约翰·英纳斯中心在坦桑尼亚建立小麦瘟病 LAMP 快速检测工具
约翰·英纳斯中心研究人员在坦桑尼亚农业研究所（TARI）培训来自 5 家机构的 21 名代表，使用 LAMP 检测法快速识别小麦瘟病（Magnaporthe oryzae pathotype Triticum）。
全部生信动态
Phys.orgAI 评分2525 Nature精选AI 评分7171 Airscope 无线介观显微镜实现自由活动小鼠全皮层成像
研究团队发布 Airscope 无线介观显微镜，重 1.0 克，在 6 mm 视野内实现 4 μm 横向分辨率、12.5 Hz 成像。其非球面透镜设计使总光程比此前微型显微镜缩短 2.84 倍，单只动物可无缆记录超过 8,500 个神经元的钙信号，较此前提升 25 倍。
推荐理由：1.0 克无线介观显微镜把视野扩到 6 mm 并支持自由活动小鼠成像，为系统神经科学提供可迁移的硬件方案。
Bluesky：Vivek Mutalik (@vivekmutalik.bsky.social)AI 评分2727 CompoRes 工具揭示抗生素对宿主的直接作用
一项发表于 Nature Microbiology 的研究发现，抗生素并非只杀灭致病菌，还可能对宿主产生直接影响，为此开发了工具 CompoRes 用于识别这类宿主直接效应。
Bluesky：Dr. Jean Fan (@jef.works)AI 评分6060 STalign 和 STcompare 移植到 C++，大规模空间转录组比对从数小时缩短到数秒
Jean Fan 团队将空间转录组工具 STalign 和 STcompare 移植到 C++，可在数秒内完成大规模空间转录组比对与全转录组比较，而此前需要数小时。两个工具已在 GitHub 的 JEFworks-Lab 仓库开放，作者邀请用户试用。
NCBI InsightsAI 评分2222 GenBank Release 274.0 发布：60.07 万亿碱基、66.8 亿条记录
NCBI 发布 GenBank Release 274.0，含 60.07 万亿碱基、6.68 亿条记录，传统记录 269,895,537 条。与 273.0 相隔 63 天，传统部分新增 1,148,082,415,974 碱基和 2,511,642 条序列记录，WGS 部分新增 4,158,499,198,911 碱基和 308,262,063 条记录。
Medical XpressAI 评分5858 新型 CRISPR 方法靶向约两成癌症中出现的基因融合
澳大利亚 Peter Mac 的研究团队开发出一种用 CRISPR-Cas13b 精准靶向并沉默致癌基因融合的方法，在实验室细胞模型中成功靶向并沉默了包括 BCR-ABL1 在内的 9 种基因融合。
Bluesky：Cameron Thrash (@jcamthrash.bsky.social)AI 评分4242 优化流式细胞分选-测序流程可减少分选微生物群落中的储存、分选与提取偏差
一套优化的流式细胞分选-测序流程可减少分选微生物群落中的储存、分选与提取偏差。该流程针对分选微生物群落的三个偏差来源进行优化，相关结果发表于 journals.asm.org。
Bluesky：Cameron Thrash (@jcamthrash.bsky.social)AI 评分4242 NTDB：原核生物自然转化机器与调控基因的 curated 数据库
NTDB 是一个原核生物自然转化机器与调控基因的 curated 数据库，相关论文发表于 Nucleic Acids Research。自然转化由专门的机器与调控基因控制，驱动原核生物的进化与适应。
Bluesky：Maria Dzunkova (@dzunkovam.bsky.social)AI 评分5555 预印本评测长读长 RNA-seq 计数是否应做归一化
一篇 bioRxiv 预印本系统评测长读长 RNA-seq 的计数是否需要归一化，在 PacBio 与 ONT 平台上比较了 5 种归一化方法与 5 种定量工具。研究以 spike-in 和匹配的 Illumina 数据作为基准真值，预印本链接为 www.biorxiv.org/content/10.6...。
Bioinformatics AdvancesAI 评分5252 scfdr：用经验贝叶斯控制稀疏相关矩阵的 FDR
研究提出一种基于经验贝叶斯框架的阈值策略，在构建稀疏相关矩阵时控制非零相关中的 FDR，并估计非零相关里的预期假阳性数。该方法兼容任意相关度量，作者称其在保留真实生物学相关上比基于 Frobenius 范数最小化的交叉验证阈值更灵敏；相关 R 包 scfdr 已在 github.com/ariefgusnanto/scfdr 开放。
