预印本评测长读长 RNA-seq 计数是否应做归一化
一篇 bioRxiv 预印本系统评测长读长 RNA-seq 的计数是否需要归一化，在 PacBio 与 ONT 平台上比较了 5 种归一化方法与 5 种定量工具。研究以 spike-in 和匹配的 Illumina 数据作为基准真值，预印本链接为 www.biorxiv.org/content/10.6...。
#bioRxiv
Bluesky：Maria Dzunkova (@dzunkovam.bsky.social)AI 评分5555
Prof. Nikolai SlavovAI 评分2222 同一细胞类型内的调控变异信息量巨大
Nikolai Slavov 指出，同一细胞类型内部的调控变异极具信息量，并认为在细胞类型层面开展研究（如单细胞分析）会遗漏大量关键信息。
Hani GoodarziAI 评分3030 视觉系统每秒切换意识图像约15次
一项新预印本发现，视觉系统并不在所见面孔与被抑制面孔之间二选一，而是每秒来回切换约15次，同一批神经元先重建意识图像、再重建被抑制图像。推文作者据此提出"感知即分时复用"，并指出以秒为单位平均的测量量化的信号在任何瞬间其实都不存在。预印本链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.15.759299v1
Patrick HsuAI 评分2020 意识是不同刺激间的时间选择
Patrick Hsu 提出，意识是对不同刺激做出的一种时间性选择，而非在空间上编码。
Chris MasonAI 评分4242 Chris Mason 实验室发布 RNA 修饰分析新算法
Chris Mason 实验室在 bioRxiv 发布由 Theo 与 Horner 实验室合作开发的新算法及表观转录组分析工具集，可从直接 RNA 测序中解析转录本、等位基因和条件相关的 RNA 修饰差异。
Bluesky：Michalis Averof (@michalis-averof.bsky.social)AI 评分5555 研究揭示昆虫与甲壳类断肢再生起始时全基因组染色质重置
Michalis Averof 与 Guillermo Orsi 团队在 bioRxiv 发布预印本，显示昆虫（蟋蟀）与甲壳类（Parhyale）在腿再生起始时染色质在基因组范围内被重置。
Bluesky：Dr. Ahna Skop (@ahnaskop.bsky.social)AI 评分4242 Waldo：对同一细胞进行活细胞成像与单细胞测序的基因条码方法
一种名为 Waldo 的基因条码方法可对显微镜下观察到的同一批细胞先做活细胞成像、再做单细胞测序。相关预印本已发布在 bioRxiv，作者称其目标是让研究者能测序显微实验中关注的那一个细胞。
Arc Institute精选AI 评分7878 eclair-CLIP构建67个RNA结合蛋白高分辨率结合图谱并训练Pythia模型
Arc Institute、Biohub、UCSF与Vector Institute团队开发eclair-CLIP，用统一小标签替代逐个抗体，在人类细胞中绘制67个癌症相关RNA结合蛋白（RBP）图谱，以单核苷酸分辨率定位超过900万个RNA结合位点。
推荐理由：用统一标签的CLIP方法构建67个癌症相关RBP的高分辨率结合图谱，并据此训练可解释的RNA结合预测模型。
David KelleyAI 评分5858 David Kelley 团队发布长序列基因组预测状态空间模型预印本与 Cerberus 开源模型
David Kelley 团队本周发布预印本，探索用状态空间模型做长序列基因组预测，并同步开源基于该工作的 Cerberus PyTorch 模型集。预印本已上线 bioRxiv，链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.02.756377v1。
Bluesky：Sebastian Schornack (@dromius.bsky.social)AI 评分4242 共生根瘤菌如何构建豆科根瘤：III 型效应因子携带隐藏转录因子
共生根瘤菌的 III 型效应因子中包含多种预测的转录与转录后调控因子，部分可能携带隐藏转录因子，通过模拟 DNA 结合折叠进入植物细胞核并重写其发育程序。相关发现已在 bioRxiv 发布预印本，并发表于 PLOS Biology。
