从患者粪便直接测序的 Cryptosporidium 系统发育基因组学揭示分支特异基因组结构与宿主适应谱系

研究团队开发了基于 74,973 条 RNA 探针（CryptoCap_75K，8.2 Mb）的捕获富集方法，可直接从粪便样本中富集 Cryptosporidium 基因组 DNA，最少 25 个卵囊即可获得覆盖深度和广度足够的全基因组序列，对 Cryptosporidium ubiquitum 等分化较大的物种同样适用。为减少参考偏倚，作者采用双比对策略，将 reads 同时比对到 C. parvum 和 C. ubiquitum。