同一细胞类型内的调控变异信息量巨大
Nikolai Slavov 指出，同一细胞类型内部的调控变异极具信息量，并认为在细胞类型层面开展研究（如单细胞分析）会遗漏大量关键信息。
#单细胞
Prof. Nikolai SlavovAI 评分2222 公众号：宏基因组AI 评分4040 ACS Nano 封面：顾江/邹全明团队用“抗原自组装”纳米颗粒疫苗抵御耐药铜绿假单胞菌肺炎
顾江、邹全明团队在 ACS Nano 发表封面研究，以铜绿假单胞菌保护性抗原 GroEL 为自组装纳米支架、展示 PcrV-OprI 融合抗原 rePO，构建 reGroEL-PO 纳米疫苗。
公众号：单细胞天地精选AI 评分8484 Nature 研究鉴定癌前效应性 Treg 细胞轴，PI3Kδ 抑制可在小鼠中拦截肺癌发生
一项发表于 Nature 的研究整合单细胞 RNA 测序、TCR 测序与 Xenium 空间转录组，在高级别癌前气道病变中鉴定出 BATF+ 效应性 Treg 细胞，并构建了淋巴结—循环—气道的跨组织调控轴。
推荐理由：研究把肺癌免疫干预窗口前移到癌前阶段，并用跨组织克隆共享与空间结构给出可追踪的细胞轴。
Genome MedicineAI 评分5858 SHH 型髓母细胞瘤单细胞与空间纵向图谱揭示复发相关程序及候选治疗靶点
研究对 22 例 SHH 型髓母细胞瘤样本（16 例原发、6 例复发，含 4 对原发-复发配对）开展 snRNA-seq（n = 16）、snATAC-seq（n = 13）和空间转录组（n = 6）分析，并结合 25 例样本的外显子变异数据，另用 48 例样本（24 对原发-复发配对）的 bulk RNA-seq 做验证。
eLife精选AI 评分7878 无病毒谱系追踪与活体成像显示 NeuroD1 不能将微胶质细胞重编程为神经元
eLife 发表的研究用小鼠无病毒遗传谱系追踪系统在微胶质细胞中特异表达 NeuroD1，并在多个时间点追踪其命运，结果显示表达 NeuroD1 的细胞在生理和损伤条件下都保持微胶质细胞身份、不能转为神经元。
推荐理由：用无病毒谱系追踪、双光子活体成像和单细胞转录组三重证据，检验 NeuroD1 能否把微胶质细胞转成神经元。
eLifeAI 评分2222 花瓣身份基因 PhDEF 在表皮层具有主要结合与调控作用
结合单细胞 RNA-Seq 与 ChIP，对矮牵牛 phdef 细胞层特异性突变体的分析显示，花瓣身份基因 PhDEF 在表皮与叶肉中调控不同靶基因，且在表皮中结合更显著、调控作用更强。研究发现 PhDEF 靶基因的结合谱高度多样，包含层特异性与非特异性结合位点的复杂组合，表明细胞层身份会影响同源异型基因的调控过程。
公众号：生物探索AI 评分4242 一周前沿回顾·生殖研究：牛胚胎IFNT敲除、小鼠128万细胞谱系与IVF空孕囊47天阈值等多项研究
多项生殖发育研究重新校准了经典模型与临床判断：CRISPR-Cas9删除牛胚胎IFNT全部功能性拷贝后，妊娠仍维持至足月并出生健康雌性犊牛；DNATypewriter记录一枚小鼠胚胎近两周发育，重建128万个转录组细胞的谱系树。
ScienceDaily精选AI 评分8888 DNA Typewriter 记录小鼠胚胎细胞谱系，重建从受精卵到器官形成的家族树
研究团队用 DNA Typewriter 在小鼠胚胎中记录细胞分裂历史，重建了从受精卵第一次分裂到胚胎发育第 13.5 天的细胞家族树，成果于 2026 年 10 月 8 日发表在 Science。
推荐理由：用 DNA Typewriter 在小鼠胚胎中重建细胞谱系，可对照不同组织命运决定时间的差异。
Nature Genetics精选AI 评分7878 人类胰腺导管腺癌克隆异质性及其对肿瘤进展的影响