Bluesky：Daphne O. Martschenko, PhD (@daphmarts.bsky.social)AI 评分2222 用 LLM 作为评判者评估 GWAS Catalog 中群体描述符的使用
一项预印本工作以 LLM 作为评判者，评估了 GWAS Catalog 中群体描述符的使用情况，覆盖 2007-2025 年发表的约 4,000 篇论文。该工作由 Stephanie Gogarten 主导，Daphne O. Martschenko 与 @nasalab 等参与。
Pranam ChatterjeeAI 评分5050 PepRePs：肽重定向磷酸酶实现可编程去磷酸化
Pranam Chatterjee 介绍 PepRePs，一种基于其团队此前为 E3 泛素连接酶和 DUB 生成的 pLM 肽引导（uAbs、duAbs）发展而来的肽重定向磷酸酶，可实现任意靶标的可编程去磷酸化，相关预印本已发布于 bioRxiv。
Bluesky：Stephanie Hicks (@stephaniehicks.bsky.social)AI 评分4747 人类伏隔核三维重构预印本：解析细胞类型异质性与前后轴拓扑变化
一项新预印本生成了人类伏隔核（NAc）的三维重构，用于解析细胞类型异质性与拓扑结构沿前后轴的变化。该工作由 Biostats 博士生 Jianing Yao 等人主导，已发布于 bioRxiv。
Bluesky：Manvendra Singh (@manusingh.bsky.social)AI 评分4242 单核调控图谱将转座子与成年海马神经发生联系起来
一项预印本发布“A single-nucleus regulatory atlas links transposons to adult hippocampal neurogenesis”，由 RETROGEN 实验室的 Umut、Fede 和 Souad 主导完成。该研究构建单核调控图谱，将转座子与成年海马神经发生建立联系，全文可在 bioRxiv 获取。
Bluesky：Teif lab (@teiflab.bsky.social)AI 评分5858 Zeng 等预印本提出转录因子读取染色质中的第二套调控密码
Zeng 等 2026 年在 bioRxiv 发布预印本，提出转录因子除读取 DNA 一级序列外，还解读写在核小体结构中的第二套调控密码。作者在摘要中称，其发现表明转录因子同时解读两层互补的基因组信息，即 DNA 序列与核小体结构编码。原文未给出具体数据规模与代码开放情况。
Bluesky：Dr Javier Sánchez Utgés (@javierutges.bsky.social)AI 评分2222 预印本：用对比学习嵌入做基于结构的虚拟筛选——DrugCLIP 案例研究
一项新预印本考察对比学习嵌入在基于结构的虚拟筛选中的表现，以 DrugCLIP 为案例。该预印本已发布在 bioRxiv，DOI 为 10.64898/202。
Bluesky：Molly Przeworski (@mollyprz.bsky.social)AI 评分4242 Matin Saeidi 与 Will Milligan 建模人类突变因子等位基因动态，探讨三联体子代调查可发现何种突变因子
Matin Saeidi 与 Will Milligan 对人类突变因子等位基因动态进行建模，并探讨通过三联体子代调查应预期发现哪些类型的突变因子。相关工作引用《Dynamics of mutators of arbitrary dominance in humans》。
Bluesky：Roychoudhuri Lab (@roychoudhurilab.bsky.social)AI 评分4444 Julian Lum 团队 CRISPR 筛选发现 PRDX1 缺失增强 T 细胞抗卵巢癌腹水抑制功能
Julian Lum 团队用 CRISPR 筛选鉴定出使 T 细胞对人卵巢癌腹水抑制活性敏感的因子 PRDX1，其缺失可升高细胞内 ROS 并增强 T 细胞功能。
Bluesky：Andre Rendeiro (@andre-rendeiro.com)AI 评分7272 Rendeiro 实验室发布人体组织衰老单细胞图谱预印本
