生信日报 · 2026 年 10 月 30 日 · 星期五
BIOINFOSOUL
研究构建成体脊椎动物 Danionella cerebrum 全身单细胞图谱
研究团队构建了成体脊椎动物 Danionella cerebrum 的全身细胞类型转录组图谱，按身体区域分层开展单细胞 RNA 测序，并结合空间转录组在单细胞分辨率上定位细胞类型与基因表达。作者依据区域基因表达特征划分出空间上不同的神经细胞类型，图谱还揭示了带有成体分子位置记忆的细胞类型、幼态延续特征，以及成体结缔组织中保守的身体区域与附肢特化程序。比较分析显示神经细胞类型具有保守性，再生数据集则呈现端脑再生过程中的表达动态。作者称该全身转录组图谱可为生物学与神经科学的多种问题提供资源。
方法与工具
Brian HieEvo 2 展现生成式上下文学习，可少样本设计调控元件与蛋白
Brian Hie 团队报告，用少量具有相同功能的序列作为提示输入 Evo 2，就能引导模型生成功能相似的新序列，这属于生成式上下文学习（ICL），是训练时未预料到的涌现现象。
研究发现
公众号：BioArtCell 研究：肠道代谢物对 CAR-T 疗效作用相反，戊酸有益而吲哚衍生物与异戊酸有害
德国雷根斯堡大学医院 Hendrik Poeck、Erik Thiele Orberg 和 Markus Perl 团队在 Cell 发表研究，对 129 例接受 CAR-T 治疗患者的粪便宏基因组、靶向代谢组和血清代谢组做整合分析，发现肠道免疫调节代谢物对 CAR-T 疗效作用相反。队列覆盖弥漫大 B 细胞淋巴瘤、多发性骨髓瘤、套细胞淋巴瘤、急性淋巴细胞白血病、滤泡性淋巴瘤及部分实体瘤，35 例（27.1%）在 CAR-T 前 28 天内用过抗生素。
研究揭示年轻结直肠癌患者肿瘤的细胞与遗传差异
Mass General Brigham、Dana-Farber 癌症研究所与 Broad Institute 的研究团队在 Nature Medicine 发表研究，分析了 189 例年龄 29 岁至 90 岁以上的结直肠癌肿瘤，其中 54 例在 50 岁前确诊，用单核 RNA 测序测量了超过 85 万个癌细胞的基因活性。研究没有简单按 50 岁分组比较，而是寻找随年龄逐渐变化的因素，并校正肿瘤部位、分期、性别和既往治疗。
公众号：BioArtCell：胶质瘤分泌胍基乙酸激活神经元并驱动肿瘤生长
美国西南医学中心Samuel K. McBrayer与纽约诺斯韦尔健康Kalil G. Abdullah团队在Cell发表研究，发现高级别胶质瘤通过分泌胍基乙酸（GAA）激活神经元GABAA受体，驱动肿瘤生长。研究对91份原代人脑组织样本做多组学分析，发现胶质瘤干细胞中AGAT上调、GAMT表达不足，导致GAA在肿瘤核心及浸润边缘积聚，局部浓度较正常脑组织高约100倍，表型上模拟了罕见的GAMT缺乏症。膜片钳与多电极阵列实验显示，肿瘤微环境中氯离子稳态失调使GABAA受体信号转为去极化，GAA以剂量依赖方式增加神经元动作电位发放。
Science一手内在妊娠时序调控早产后人小脑发育
研究显示，早产会改变人小脑的发育轨迹，而小脑生长与神经发育结局随胎龄变化，即使调整围产期暴露因素后这一关系仍然存在。作者整合活体神经影像与神经发育结局数据，以及死后组织的空间转录组和病理组织学分析，发现宏观发育轨迹背后的空间分辨发育程序表现为颗粒细胞成熟不完全和 Purkinje 细胞结构精细化的受损，提示存在谱系特异的发育不同步。作者据此提出，早产是一种生物学上被位移的成熟过程，相同月经后年龄的婴儿可能处于不同的发育状态。
Nature Communications一手瑞典医院下水道中检出广泛的抗生素耐药选择
