生信日报 · 2026 年 10 月 22 日 · 星期四
BIOINFOSOUL
GSK 反义寡核苷酸药物 Hibsago 获 FDA 批准用于慢性乙肝
GSK 的 Hibsago 获 FDA 批准,成为首个用于慢性乙型肝炎的反义寡核苷酸治疗药物,FiercePharma 报道了该批准,并报道该药被视为通向功能性治愈的方向。
方法与工具
Nature 论文:16B 参数模型 Pinal 用自然语言设计功能蛋白
Stephen Turner 在 Bluesky 分享了 Nature 论文《Programmable design of functional proteins from natural language》。论文提出 16 亿参数的人工智能模型 Pinal,可根据自然语言描述设计功能蛋白,并展示了经实验验证的活性以及改进的 CO2 固定表现。
DynaVelo 用单细胞多组学速度预测 B 细胞功能缺失与 rescue 扰动
DynaVelo 是一个生成式神经常微分方程模型,从单细胞多组学数据中学习基因表达与转录因子 motif 活性的联合动态,并学习向量场的函数形式,使模型可在计算中施加扰动,而不只是绘制轨迹。作者用 DynaVelo 重现了野生型小鼠生发中心 B 细胞的体内分叉动态,并揭示 Arid1a 与 Ctcf 杂合缺失下这些动态如何改变;计算扰动得到动态且细胞状态特异的基因调控网络,恢复了野生型生发中心中已知的 TF-基因边,并预测突变体中受破坏的边。
Cell Painting 结合组织透明化实现 3D 球状体单细胞形态分析
研究提出一种可扩展的方法,将 Cell Painting 适配到 3D 球状体:先用组织透明化让球状体变透明,再配合实时定位球状体的对焦流程,从而在完整球状体内部实现单细胞水平的 Cell Painting。作者用该方法分析了 52 个临床相关药物,发现单细胞指纹按生物学通路聚类,比压平的球状体整体视图更稳健地区分药物效应。值得注意的是,5-fluorouracil 与 olaparib 在 2D 单层细胞中几乎无法区分,在球状体中效应出现分化,这一结果随后由 DNA 损伤、细胞周期和基因表达实验佐证。
研究发现
丁胜团队用化学诱导类全能干细胞在体外构建小鼠胚胎模型
清华大学药学院丁胜团队用化学小分子诱导产生的类全能干细胞(ciTotiSCs)在体外自组装并连续发育成小鼠胚胎模型(ciToti-EMs),论文发表在 Nature。该模型跨越囊胚期、原肠运动到早期器官发生,达到自然胚胎 8.5 至 10.5 天阶段,出现前后轴、神经褶、体节、卵黄囊血岛、血管网络和原始生殖细胞,心脏形成心房样与心室样区室并有节律收缩。
Nature:SERPINE1与SERPINB2在胰腺癌中编织纤维蛋白免疫抑制生态位
美国西奈山伊坎医学院Brian D. Brown团队在Nature发表研究,鉴定出肿瘤来源的SERPINE1(PAI1)与SERPINB2(PAI2)是胰腺导管腺癌(PDAC)免疫逃逸的空间主导调控因子。团队用自主建立的Perturb-map空间功能基因组学平台,将体内CRISPR敲除与Pro-Code蛋白条形码、多重免疫荧光成像结合,发现局部免疫邻域重塑在疾病早期即已发生,并先于晚期克隆的空间优势。
Cas9 nickase 收缩 CAG/CTG 重复可改善亨廷顿病小鼠表型
研究显示,将靶向 CAG/CTG 重复序列的 CRISPR-Cas9 nickase 导入亨廷顿病(HD)患者来源的神经元和星形胶质细胞,以及强直性肌营养不良 1 型患者来源的神经元后,可实现高效的重复序列收缩;该作用具有等位基因选择性,且未检测到脱靶突变。用腺相关病毒载体将 Cas9 nickase 注射到 HD 的 R6/1 小鼠模型纹状体后,超过一半的纹状体神经元出现重复序列收缩,并观察到包涵体数量减少、基因表达谱改善以及旷场实验中运动缺陷减轻。作者指出,这些效应大于收缩本身所能预期的程度,提示可能涉及非细胞自主机制。该结果为纠正 CAG/CTG 重复可改善 HD 表型提供了概念验证。