Rendeiro 实验室在 bioRxiv 发布预印本，以单细胞分辨率绘制人体组织衰老图谱，覆盖 3.5 billion 个细胞、16 个器官、980 名供体，跨越成年生命周期。该工作由 @e-abila 主导，论文链接为 www.biorxiv.org/content/10.6...。
Mohammed AlQuraishiAI 评分6262 AlQuraishi 点评 bioRxiv 预印本：训练时 MSA 深度分布影响蛋白结构预测性能
Mohammed AlQuraishi 在 X 上推荐一篇 bioRxiv 预印本，称其细致追踪了训练时 MSA 深度分布对预测性能的影响，并给出一个在 AF2/3 基础上明显改进的训练配方。他未在帖中给出具体数据集、指标或改进幅度，仅附上预印本链接。
Arc InstituteAI 评分6262 研究揭示哺乳动物细胞内的支链氨基酸发酵通路
Arc Institute 的 Jain 实验室在小鼠缺氧代谢组中发现，支链氨基酸（BCAA）发酵可作为哺乳动物细胞中不依赖乳酸的替代电子受体途径。研究显示，在缺氧条件下，LDHA 会以催化混杂的方式将支链酮酸还原为支链羟酸（BCHA），小鼠尿液中的 BCHA 水平升高；在人类中，BCHA 在抗阻运动、重症 COVID-19 和饮酒三种状态下升高，主要作为还原应激的生物标志物。
Bluesky：Teif lab (@teiflab.bsky.social)AI 评分5858 AlBawardi 等 2026 预印本：核小体定位不规则驱动晶态到液态转变并调节染色质可及性
AlBawardi 等 2026 年在 bioRxiv 发布预印本，提出核小体定位不规则会驱动染色质从晶态向液态的相变，并调节染色质可及性。作者列出两点：类异染色质序列形成致密纤维；超过 2-3 bp 的定位不规则会触发状态转变。
Ben LehnerAI 评分4242 五种人类蛋白激酶变构架构的保守与分化
Ben Lehner 分享其实验室新预印本，研究五种人类蛋白激酶的变构架构在进化中的保守性与分化，由 Carla Folgado 等人完成，涉及 Sanger 研究所等机构。
Bluesky：Vijay G. Sankaran (@bloodgenes.bsky.social)AI 评分2222 两项预印本揭示遗传性B-ALL易感性的趋同机制
两项互补的预印本揭示遗传性B-ALL易感性的趋同机制，由Lara Wahlster、Alnee Hus和Andrew Lee主导完成，已发布于bioRxiv。
Bluesky：Rhys White (@rhystwhite.bsky.social)AI 评分3333 NEXCISION：从系统发育基因组 NEXUS 矩阵中精确切除坐标定义区域
NEXCISION 可从转置 NEXUS 矩阵中精确、经验证地切除坐标定义区域，避免人工编辑出错改变矩阵。该工具由 RhysWhite 发布在 GitHub（github.com/RhysWhite/nexcision），作者以预印本形式给出引用信息，并公开征集反馈。
Biohub精选AI 评分8585 Biohub 与 UC Berkeley 用激光相位板提升冷冻电镜成像对比度
Biohub 与 UC Berkeley 团队在三篇论文中报告，激光相位板在单激光和双激光（xLPP）两种配置下都能显著提升冷冻电镜图像对比度。单激光版本使分辨率最多提升 44%，双激光版本将铁蛋白 apoferritin 成像到 1.8 埃，并提升了冷冻 E. coli 的对比度。
推荐理由：三篇论文报告激光相位板在真实冷冻电镜中提升小蛋白成像对比度，为在完整细胞内看清蛋白提供新手段。
Gunnar RätschAI 评分5858 剪接新抗原预测可重复性研究：候选生成与过滤的细微选择显著改变结果
Gunnar Rätsch 团队在 bioRxiv 发布关于剪接新抗原（splicing neoepitope）预测可重复性的预印本，发现候选新抗原的生成与过滤方式上的细微选择，会造成新抗原数量和身份上的重大差异。论文链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.09.10.674685v1。
Nicolas AltemoseAI 评分4242 Altemose 实验室发布首个预印本
Nicolas Altemose 宣布其实验室发布首个预印本，该工作由 Matt Franklin 主导，在基因组中最神秘的区域有一些意外发现，论文已上传至 bioRxiv。
