STalign 和 STcompare 移植到 C++，大规模空间转录组比对从数小时缩短到数秒
Jean Fan 团队将空间转录组工具 STalign 和 STcompare 移植到 C++，可在数秒内完成大规模空间转录组比对与全转录组比较，而此前需要数小时。两个工具已在 GitHub 的 JEFworks-Lab 仓库开放，作者邀请用户试用。
#空间组学
Bluesky：Dr. Jean Fan (@jef.works)AI 评分6060
公众号：单细胞天地AI 评分6767 scFlowReport 发布单细胞下游分析统一工作流
韩国建国大学和釜山国立大学医院团队在《Biomolecules》发表 scFlowReport，一个配置驱动的单细胞 RNA-seq 下游分析工作流，代码开源于 https://github.com/ibclab-hub/scFlowReport。
Nucleic Acids ResearchAI 评分6262 EvoNiche 数据库发布，整合 91 套空间与单细胞转录组数据解析肿瘤生态位
EvoNiche 数据库发布，整合 91 套配对的空间与单细胞转录组数据集，覆盖 35 种癌症类型。数据库包含 712 张组织切片、1 953 708 个空间 spot 和 58 个单细胞数据集共 2 945 536 个细胞，识别出 5609 个空间生态位，并重建组织水平和细胞水平的时空轨迹。
Nature MethodsAI 评分5858 miOPM 多浸没斜平面显微镜发布，支持油水空气物镜切换的高分辨光片成像
研究团队发布多浸没斜平面显微镜 miOPM，一种可重构的高分辨光片荧光显微平台，支持油、水、空气物镜无缝互换，并在 1.33 至 1.51 的折射率范围内保持衍射极限性能。该平台兼容标准样品 mounting、现有透明化流程和通量三维成像，作者用它拍摄了从培养细胞到整体生物、透明化组织的多种样本。原文称其目标是降低先进三维成像的使用门槛。
Phys.orgAI 评分7272 SpaceA 空间 3D 基因组技术实现组织切片内长程染色质互作原位检测
中国科学院遗传与发育生物学研究所李湘团队开发出空间 3D 基因组技术 SpaceA，可在组织切片中原位检测长程染色质互作并保留细胞空间位置，成果发表于 Developmental Cell。
ScienceDailyAI 评分6060 斯坦福大学开发 iISM 显微镜，无需荧光标记即可观察活细胞内部结构
斯坦福大学团队开发出干涉图像扫描显微镜（iISM），将干涉散射显微与阵列探测器结合，在无需荧光标记的条件下实现约 120 纳米分辨率，可实时观察活细胞内多种结构同时运动与相互作用。
Bluesky：Dr. Ahna Skop (@ahnaskop.bsky.social)AI 评分4242 Waldo：对同一细胞进行活细胞成像与单细胞测序的基因条码方法
一种名为 Waldo 的基因条码方法可对显微镜下观察到的同一批细胞先做活细胞成像、再做单细胞测序。相关预印本已发布在 bioRxiv，作者称其目标是让研究者能测序显微实验中关注的那一个细胞。
Bluesky：Dr. Jean Fan (@jef.works)AI 评分5252 STARIT 方法在 PLOS Computational Biology 发表，用计算机视觉分析空间转录组数据
Jean Fan 团队的计算方法 STARIT 已在 PLOS Computational Biology 发表，该方法把空间转录组数据当作栅格化图像张量，用计算机视觉 AI 无监督刻画亚细胞分子异质性下的细胞状态。作者在帖中致谢 Dee Velazquez 与团队，代码托管在 github.com/JEFworks-Lab。
Nature MethodsAI 评分5858 rsmiRFPnano：小于 19 kDa 的近红外光致变色微型蛋白用于光声分子成像
研究团队改造出 rsmiRFPnano，一种源自蓝细菌光敏色素、分子量低于 19 kDa 的近红外光开关光声成像探针，可高效结合胆绿素并在两种光致变色状态下保持高消光系数。
中国科学院遗传与发育生物学研究所精选AI 评分7878 李响团队开发空间三维基因组学技术 SpaceA 并绘制小鼠胚胎染色质构象图谱
中国科学院遗传与发育生物学研究所李响研究组在 Developmental Cell 在线发表论文，将微流控空间条形码技术与 SPRITE-like 无连接酶接触检测策略结合，开发出空间三维基因组学技术 SpaceA，可在组织切片原位高置信度解析远距离染色质互作。
推荐理由：SpaceA 把空间条形码与无连接酶接触检测结合，让染色质远距离互作能在组织切片原位测量，为空间三维基因组学提供了新手段。
Cell Reports MethodsAI 评分6262 stFormer：整合空间配体信号的空间转录组基础模型
Cao 等提出空间转录组基础模型 stFormer，将细胞内上下文与空间配体信号整合进同一模型。相比单细胞基础模型，stFormer 在细胞层面和基因层面的分析上均有提升，并支持通过计算扰动研究空间配体信号的响应。
中国科学院遗传与发育生物学研究所精选AI 评分7272 段力辉团队开发 OpenFISH 技术，实现空间组织原位转录与代谢联合分析
中国科学院遗传与发育生物学研究所段力辉团队开发 OpenFISH，可在同一张组织切片上连续完成空间转录组与 MALDI-MSI 空间代谢组检测。该方法通过模块化探针设计和单轮基因编码将空间转录组成本降低约 95%，并借助导电玻片预处理与 MALDI-MSI 后组织成胶、透明化实现两模态兼容。
推荐理由：该工作把成像空间转录组与 MALDI-MSI 代谢组放在同一张切片上，并给出约 95% 的转录组成本降幅，做空间多组学的人可关注其兼容方案。
Bluesky：Saez-Rodriguez Group (@saezlab.bsky.social)AI 评分4747 SpaCEy 经同行评审版本正式发表
SpaCEy 的经同行评审版本现已正式发表，论文刊于 Nature，代码已在 GitHub 的 saezlab/SpaCEy 仓库公开。
GigaScienceAI 评分5252 分子锚定的空间转录组框架实现 CA1–Sub 精确分区并解析阿尔茨海默病区域转录变化
研究提出一个分子锚定的空间转录组框架，用 Stereo-seq 与 snRNA-seq 参考定义 CA1 与 Sub 的可复现分子分区。
Seurat：GitHub ReleasesAI 评分2222 Seurat v5.5.0 发布：新增 BPCells 回归支持与多项可视化参数
Seurat 发布 v5.5.0，为 BPCells 的 IterableMatrix 在 ScaleData 中新增 vars.to.regress 与 latent.data 支持。
Ed BoydenAI 评分6060 Ed Boyden 团队提出时间复用成像 TMI，用普通显微镜记录活细胞多路动态信号
Ed Boyden 团队提出时间复用成像（TMI），让普通显微镜也能对活细胞内的多个动态信号成像。不同信号对应具有不同时钟样特性的荧光团，再通过一段细胞影像把各信号拆分出来。相关预印本已发布在 bioRxiv，链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.08.22.504781v1。
Ed BoydenAI 评分2222 植物组织膨胀显微术预印本问世
Ed Boyden 对 Gregor Mendel 研究所 Nodine 实验室在 bioRxiv 发布的植物组织膨胀显微术（expansion microscopy）预印本表示关注。