scTHREAD 发布细胞分辨长读长转录组数据库，整合 92 万余细胞
scTHREAD: a cell-resolved long-read transcriptome database with linked isoform, poly(A), junction, and allelic evidence
scTHREAD 是一个开放获取的单细胞长读长转录组数据库，用于整合、探索和检索单细胞长读长转录证据。它收录 34 个人与小鼠数据集的 453 个 run，覆盖 923 389 个由 Oxford Nanopore 和 PacBio 测序的细胞；统一且平台感知的流程编目了 12 471 531 条 run–转录本观测，其中 30% 带有 210 341 个不同 Ensembl 转录本标识符之一。异构体与 poly(A) 位点使用、剪接连接支持和等位基因感知计数均与来源研究、run、细胞类型和单细胞保持关联，覆盖度允许时还预计算了差异使用。
来源：Nucleic Acids Research · doi.org
该数据库把分散的单细胞长读长数据统一到同一流程下，并保留每条记录到细胞与研究的溯源，便于比较不同平台与队列的异构体使用。
细胞分辨率的转录本结构对于理解不同细胞类型中异构体使用、可变多聚腺苷酸化及等位基因表达如何变化至关重要。然而，现有的单细胞长读长数据集分散于不同研究、平台、物种和工作流程中，阻碍了比较与再利用。在此，我们推出 scTHREAD（单细胞转录组长读长证据、注释与发现中心；https://scthread.ai4sc.ac.cn/），一个用于整合、探索和检索单细胞长读长转录组证据的开放获取数据库。它包含来自 34 个人类和小鼠数据集的 453 次运行，覆盖由 Oxford Nanopore 和 PacBio 分析的 923 389 个细胞。一套统一的、平台感知的工作流程编录了 12 471 531 条运行–转录本观测记录，其中 30% 携带 210 341 个不同 Ensembl 转录本标识符之一。异构体与 poly(A) 位点使用、剪接连接支持以及等位基因感知计数均与其来源研究、运行、细胞类型和单细胞保持关联，确保完整溯源，并在覆盖度允许时预计算差异使用。记录可通过网页界面探索，并通过批量下载或文档化 API 检索。scTHREAD 重现了已知的细胞类型特异性异构体模式，并在三个队列和两种测序技术中识别出单核细胞–T 细胞在 CCND3、CUTA 和 PSMB8 连接使用上的可重复差异，从而确立其作为在异构体分辨率下研究 RNA 加工和转录本调控的可追溯资源的地位。