Sara MostafaviAI 评分4242 预印本评估深度学习预测变异对基因表达影响
Sara Mostafavi 等人发布预印本，考察当前深度学习在预测遗传变异对基因表达影响方面的实际表现，该工作与 ChikinaLab、Alex 等合作完成。
Gunnar RätschAI 评分4242 基因组图比对新方法支持标签切换
Gunnar Rätsch 介绍了一种将测序读段比对到基因组图的新方法，在"忽略标签比对任意路径"与"仅允许标签一致路径"两个极端之间，提出可允许标签切换的高效技术，从而获得更长、更准确的比对结果。
Ed BoydenAI 评分6060 Ed Boyden 团队提出时间复用成像 TMI，用普通显微镜记录活细胞多路动态信号
Ed Boyden 团队提出时间复用成像（TMI），让普通显微镜也能对活细胞内的多个动态信号成像。不同信号对应具有不同时钟样特性的荧光团，再通过一段细胞影像把各信号拆分出来。相关预印本已发布在 bioRxiv，链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.08.22.504781v1。
Ed BoydenAI 评分5555 Ed Boyden 转发 ONE 显微成像预印本，用普通光学显微镜观察 GABA 受体等蛋白
Ed Boyden 转发并评论一项 bioRxiv 预印本，该工作用 ONE（one nanometer expansion microscopy）在普通光学显微镜下拍摄 GABA 受体、otoferlin 和 calmodulin 的图像。被引帖子称该工作由 Ali H. Shaib 与 Rizzoli 实验室完成，基于 Ed Boyden 和 Henriques 实验室的概念，并附有 GABAA 受体的示例图像。
Ed BoydenAI 评分5050 Ed Boyden 展示 1 纳米分辨率膨胀显微镜
Ed Boyden 表示，在普通光学显微镜上就能看到蛋白质的形状，并称这是 1 纳米分辨率的膨胀显微镜。
Nicolas AltemoseAI 评分5656 UCSF 团队测试近 2400 个合成免疫受体蛋白，揭示 CAR-T 表型输出规律
UCSF 的 Kyle 等人通过测试近 2400 个合成免疫受体蛋白，揭示了可用于改进 CAR-T 细胞癌症治疗的新基本规律。该工作以预印本形式发布在 bioRxiv，题为用组合信号基序文库与机器学习探索嵌合抗原受体表型输出的规律。
Nicolas AltemoseAI 评分5858 Jop Kind 组将 DamID 扩展至修饰蛋白与 DNA 互作及单细胞多组学
Jop Kind 团队提出一种新方法，把 DamID 扩展到在体内定位 DNA 与翻译后修饰蛋白之间的相互作用，并与 RNA-seq 联合使用，甚至可用于单细胞。该工作以预印本形式发布在 bioRxiv，链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.10.26.465688v1。
Nicolas Altemose精选AI 评分7878 T2T 联盟发布人类基因组着丝粒周边卫星序列详细分析
端粒到端粒（T2T）联盟的着丝粒周边卫星序列团队发布了对人类基因组中 6.2% 序列的详细分析，这部分序列此前约 20 年几乎完全缺失于参考序列。相关预印本已发布在 bioRxiv，链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.12.452052v1。
推荐理由：T2T 联盟对长期缺失的着丝粒周边卫星序列做了系统分析，可了解人类参考基因组补全的具体进展。
Jared SimpsonAI 评分4242 Jordi Silvestre-Ryan 与 Ian Holmes 纳米孔双读段解码预印本
Jared Simpson 分享并推荐了 Jordi Silvestre-Ryan 与 Ian Holmes 在 bioRxiv 上的一篇新预印本，主题是纳米孔双读段的解码。
Ed BoydenAI 评分2222 植物组织膨胀显微术预印本问世
Ed Boyden 对 Gregor Mendel 研究所 Nodine 实验室在 bioRxiv 发布的植物组织膨胀显微术（expansion microscopy）预印本表示关注。