南科大邓裕华组用长读长泛癌转录组解析基因与异构体表达差异

南方科技大学附属佛山医院邓裕华与中山大学中山眼科中心肖传乐等人在 iMetaMed 发表研究，用 Nanopore 长读长 RNA 测序对 10 种器官的 144 对肿瘤与癌旁配对样本做泛癌转录组分析，发现基因表达与转录本异构体表达呈现不同的变化趋势。研究共鉴定 296,465 个异构体，其中 77.3% 可在现有数据库中找到注释；肿瘤在基因层面表现出与癌性去分化相关的趋同表达，而异构体层面的改变具有器官特异性，且部分独立于基因表达变化。