Journal of Chemical Information and ModelingAI 评分5252 MBFGNK：可解释多肽毒性预测的多模态几何学习框架
研究提出 MBFGNK，一个用于多肽毒性预测的可解释多模态几何学习框架，融合预训练蛋白语言模型的序列表征、基于等变图神经网络（EGNN）的 3D 结构特征，以及刻画全局、局部与残基协同作用的理化超图表征。
Phys.orgAI 评分5858 韩国研究团队用 AI 设计 DHPS 抑制剂，3 个预测活性片段均获实验验证
韩国大学研究团队开发了一套 AI 引导的药物发现流程，以人源酶 DHPS 为靶点，系统评测了 13 个分子结合打分模型和 10 种分子生成方法，其中 OOF-Stacking 在预测模型中综合表现最好，RL-Design 的预测命中率最高，达 92.02%。
公众号：单细胞天地AI 评分6767 scFlowReport 发布单细胞下游分析统一工作流
韩国建国大学和釜山国立大学医院团队在《Biomolecules》发表 scFlowReport，一个配置驱动的单细胞 RNA-seq 下游分析工作流，代码开源于 https://github.com/ibclab-hub/scFlowReport。
Genomics, Proteomics & BioinformaticsAI 评分5252 APR-Score：识别并评分蛋白序列中易聚集区域的机器学习方法
APR-Score 是一种基于机器学习的计算方法，用于识别蛋白序列中易发生聚集的区域，并综合序列与结构特征进行预测。该方法经训练集交叉验证和独立测试集验证，在区分聚集倾向区域与非聚集区域时取得 MCC 0.77、精确率 0.89、F1 0.87。工具代码已在 https://github.com/TII-BRC/APR-Score 开放。
公众号：生信技能树AI 评分2727 AI生信绘图：选择 SKILL 还是 MCP 形态？
生信技能树正尝试用 MCP 形态做开源生信绘图工具，此前其 Bizard SKILLS 已初步支持 MCP 功能。作者对比指出，SKILL 提供操作手册、由 AI 每次自行生成脚本，稳定性不足；MCP 直接调用外部程序与脚本，绘图更快。首版 MCP 已可安装，用自有数据不到一分钟即可出图，并附 index 网页展示与一键复制提示词，目前仍在群内内测。
Journal of Chemical Information and ModelingAI 评分4040 SF-GA：将预测的 P-glycoprotein 底物重设计为可合成非底物的协同引导片段遗传算法
研究提出协同引导片段遗传算法 SF-GA，将片段协同分析嵌入遗传算法突变阶段，使片段替换偏向与非底物分类相关的共现子结构，从而把 P-gp 底物改造为预测的非底物。在固定函数评估预算下，SF-GA 优化性能与遗传算法和强化学习基线相当，且所生成分子的逆合成可及性在所有测试方法中最高。对两个人类 P-gp 结构的对接显示，预测非底物概率更高的分子预测结合更弱。
Bluesky：Rosetta Commons (@rosettacommons.bsky.social)AI 评分5858 Institute for Protein Design 推出结构生物学工具互操作框架 Chaperone
Institute for Protein Design 开发的结构生物学工具互操作统一框架 Chaperone 已在 Rosetta Commons 的 GitHub 组织下开放使用。该框架用于让结构生物学工具之间互通，便于搭建自定义的蛋白设计流程。
Bluesky：Martin Pacesa (@martinpacesa.bsky.social)AI 评分5858 BindCraft2 v1.0.4 发布，改进 VHH、scFv 与诱导契合靶向设计
BindCraft2 v1.0.4 已发布，显著改进了 VHH、scFv、ARP 和诱导契合（induced fit）靶向设计，同时提升了运行速度和代码稳定性。作者建议此前失败的困难设计任务可以重新尝试，并致谢 @erikmaeots、Leonardo Tredese 和 @liza-ch 的工作。
Nucleic Acids ResearchAI 评分6060 HRD 数据库发布 1.0 版，整合人类生殖与发育多组学资源
人类生殖与发育数据库 HRD 发布 1.0 版，整合了生殖、妊娠和发育相关的公开多组学数据。该版本收录 814 条组学记录，包括 432 条 bulk 转录组、144 条单细胞或单核转录组、156 条表观基因组、52 条代谢组和 30 条蛋白质组记录，另有 702 条临床试验记录、293 条暴露与结局关联和 779 个先证 SNP 及其表型关联。
Nucleic Acids ResearchAI 评分5858 PAZy 数据库扩展至 450 多个经实验验证的塑料活性酶并开放 REST API