研究对 62 例原发胰腺导管腺癌肿瘤进行单细胞 RNA 测序（443,451 个细胞），并对其中 11 例做匹配的空间转录组（53,236 个 spot），刻画克隆、转录与空间多样性。分析发现肿瘤内存在多个遗传上不同的恶性克隆，配体-受体程序受基因组剂量调控，8q24（MYC）扩增与谱系内经典向基底样转变反复相关；小鼠与原代人模型中的 MYC 敲低可重新激活经典程序并恢复免疫应答通路。
推荐理由：62 例原发肿瘤的单细胞与空间转录组图谱显示，8q24 的 MYC 扩增与肿瘤谱系内经典向基底样转变相关，为理解 PDAC 克隆异质性提供了资源。
Genomics, Proteomics & BioinformaticsAI 评分6060 单细胞多组学揭示系统性红斑狼疮免疫抑制治疗后仍存在的多维免疫失调
研究用单细胞多组学在真实临床场景下追踪系统性红斑狼疮（SLE）患者接受免疫抑制剂标准治疗期间的免疫组库动态，发现该疗法未能纠正 B 细胞和浆细胞的突变负荷下降，也未能阻止 CD4+ Th1 与 CD8+ 记忆 T 细胞的克隆扩增。作者还将自有数据与已发表的 SLE 数据集整合，构建了约 160 万细胞的 SLE 免疫图谱，并指出这些持续存在的失调可能与该病治疗后高复发率相关。
Whitehead Institute精选AI 评分6565 HHMI 团队构建小鼠发育细胞来源与去向图谱
HHMI 研究员 Jonathan Weissman、Jay Shendure 及团队开发出新工具，可对发育中小鼠体内大量细胞的来源与去向生成图谱。Whitehead Institute 转述称，这类详细图谱有望帮助科学家定位出生缺陷发生的时间点、追踪癌细胞获得扩散或耐药能力的路径，并更好地引导干细胞成熟为功能性细胞类型。
推荐理由：这项在小鼠胚胎中追踪大量细胞来源与去向的工作，为研究发育异常和细胞状态转变提供了可参照的图谱思路。
PLOS GeneticsAI 评分3434 鸡胚单细胞转录组揭示Müllerian管分化的新见解
鸡胚单细胞转录组分析显示，Müllerian管分化比此前认识更具细胞复杂性，鉴定出上皮（MDE）与间充质（MDM）两隔室的分子特征。雄性退化间充质表达MSX1/2、RUNX2、GATA5、DLX3/5及DKK4、NRG1，其中WNT拮抗剂DKK4响应AMH诱导，在雌性异位表达可诱导管退化。雌性右管未如雄性般退化，转录上独特且缺乏退化间充质群体，提示其AMH介导机制不同于雄性。
Jay Shendure精选AI 评分8585 DNA Typewriter 两篇论文发表：小鼠胚胎谱系重建与类原肠胚异质性检测
Jay Shendure 实验室与 SeaHub 发布两篇使用 DNA Typewriter 的论文。第一篇在 Science 上重建了小鼠胚胎从 E0 到 E13.5 的单细胞谱系，引用帖称该谱系树包含 1,340,794 个经转录组分析和注释的末端细胞、1,142,588 个带时间标注的内部节点，并以受精卵为根。第二篇在 Cell 上提出用于检测类原肠胚异质性的波动检验。
推荐理由：两篇论文把 DNA Typewriter 用于小鼠胚胎谱系重建和类原肠胚异质性检测，可看谱系记录如何与转录组结合。
中国科学院遗传与发育生物学研究所精选AI 评分8888 杨维才团队与国内多家单位合作在 Cell 发表水稻全生命周期三维时空细胞图谱
中国科学院遗传与发育生物学研究所杨维才团队与国内多家单位合作，在 Cell 在线发表水稻全生命周期时空组图谱研究，以粳稻品种中花11为材料，结合高分辨率空间转录组、单核RNA测序和人工智能分析，构建了覆盖种子萌发到开花结实全过程的三维时空细胞图谱。
推荐理由：图谱覆盖水稻10个器官、61个发育阶段，并配套在线平台与RICE scGPT基础模型，可供植物单细胞与空间组学研究复用。
Bluesky：Sarah Crome (@sarahcrome.bsky.social)AI 评分4545 新研究：时间分辨单细胞图谱揭示移植肾功能延迟恢复的供受体免疫程序
一项时间分辨单细胞分析研究在 Kidney International 正式发表前在线发布，识别出与移植肾功能延迟恢复相关的供体和受体免疫程序。该并发症与排斥反应和移植物丢失风险升高相关。论文 DOI 为 10.1016/j.ki。