瑞典医院下水道中存在抗生素耐药细菌的选择过程。研究以来自十家医院的过滤废水暴露 Escherichia coli，观察到多种耐药性被一致选择，而对应市政废水未出现该现象；从废水到下水道生物膜的原位富集也只在医院位点出现，培养和宏基因组均显示医院下水道细菌耐药水平高于市政位点。驱动因素方面，向敏感 E. coli 加入针对氟喹诺酮类和 β-内酰胺类的耐药基因可完全挽救其生长，并观察到 β-内酰胺类典型的细胞效应；LC-MS/MS 测得浓度与选择阈值比较后，将 ciprofloxacin 和 cefotaxime 识别为主要选择因子。
公众号：生信人中山大学团队在Cancer Cell揭示IGLL5+B细胞破坏膀胱癌TLS的机制
中山大学孙逸仙纪念医院林天歆团队在Cancer Cell发表研究，鉴定出膀胱癌中一组IGLL5+B细胞亚群，该亚群通过IGLL5与HEVs表面LTβR结合，抑制非经典NF-κB信号，导致HEV功能异常和TLS解体，从而削弱免疫检查点阻断（ICB）疗效。研究收集中国五个医疗中心327例膀胱癌患者的肿瘤、癌旁组织和外周血样本，结合scRNA-seq、空间转录组、BCR测序等分析，发现IGLL5+B细胞在TLS缺失、ICB非应答的肿瘤中显著富集，其高浸润与ICB治疗后较差预后相关。
Phys.org冷冻电镜断层扫描首次在完整人细胞核仁内解析核糖体前体组装
EMBL 海德堡的 Christoph Müller、Sara Cuylen-Häring 和 Julia Mahamid 团队将冷冻电子断层扫描（cryo-ET）与光电关联显微（cryo-CLEM）结合，首次在完整人细胞核仁内以亚纳米分辨率观察核糖体组装过程，结果发表于 Science。研究基于 300 多张断层图，重建了 SSU processome 和 pre-60S 两种前体，分辨率分别为 8.2 Å 和 6.9 Å。
AI × 生物医药
公众号：动脉网Anthropic 提交 IPO 招股书并披露六项药物研发合作
Anthropic 向美国 SEC 提交 IPO 招股书，2026 年上半年营收 162.86 亿美元、同比增长 1300%，次日又披露与六家外部机构的药物研发合作及两项自有罕见病早期项目。
Decoding BioBioByte 177：Omnii-1 多模态基因组模型与 Evo-PIN 挖掘非编码 RNA
Decoding Bio 的 BioByte 周刊本期重点介绍 Radical Numerics 发布的 Omnii-1，这是一个在 DNA、RNA、染色质可及性等 28 种生物模态上预训练的多模态基因组语言模型，可同时处理基因组预测与生成任务。周刊称其在基因组 track 重建和变异效应预测基准上超过更专门的序列到功能模型 AlphaGenome 和 Borzoi，上下文窗口为 200 万碱基对，而 AlphaGenome 为 100 万。
医药产业
公众号：药明康德礼来 retatrutide 3 期达主要终点，Genmab 双抗组合与安斯泰来授权合作同步公布
药明康德汇总了三条生物医药产业消息。礼来宣布三重受体激动剂 retatrutide 治疗 2 型糖尿病的 3 期 TRANSCEND-T2D-2 研究达到主要终点及全部关键次要终点，该研究纳入 1298 例二甲双胍治疗后血糖控制不充分的患者，随机接受 retatrutide 9 mg、12 mg 或司美格鲁肽 Ozempic 2 mg；80 周时两个剂量组 HbA1c 均下降 2.2 个百分点，对照组下降 1.8 个百分点，平均体重分别降低 19.5% 和 20.9%，对照组为 9.4%。