PAZy 塑料活性酶数据库发布扩展版本，收录超过 450 个经实验验证能作用于合成或生物基塑料的酶，并补充更详细的元数据与更广的底物覆盖。新版改为关系型数据库，引入大语言模型辅助整理活性数据，网页界面支持按蛋白或塑料底物浏览，并提供公开 REST API 供程序化调用。该资源用于区分实验验证的塑料活性酶与仅计算预测的候选，可免费访问 https://www.pazy.eu。
Nucleic Acids ResearchAI 评分6262 EvoNiche 数据库发布，整合 91 套空间与单细胞转录组数据解析肿瘤生态位
EvoNiche 数据库发布，整合 91 套配对的空间与单细胞转录组数据集，覆盖 35 种癌症类型。数据库包含 712 张组织切片、1 953 708 个空间 spot 和 58 个单细胞数据集共 2 945 536 个细胞，识别出 5609 个空间生态位，并重建组织水平和细胞水平的时空轨迹。
Nucleic Acids ResearchAI 评分5858 NTDB 数据库发布，收录原核生物天然转化机器与调控基因
上海交通大学团队发布天然转化数据库 NTDB（https://bioinfo-mml.sjtu.edu.cn/NTDB/），整合文献挖掘得到的 118 个天然可转化物种、1072 个转化相关基因和 10 个 DNA 摄取基序的实验验证数据。
Nucleic Acids ResearchAI 评分5252 ImmunEscpMap 发布以基因为中心的肿瘤与病毒感染免疫逃逸知识库
ImmunEscpMap 是一个以基因为中心的知识库，把肿瘤与病毒感染中的免疫逃逸证据放进统一框架。
科学网精选AI 评分8888 生成式AI系统 RFdiffusion3 可从原子层面设计蛋白质与核酸
包括戴维·贝克在内的团队开发出生成式AI系统 RFdiffusion3（RFD3），可直接从原子层面设计蛋白质和核酸，生成蛋白质结构的速度约为前代系统 RFdiffusion2 的10倍。在41个已有酶的活性位点计算测试中，RFD3 有37个案例的设计表现优于 RFdiffusion2；实验上设计出可分解对氧磷的酶和可切割特定肽段的蛋白酶，均完成预期化学反应。设计范围还扩展到 RNA 等核酸分子。
推荐理由：RFD3 把蛋白质设计条件细化到原子位置和氢键，并给出与前代的速度和活性位点对比，可据此判断原子级设计的能力边界。
公众号：BioArtAI 评分6060 张帅等团队开发维C化生物正交探针，绘制候选靶标图谱并鉴定GSTP1调控作用
华中农业大学张帅、浙江大学朱成梁和上海交通大学医学院附属瑞金医院何吓俤等团队在Angew发表论文，开发维生素C生物正交探针平台研究赖氨酸维C化修饰。团队合成炔丙基报告探针VC-1及O-乙酰化前体探针VC-2，用VC-2开展活细胞定量化学蛋白质组学，获得1615个竞争敏感的维C化候选靶标，并在FTO、ALDH1B1、GSTO1、IMPDH1等蛋白上鉴定到探针来源的赖氨酸加合物。
Nature CommunicationsAI 评分5858 DNA-SaM 编解码系统提升 DNA 数据存储可扩展性
研究提出 DNA-SaM 系统，整合高效编码、严格的生化约束检查和两级索引的存储单元分布架构，用于可扩展的 DNA 数据存储。计算分析显示其编码时间复杂度为线性，编码时间较代表性方法明显缩短，并主动排除同聚物重复、串联重复和潜在启动子基序等可能干扰下游生化过程的序列。该系统在体外和体内实际存储中均取得 100% 成功率，按其编码方案与序列设计空间理论上可存储超过 2^70 PB 数据。
Nature Machine IntelligenceAI 评分4242 可复用性报告：多样本组学网络推断受先验知识与数据可得性制约的稳健性区间
对多样本约束网络推断框架 CORNETO 的可复用性评估显示，多样本推断总体提升稳健性与可重复性，但预测性能增益取决于生物学背景和先验网络的完整性。研究在动态造血与稳定皮层数据集上系统评估四种网络重建范式，并引入 bootstrap 聚合与选择性再扩展策略以提升共识稳健性。结果揭示由样本量、先验知识和正则化共同界定的不同推断区间。
PatternsAI 评分3838 利用 Venn-Abers 预测器在无标签条件下估计选择性分类器的准确率
该研究提出用 Venn-Abers 预测器在无真实标签时估计选择性分类器的性能，给出校准的区间估计与实用下界，用于量化不确定预测转人工复核时分类器的可靠程度。
Nature MethodsAI 评分5858 miOPM 多浸没斜平面显微镜发布，支持油水空气物镜切换的高分辨光片成像
