Nature 研究鉴定癌前效应性 Treg 细胞轴，PI3Kδ 抑制可在小鼠中拦截肺癌发生
一项发表于 Nature 的研究整合单细胞 RNA 测序、TCR 测序与 Xenium 空间转录组，在高级别癌前气道病变中鉴定出 BATF+ 效应性 Treg 细胞，并构建了淋巴结—循环—气道的跨组织调控轴。
推荐理由：研究把肺癌免疫干预窗口前移到癌前阶段，并用跨组织克隆共享与空间结构给出可追踪的细胞轴。
#空间组学
公众号：单细胞天地精选AI 评分8484 Genome MedicineAI 评分5858 SHH 型髓母细胞瘤单细胞与空间纵向图谱揭示复发相关程序及候选治疗靶点
研究对 22 例 SHH 型髓母细胞瘤样本（16 例原发、6 例复发，含 4 对原发-复发配对）开展 snRNA-seq（n = 16）、snATAC-seq（n = 13）和空间转录组（n = 6）分析，并结合 25 例样本的外显子变异数据，另用 48 例样本（24 对原发-复发配对）的 bulk RNA-seq 做验证。
Science Translational MedicineAI 评分5858 喹啉酸促进肾脏损伤及急性肾损伤向慢性肾病转变
研究提示色氨酸代谢中间产物喹啉酸（QA）参与急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）的转变。作者在叶酸诱导的 AKI-to-CKD 模型和顺铂诱导的 AKI 模型中，通过遗传和外源手段改变 QA 水平，并结合临床观察。非靶向肾脏代谢组学发现，叶酸损伤后 QA 是升高最明显的代谢物之一；Qprt 单倍剂量不足会加重肾损伤和纤维化相关基因表达，外源 QA 可升高未损伤小鼠的血清肌酐并恶化叶酸模型中的肾功能与纤维化基因表达。缺失 HAAO 或 KMO（减少向 QA 的通量）的小鼠在叶酸损伤和顺铂 AKI 后肾脏结局改善。
Nature Genetics精选AI 评分7575 人胰腺导管腺癌克隆异质性及其对肿瘤进展的影响
研究团队对 62 例原发胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤进行单细胞 RNA 测序（443,451 个细胞），并对其中 11 例肿瘤匹配空间转录组（53,236 个 spot），同时纳入 6 例化疗前后配对样本，刻画克隆、转录与空间多样性。分析发现同一肿瘤内共存多个遗传上不同的肿瘤克隆，克隆特异的配体-受体程序受基因组剂量调控：配体或受体扩增增强相应互作，缺失则抑制，空间转录组与多重免疫荧光支持这些遗传编码差异。
推荐理由：62 例原发肿瘤的单细胞与空间转录组图谱，把克隆异质性、8q24/MYC 扩增与经典-基底表型转换联系起来。
中国科学院遗传与发育生物学研究所精选AI 评分8888 杨维才团队与国内多家单位合作在 Cell 发表水稻全生命周期三维时空细胞图谱
中国科学院遗传与发育生物学研究所杨维才团队与国内多家单位合作，在 Cell 在线发表水稻全生命周期时空组图谱研究，以粳稻品种中花11为材料，结合高分辨率空间转录组、单核RNA测序和人工智能分析，构建了覆盖种子萌发到开花结实全过程的三维时空细胞图谱。
推荐理由：图谱覆盖水稻10个器官、61个发育阶段，并配套在线平台与RICE scGPT基础模型，可供植物单细胞与空间组学研究复用。
Bluesky：Oliver Harschnitz (@harschnitz.bsky.social)AI 评分6060 COSCO 用条形码狂犬病毒追踪与 scRNA-seq 绘制脑类器官单神经元连接网络
预印本 COSCO 利用条形码单突触狂犬病毒追踪结合 scRNA-seq，在 hPSC 来源的脑类器官中研究单神经元连接与分子状态，绘制了超过 10,000 个网络。研究报道了细胞类型内在的接线偏好、可重复的网络形成、反复出现的连接基序、接线的分子特征，以及在 TSC 中出现的异常连接。
Bluesky：Stephanie Hicks (@stephaniehicks.bsky.social)AI 评分4747 人类伏隔核三维重构预印本：解析细胞类型异质性与前后轴拓扑变化
一项新预印本生成了人类伏隔核（NAc）的三维重构，用于解析细胞类型异质性与拓扑结构沿前后轴的变化。该工作由 Biostats 博士生 Jianing Yao 等人主导，已发布于 bioRxiv。
Genomics, Proteomics & BioinformaticsAI 评分3838 单细胞与空间转录组揭示 DEFB1+ 胆管细胞与 IFI30+ 巨噬细胞互作驱动肝内胆管癌免疫抑制微环境
整合单细胞 RNA 测序与空间转录组构建人肝内胆管癌（ICC）细胞与转录图谱，发现 CD8+ 增殖 T 细胞存在终末型与祖细胞样两种耗竭程序。DEFB1+ 胆管细胞与 IFI30+ 巨噬细胞在多个独立 ICC 队列中呈强正相关，并在肿瘤微环境中空间邻近，其互作预测涉及 TGFB1–TGFBR1 信号轴，可能促进肿瘤进展与免疫治疗耐药。
Molecular Systems Biology精选AI 评分6767 整合空间信息的正常与癌症相关结肠成纤维细胞图谱
研究结合大规模单细胞 RNA 测序、空间验证和功能实验，构建了人正常结肠成纤维细胞与间质亚群的参考图谱，并以小鼠结肠为参照。
推荐理由：该研究以小鼠结肠为参照，用单细胞与空间验证构建人正常结肠和结直肠癌成纤维细胞参考图谱，为 CAF 分型提供统一坐标。
Bluesky：Sarah Crome (@sarahcrome.bsky.social)AI 评分4242 人类脾脏先天淋巴细胞的空间与功能特化研究
一项新论文在单细胞和空间分辨率下绘制了人类脾脏 NK 细胞与先天淋巴细胞（ILC）图谱，揭示其空间与功能特化。研究由 Sarah Colpitts 主导，论文题为“Spatial and functional specialization of human splenic innate lymphoid cells”。