨迹绑定，为肽与拟肽的监督学习提供可校准标签。
当前肽类复兴——由宏基因组与蛋白质组挖掘、分子去灭绝、蛋白质语言模型以及生成式或进化式设计驱动——正产生数百万个候选分子，但有用的机器学习依赖于经实验锚定、富含背景信息的标签。抗菌肽活性与结构数据库（DBAASP）是一个人工审编的资源，将肽和肽模拟物与定量的抗菌、抗生物膜、抗癌、溶血和哺乳动物细胞毒性测量及其实验条件关联起来。DBAASP v4 包含 >25 000 条记录，并将该资源从以序列为中心的数据库扩展为结构感知的存储库。主要新增内容包括系统化的 SMILES 表示、链内键和环结构的增强注释、专门的抗生物膜和协同作用记录、PubChem 链接、>9200 条分子动力学轨迹以及新的预测服务。条件解析的数据支持监督学习、菌株和靶标特异性模型、模型校准以及用于遗传算法的代理适应度函数。SMILES 表示进一步使得对仅靠序列无法充分描述的非经典肽和肽模拟物进行建模成为可能。因此，DBAASP 通过提供经实验审编的活性和结构层，补充了大型肽目录，这些层是将序列信息转化为可检验的预测、设计和优化生物活性化合物所必需的。DBAASP v4 可在 https://dbaasp.org 免费获取。