Bluesky：Oliver Harschnitz (@harschnitz.bsky.social)AI 评分6060 COSCO 用条形码狂犬病毒追踪与 scRNA-seq 绘制脑类器官单神经元连接网络
预印本 COSCO 利用条形码单突触狂犬病毒追踪结合 scRNA-seq，在 hPSC 来源的脑类器官中研究单神经元连接与分子状态，绘制了超过 10,000 个网络。研究报道了细胞类型内在的接线偏好、可重复的网络形成、反复出现的连接基序、接线的分子特征，以及在 TSC 中出现的异常连接。
Genomics, Proteomics & BioinformaticsAI 评分3838 单细胞与空间转录组揭示 DEFB1+ 胆管细胞与 IFI30+ 巨噬细胞互作驱动肝内胆管癌免疫抑制微环境
整合单细胞 RNA 测序与空间转录组构建人肝内胆管癌（ICC）细胞与转录图谱，发现 CD8+ 增殖 T 细胞存在终末型与祖细胞样两种耗竭程序。DEFB1+ 胆管细胞与 IFI30+ 巨噬细胞在多个独立 ICC 队列中呈强正相关，并在肿瘤微环境中空间邻近，其互作预测涉及 TGFB1–TGFBR1 信号轴，可能促进肿瘤进展与免疫治疗耐药。
Bluesky：Manvendra Singh (@manusingh.bsky.social)AI 评分4242 单核调控图谱将转座子与成年海马神经发生联系起来
一项预印本发布“A single-nucleus regulatory atlas links transposons to adult hippocampal neurogenesis”，由 RETROGEN 实验室的 Umut、Fede 和 Souad 主导完成。该研究构建单核调控图谱，将转座子与成年海马神经发生建立联系，全文可在 bioRxiv 获取。
Cell Genomics精选AI 评分7878 九种哺乳动物脑单细胞多组学比较揭示细胞类型特异的调控保守性
Anderson 等对九种哺乳动物的脑组织开展单细胞多组学比较，发现增强子的保守性不止体现在 DNA 序列上，还体现在细胞类型特异性和靶基因上。功能实验进一步显示，古老调控元件与人类特异调控元件共同影响脑生物学和神经系统疾病的易感性。
推荐理由：跨九种哺乳动物比较脑内基因调控，把增强子保守性从序列层面延伸到细胞类型与靶基因层面。
Bluesky：Chris Tape (@christophertape.bsky.social)AI 评分4242 膳食脂肪与神经酰胺经 YAP 驱动结直肠癌 revival 干细胞命运
一项研究显示，膳食脂肪与神经酰胺可驱动结直肠癌（CRC）中由 YAP 介导的 revival 干细胞命运。该研究发表于 Science，具体数据与结论细节未在原文中展开。
Molecular Systems Biology精选AI 评分6767 整合空间信息的正常与癌症相关结肠成纤维细胞图谱
研究结合大规模单细胞 RNA 测序、空间验证和功能实验，构建了人正常结肠成纤维细胞与间质亚群的参考图谱，并以小鼠结肠为参照。
推荐理由：该研究以小鼠结肠为参照，用单细胞与空间验证构建人正常结肠和结直肠癌成纤维细胞参考图谱，为 CAF 分型提供统一坐标。
Bluesky：Andre Rendeiro (@andre-rendeiro.com)AI 评分7272 Rendeiro 实验室发布人体组织衰老单细胞图谱预印本
Rendeiro 实验室在 bioRxiv 发布预印本，以单细胞分辨率绘制人体组织衰老图谱，覆盖 3.5 billion 个细胞、16 个器官、980 名供体，跨越成年生命周期。该工作由 @e-abila 主导，论文链接为 www.biorxiv.org/content/10.6...。
Heidi LedfordAI 评分6060 实验性细胞疗法能否在骨质疏松患者体内重建骨骼