研究团队发布多浸没斜平面显微镜 miOPM，一种可重构的高分辨光片荧光显微平台，支持油、水、空气物镜无缝互换，并在 1.33 至 1.51 的折射率范围内保持衍射极限性能。该平台兼容标准样品 mounting、现有透明化流程和通量三维成像，作者用它拍摄了从培养细胞到整体生物、透明化组织的多种样本。原文称其目标是降低先进三维成像的使用门槛。
Phys.orgAI 评分7272 SpaceA 空间 3D 基因组技术实现组织切片内长程染色质互作原位检测
中国科学院遗传与发育生物学研究所李湘团队开发出空间 3D 基因组技术 SpaceA，可在组织切片中原位检测长程染色质互作并保留细胞空间位置，成果发表于 Developmental Cell。
Bluesky：Arnaud Martin (@evolvwing.bsky.social)AI 评分2727 Arnaud Martin 发布可减少共线性图缠绕的工具，支持 Genespace 输出
Arnaud Martin 发布了一款能重定向共线性图以减少缠绕的工具，可直接读取 Genespace 的输出，另有较少测试的版本支持包括 minimap2 比对在内的其他输入。该工具目前处于 beta 阶段，作者表示遇到问题可联系反馈。
Cathy TieAI 评分4242 Cathy Tie 等人构建开源天然遗传等位基因全球图谱
Cathy Tie 表示与几位朋友共同构建了一个开源的自然发生遗传等位基因全球图谱，并征求将其用于预测药物反应、生物防御模拟或精准临床试验的方向建议。
Jacob SchreiberAI 评分3636 tangermeme 合并 DeepLIFT/SHAP 扩展
Jacob Schreiber 宣布，已将 Valeh Amiri 和 R. Rastogi 对 DeepLIFT/SHAP 的扩展合并进 tangermeme，使其可运行于各类模型，并同步更新了 tangermeme skill 以指导 agent 使用。
Phys.orgAI 评分4040 手摇离心芯片一分钟内同时测血型与红细胞压积
台湾大学 Chien-Fu Chen 团队开发出一种手摇离心驱动的塑料芯片，仅需约 3 微升指尖血、约一分钟即可同时判定 A/B/Rh 血型并读取红细胞压积。在 21 例医院患者样本上，结果与标准医院分析仪高度一致，且读数不受摇柄转速影响。该研究发表于 Biosensors and Bioelectronics，目标是让急救人员在无电力和无专业培训条件下完成这两项血液检测。
Chris MasonAI 评分4242 Chris Mason 实验室发布 RNA 修饰分析新算法
Chris Mason 实验室在 bioRxiv 发布由 Theo 与 Horner 实验室合作开发的新算法及表观转录组分析工具集，可从直接 RNA 测序中解析转录本、等位基因和条件相关的 RNA 修饰差异。
Bluesky：Asaf Levy (@asaflevylab.bsky.social)AI 评分3838 Netanel Tzarum 开发高毒性细菌蛋白表达纯化模块化平台，成果发表于 Microbial Biotechnology
Netanel Tzarum 开发出一种基于瞬时毒素中和的模块化重组生产平台，可对高毒性细菌蛋白进行可扩展的表达与纯化，结合天然毒素-抗毒素系统实现中和。该方法适用于毒素-抗毒素及效应物-免疫系统研究，成果已发表于 Microbial Biotechnology。
ScienceDailyAI 评分6060 斯坦福大学开发 iISM 显微镜，无需荧光标记即可观察活细胞内部结构
斯坦福大学团队开发出干涉图像扫描显微镜（iISM），将干涉散射显微与阵列探测器结合，在无需荧光标记的条件下实现约 120 纳米分辨率，可实时观察活细胞内多种结构同时运动与相互作用。
Genome BiologyAI 评分5858 Amira 直接从长读段检测单拷贝与多拷贝耐药基因
Amira 通过构建基因空间 de Bruijn 图，直接从长读段中检测抗菌药物耐药（AMR）基因，把读段精确对应到不同的 AMR 基因拷贝，并据此完成组装。作者称，在模拟数据、精选样本和公开数据集上，Amira 相比现有方法提升了拷贝数召回率和核苷酸准确度。
BMC BioinformaticsAI 评分5858 Metacontextify 发布：为海洋宏基因组样本自动补全环境注释
Metacontextify 通过 Copernicus Marine Service 数据，为海洋宏基因组样本自动检索温度、盐度、pH、营养盐等环境属性，可连接 ENA 和 MGnify 标识或采样坐标与日期。
BMC BioinformaticsAI 评分5858 ParaDISM 发布：面向高度同源基因区域的短读段精确比对流程
ParaDISM 是一个用于精化标准比对结果的流程，通过参考序列的多序列比对识别可区分位点，仅在有无歧义的序列特异性证据时才把读段或读段对分配到某条序列，证据不足的读段报告为未分配。