BindCraft2 v1.0.4 发布，改进 VHH、scFv 与诱导契合靶向设计
BindCraft2 v1.0.4 已发布，显著改进了 VHH、scFv、ARP 和诱导契合（induced fit）靶向设计，同时提升了运行速度和代码稳定性。作者建议此前失败的困难设计任务可以重新尝试，并致谢 @erikmaeots、Leonardo Tredese 和 @liza-ch 的工作。
#产品更新
Bluesky：Martin Pacesa (@martinpacesa.bsky.social)AI 评分5858
Ensembl BlogAI 评分5656 Ensembl 新版 FTP 将停用按物种名组织的目录结构
Ensembl 宣布新版 FTP 空间中按物种名组织的目录结构将在两周内停用，此前发布的全部基因组文件仍可在 GCA 或 GCF 子目录下访问。官方同时提供 JSON manifest 文件，列出基因组注释数据及其位置，目录结构与文件类型的说明见 FTP 下载文档。
Ensembl BlogAI 评分4242 Ensembl 2015 年及更早的四个归档版本即将退役
Ensembl 将退役 2015 年及更早的四个归档站点，包括 Ensembl 80（小鼠 GRCm38 注释）、Ensembl 77（斑马鱼 Zv9 注释）、Ensembl 75（人 GRCh37 注释）和 Ensembl 54（人 NCBI36、斑马鱼 Zv8 注释）。这些站点及其工具（含 BioMart 访问）将不再可用，但对应数据文件仍可通过 FTP 获取。
Bluesky：Nils Homer (@nilshomer.com)AI 评分5858 bwa-mem3 比原版快 6-8 倍，速度已与 minibwa 相当
bwa-mem3 现在比原版 bwa 快 6-8 倍，速度已与 minibwa 相当。作者 Nils Homer 以此询问读者为何还没有改用 bwa-mem3，帖中未给出测试数据、版本号或代码链接。
Seurat：GitHub Releases精选AI 评分7272 Seurat v5.6.0 发布，新增线程控制并加速核心分析步骤
Seurat 发布 v5.6.0，新增 setThreads 和 getThreads 控制支持的 C++ 内核与 uwot UMAP 后端线程。
推荐理由：新版本把归一化、降维、聚类和整合等常用步骤改为多线程 C++ 实现，并修复了 BPCells 磁盘型数据的打分问题，做单细胞分析的读者可据此判断是否升级。
Bluesky：Nils Homer (@nilshomer.com)AI 评分5555 bwa-mem3 v0.12.0 发布，Arm 与 x86 上比对提速
bwa-mem3 v0.12.0 发布，相比 v0.10.0 在 Arm 和 x86 上均提速，--fast 模式约为 minibwa 的 2 倍，默认模式在 x86 上差距约 15%，同时保持 --compat 下输出字节一致。该版本还带来约 30–40% 的甲基化分析提速，并进行了一次大规模内存安全改进。代码与发布说明见 github.com/fg-labs/bwa-mem3。
ColabFold：GitHub ReleasesAI 评分6262 ColabFold 1.6.3 发布：支持 pip 安装并新增接口评分
ColabFold 1.6.3 发布，现在可以完全通过 pip 安装，本地安装不再需要 conda，kalign、hhsearch 和 openmm 也可从 pip 获取。
Scanpy：GitHub ReleasesAI 评分3838 Scanpy 1.13.0a2 发布
Scanpy 发布 1.13.0a2 预发布版本。原文未披露该版本的具体功能变更、修复内容或数据与代码公开情况。
Scanpy：GitHub ReleasesAI 评分2020 Scanpy 1.12.4 发布
Scanpy 发布 1.12.4 版本，为这一单细胞分析工具的补丁更新。原文未披露具体修复内容与新增功能。
AlphaFold 3：GitHub ReleasesAI 评分6262 AlphaFold 3 发布 v3.0.4，支持纯 CPU 与 Apple Silicon 运行
AlphaFold 3 v3.0.4 让模型可在纯 CPU 机器和 Apple Silicon 上运行，其中 Apple Silicon 可利用 GPU 加速推理。
Scanpy：GitHub ReleasesAI 评分4242 Scanpy 1.13.0a1 发布
Scanpy 发布 1.13.0a1 版本。该版本为 GitHub Releases 上的预发布版本，具体更新内容原文未列出。
ColabFold：GitHub ReleasesAI 评分5656 ColabFold 1.6.2 发布，新增 Pallas/Triton Evoformer 内核
ColabFold 1.6.2 发布，新增 --use-pallas 参数，用融合的 Pallas/Triton 内核运行 Evoformer，预测速度约提升 2.5 倍且内存占用略降，需要计算能力 8.0（Ampere）及以上的 NVIDIA GPU。
AlphaFold 3：GitHub Releases精选AI 评分7878 AlphaFold 3 发布 v3.0.3，代码许可证改为 Apache 2.0
AlphaFold 3 发布 v3.0.3，代码许可证从 CC BY-NC-SA 4.0 改为 Apache 2.0，并兼容 Python 3.14。该版本还带来性能改进：Confidences JSON 序列化最高提速 30 倍，5000 残基输入的序列化时间从 43 s 降至 1.3 s，mmCIF 解析提速 4%。
推荐理由：许可证从非商用协议改为 Apache 2.0，并给出大输入序列化提速的具体数字，可据此判断能否商用与升级。
Seurat：GitHub ReleasesAI 评分2222 Seurat v5.5.0 发布：新增 BPCells 回归支持与多项可视化参数
Seurat 发布 v5.5.0，为 BPCells 的 IterableMatrix 在 ScaleData 中新增 vars.to.regress 与 latent.data 支持。
AlphaFold 3：GitHub ReleasesAI 评分3030 AlphaFold v3.0.2 发布：支持 NVIDIA Blackwell GPU 并提升 MSA 搜索性能
AlphaFold v3.0.2 发布，开箱支持 NVIDIA Blackwell GPU，并借助 Tokamax 实现 flash attention 与 SwiGLU。
Gunnar RätschAI 评分5858 Metagraph 网站完成优化，可在 17PB 索引序列中约 3 分钟完成搜索
Gunnar Rätsch 表示团队近期发表了 Metagraph，并优化了网站以让更多用户稳定高效地使用，新增 AI summary/tax. id 功能。在单台服务器上搜索 17PB 索引序列约需 3 分钟，作者附上了 Nature 论文链接和在线检索示例。
Jared SimpsonAI 评分4242 nanopolish v0.14.0 发布
Jared Simpson 宣布 nanopolish v0.14.0 发布，新增对 modification BAM 文件的支持，并可在 M1 Mac 上编译。
Jared SimpsonAI 评分4242 Nanopolish 支持 SAM/BAM 碱基修饰标签
Jared Simpson 表示 Nanopolish 现已支持 BonfieldJames 提出的 SAM/BAM 碱基修饰标签，可直接在基因组浏览器中查看 5-mC 等修饰，但所含信息与默认 TSV 略有不同。
Jared SimpsonAI 评分6060 Nanopolish v0.12 发布，支持测序运行中实时甲基化检测
Nanopolish v0.12 支持在测序仪运行过程中实时进行甲基化检测。作者 Jared Simpson 表示这次更新值得重新启用旧博客来介绍，并给出了博客文章地址。