Heidi Ledford 在 X 上转述 Nature 的一篇报道，讨论一项小型早期临床试验：经改造、可靶向骨骼的骨髓细胞是否在骨质疏松患者体内重建了骨骼。报道作者 Elie Dolgin 在文中同时呈现了希望与需要保留的地方，并附有原文链接 https://www.nature.com/articles/d41586-026-02828-3。
Bluesky：Sarah Crome (@sarahcrome.bsky.social)AI 评分4242 人类脾脏先天淋巴细胞的空间与功能特化研究
一项新论文在单细胞和空间分辨率下绘制了人类脾脏 NK 细胞与先天淋巴细胞（ILC）图谱，揭示其空间与功能特化。研究由 Sarah Colpitts 主导，论文题为“Spatial and functional specialization of human splenic innate lymphoid cells”。
Stephen Quake精选AI 评分7878 Tabula Sapiens 2.0 在 Cell 上线，细胞数扩至逾 110 万
Tabula Sapiens 2.0 在 Cell 上线，数据集规模翻倍至 28 个组织、逾 110 万个细胞。作者团队还绘制了人类转录因子的表达，并分析了细胞衰老程序，图谱开放获取。
推荐理由：Tabula Sapiens 2.0 把细胞数扩到 110 万并新增转录因子表达与衰老程序分析，做单细胞图谱比较的读者可据此了解数据规模变化。
Manolis Kellis精选AI 评分8585 跨物种单细胞图谱绘制人脑纹状体，定位精神疾病遗传风险细胞类型
研究团队发布人脑纹状体跨物种单细胞图谱，覆盖 109 个样本、69 名供体、67 万个细胞核，鉴定出 31 个神经元亚群，其中包括 9 类中型多棘神经元（MSN）。
推荐理由：这份跨物种纹状体图谱把 124 项 GWAS 的遗传风险定位到特定神经元亚群，并显示小鼠与人存在分区差异。
Biohub精选AI 评分7878 Biohub 用 AI 揭示肿瘤细胞状态异质性，预测联合用药延长 DMG 小鼠生存
Biohub 与哥伦比亚大学等机构合作在 Nature Genetics 发表两篇论文，提出“cancer quantum biology”假说：同类型肿瘤在患者间拥有几乎相同的恶性细胞状态集合，这些状态可相互转换从而逃避单靶点药物。
推荐理由：两篇 Nature Genetics 论文提出肿瘤细胞状态在患者间高度保守，并用 AI 预测针对多状态的联合用药，在 DMG 小鼠模型中延长生存。
公众号：中国科学院分子细胞卓越中心精选AI 评分8484 周斌组在Science揭示心肌缺血后新生冠状侧支动脉主要来源于毛细血管
中国科学院分子细胞卓越中心周斌研究组与香港中文大学吕爱兰研究组合作，在Science在线发表研究，发现心肌梗死后新生冠状侧支动脉主要来源于毛细血管内皮细胞，而非原有动脉内皮细胞的重新装配。
推荐理由：研究用新型谱系追踪工具推翻原有动脉重排假说，把侧支动脉来源指向毛细血管，并给出VEGFA到YY1的表观通路。
Jay ShendureAI 评分6767 DNA Typewriter 重建小鼠胚胎从受精卵到 E13.5 的单细胞谱系
Jay Shendure 发帖介绍用 DNA Typewriter 重建的小鼠胚胎单细胞谱系，覆盖单只动物从受精卵到器官发生晚期（E13.5）的发育过程。该谱系树包含 1,340,794 个经转录组分析和注释的末端细胞，以及 1,142,588 个带时间标注的内部节点，根节点为受精卵。
Bluesky：Stylianos Lefkopoulos (he/him) (@slefkopoulos.bsky.social)AI 评分6060 单细胞转录组揭示驱动人冠状动脉粥样硬化进展的内皮祖样重塑
Yao、Li、Gai 等人用单细胞转录组对人正常冠状动脉及早期、晚期冠状动脉粥样硬化样本进行图谱刻画，识别出一类祖样内皮亚型，并提示其在疾病进展中具有功能意义。