GVHD 预防方案塑造造血细胞移植后的 T 细胞免疫重建
一项发表于 Science Translational Medicine 的研究,基于 BMT CTN 1703 III 期试验中共同入组的 324 例患者,比较移植后环磷酰胺(PT-Cy)与他克莫司/甲氨蝶呤(Tac/MTX)两种 GVHD 预防方案下的 T 细胞免疫重建差异。研究对 2359 份纵向样本、180,432,350 个 T 细胞进行 TCR 测序,发现 PT-Cy 与全 T 细胞清除相关,随后 T 细胞从更小的起始群体延迟扩增,形成多样性瓶颈,移植后 2 年内 TCR 库多样性降低。
Nature:PLA2G2D构成肿瘤引流淋巴结中的免疫检查点
荷兰伊拉斯姆斯大学医学中心Floris Dammeijer、Ralph Stadhouders等与Apeximmune Therapeutics合作在Nature发表研究,发现分泌型磷脂酶PLA2G2D主要由肿瘤引流淋巴结(TDLN)T细胞区巨噬细胞等髓系细胞产生,直接限制早期活化T细胞的扩增,构成一个以TDLN为中心的免疫检查点。研究对II期和III期黑色素瘤患者TDLN做40重成像质谱分析,覆盖372个区域、超过87万个单细胞,发现复发患者副皮质区髓系–T细胞互作增强,PLA2G2D是复发患者副皮质髓系细胞中上调最明显的基因之一。
AI × 生物医药
NVIDIA 与华盛顿大学联合发布蛋白设计开放模型 RFD4-Proteina
NVIDIA 与华盛顿大学蛋白设计团队(@UWproteindesign)联合发布开放模型 RFD4-Proteina,已纳入 NVIDIA BioNeMo。官方称其在 200 个残基长度下生成速度比 RFdiffusion3 快 13 倍,在 12 项以上蛋白设计任务上达到当前最优水平,并支持自定义设计输入、对更难的问题使用 test-time compute。团队提供了 binder 设计教程供上手。
医药产业
Roivant 称口服免疫药 Lisraya 在非感染性葡萄膜炎 III 期试验中优于安慰剂
Roivant 及其分拆公司 Priovant 周三表示,其免疫调节口服药 Lisraya 在治疗炎症性眼病非感染性葡萄膜炎方面比安慰剂更有效。结果来自两项 III 期试验,共覆盖 371 名患者,可能为 Roivant 打开一个新的市场。公司估计美国约有 70,000 至 190,000 名该病患者,其中超过 40,000 人已在接受 Humira 或类似疗法。Roivant 计划在明年上半年提交上市申请;若获批,该药的使用范围将从今年 8 月获批的罕见皮肤病皮肌炎进一步扩大。
《纽约时报》报道 AI 设计病毒首次用于治疗人类患者
Eric Topol 分享了《纽约时报》头版报道,报道称科学家首次使用 AI 设计的病毒治疗一名人类患者。该报道由《纽约时报》刊发,Topol 只引用了报道开头这句话,未补充自己的评论。
快讯
- 三篇Cell背靠背研究构建MitoTOL,解析线粒体代谢多样性与演化历史公众号:BioArt
- Nature 研究在正常人体组织中鉴定出大量非遗传氨基酸替换公众号:BioArt
- 翰森制药与罗氏达成超 155 亿美元 ADC 授权合作,百亿美元级 BD 交易密集落地公众号:医药经济报
- UBT251 与 Retatrutide 两项三受体激活剂减重试验结果分别发表于 Cell Metabolism 和 Lancet公众号:BioArtMED
- 人类 T 细胞耗竭蛋白组图谱揭示蛋白稳态失衡Cell
- Cell:工程化逆转座子实现体内基因写入Cell
- fastGxE 实现生物样本库规模的全基因组基因-环境互作检测Nature Genetics
- 全基因组分析鉴定出 60 个与肝脏甘油三酯含量相关的位点Nature Genetics
- 可成药 GPX4 抑制剂 KY0418 在体内诱导铁死亡并抑制肿瘤Cell
- LLM 驱动的文献抽取流程构建蛋白缓冲液与表达条件数据库 ProBufExBriefings in Bioinformatics