Bruce 通过抑制自噬调控的 caspase 活性抑制果蝇翅组织生长
在果蝇中，过表达的 Dcp-1（而非 Drice）可在缺乏经典凋亡体组分的情况下被激活，TurboID 邻近标记显示 Sirtuin 1 及 Debcl、Buffy 等自噬相关基因是 Dcp-1 激活所必需。AlphaFold3 结构预测将自噬调控的凋亡抑制因子 Bruce 鉴定为 Dcp-1 特异性调控因子，且 Bruce 在生理条件下抑制翅组织生长。
#蛋白质结构
eLifeAI 评分2929
公众号：生信宝典AI 评分5858 顾江、邹全明团队在 ACS Nano 发表以保护性抗原 GroEL 为支架的铜绿假单胞菌纳米疫苗
顾江、邹全明团队在 ACS Nano 发表研究，以铜绿假单胞菌伴侣蛋白 GroEL 同时作为自组装纳米支架和保护性抗原，构建 reGroEL-PO 纳米疫苗。
公众号：iNatureAI 评分6060 多团队连发3篇 Science 解析植物识别几丁质、壳聚糖与细胞壁损伤信号的机制
2026年10月15日，丹麦奥胡斯大学 Kasper Røjkjær Andersen 团队在 Science 发表研究，以百脉根和苜蓿为对象解析 CHIP 受体家族识别几丁质寡聚体的结构基础，发现其特有的桥接结构域像卡尺一样对长链几丁质实现高亲和力、尺寸选择性识别，且该结构域是启动几丁质免疫所必需；亲和力不高的 CERK 类受体则作为共受体参与信号传递。
Nucleic Acids ResearchAI 评分3333 MBD2 蛋白识别甲基化 CpG DNA 的双稳态平衡机制
经典分子动力学模拟显示，MBD2 从目标位点下游一个碱基对位置在微秒内迁移至甲基化 CpG 靶位点，并结合为两种稳定构象：一种接近 X 射线晶体结构，另一种亲和力降低但保持对 mCpG 的选择性。S189 被确定为关键宏观开关，其与甲基胞嘧啶骨架相互作用的丧失使平衡偏向次态；S189A 突变体模拟、NMR 与荧光偏振实验均支持该突变不改变 mCpG 选择性但降低结合亲和力。
Nucleic Acids ResearchAI 评分5858 研究揭示瑞德西韦核苷酸对病毒 RdRP 转位的强效阻滞机制
研究结合 X 射线晶体学、淬灭流动力学和分子动力学模拟发现，瑞德西韦（RDV）核苷酸从产物链 −3 位转位到 −4 位并完成后续催化的复合速率，比腺苷在肠道病毒 RdRP 上至少慢 100 倍。
公众号：宏基因组AI 评分4040 ACS Nano 封面：顾江/邹全明团队用“抗原自组装”纳米颗粒疫苗抵御耐药铜绿假单胞菌肺炎
顾江、邹全明团队在 ACS Nano 发表封面研究，以铜绿假单胞菌保护性抗原 GroEL 为自组装纳米支架、展示 PcrV-OprI 融合抗原 rePO，构建 reGroEL-PO 纳米疫苗。
Nature CommunicationsAI 评分5858 dITP 通过改变 Kongming 复合物组装平衡激活 NAD⁺ 水解
研究发现，dITP 并非通过简单的构象变化激活 Kongming（Kom）系统的 KomBC 复合物，而是通过改变其组装平衡来实现。没有 dITP 时，KomBC 在紧密堆积的寡聚体和松散堆积的纤维之间处于平衡，两者均无活性；dITP 结合到 KomB 后，稳定纤维中紧密堆积的 KomC 核心并让催化残基对齐，从而激活 NAD⁺ 水解。
Journal of Chemical Information and ModelingAI 评分4747 激酶抑制剂结合后可改变质子化或互变异构状态
利用多构象连续静电（MCCE）方法，计算了9个激酶结构域与18种FDA批准抑制剂在37个共晶结构中的质子化与互变异构分布，全流程重复三次并给出运行间不确定度。结果显示蛋白净电荷与质子分布基本稳定，而抑制剂电荷在结合后频繁增减；结合使低能态（ΔG < 2.8 kcal/mol）相对概率发生移动，但不提高高能态概率。
Science AdvancesAI 评分5858 TAK-243 的 CRISPR 筛选揭示 HAPSTR1/HUWE1 轴调控染色质蛋白稳态与细胞周期
研究在泛素 E1 抑制剂 TAK-243 存在下开展全基因组 CRISPR 敲除筛选，鉴定出 239 个基因，敲除这些基因会使细胞对泛素化阻断更敏感。后续分析显示，核蛋白 HAPSTR1 将 E3 连接酶 HUWE1 招募到染色质，维持染色质相关蛋白组的稳定，而 HAPSTR1 自身在细胞周期进程中被 HUWE1 降解。
Phys.org精选AI 评分8888 AI 从头设计可识别并切割指定蛋白靶点的蛋白酶
David Baker 团队组合 RFdiffusion2 的 RFD2-MI、ProteinMPNN、EnhancedMPNN 和 AlphaFold 3 从头设计半胱氨酸蛋白酶与锌蛋白酶，两项结果分别发表于 Nature。
推荐理由：两篇 Nature 论文用 RFdiffusion2、ProteinMPNN 与 AlphaFold 3 组合从头设计蛋白酶，并给出实验验证的成功率与提速幅度。
Journal of Chemical Information and ModelingAI 评分2929 Ga3+ 替换 Fe3+ 的“特洛伊木马”抗菌策略：细菌过氧化氢酶-过氧化物酶 KatG 中替换过程的建模
研究用分子动力学模拟、炼金术自由能计算与 QM/MM 方法，在原子层面刻画了细菌过氧化氢酶-过氧化物酶 KatG 活性位点中 Ga3+ 替换 Fe3+ 的过程。模拟显示 heme B 辅因子的轴向配位环境在金属替换后基本保持，远端配体在组氨酸与配位水分子之间动态切换。自由能计算表明该替换在热力学上有利，为铁模拟抗菌剂的理性设计提供了机制依据。
Bluesky：Evelina Tutucci (@anilevetu.bsky.social)AI 评分4242 Nature Structural & Molecular Biology：可变剪接微调模块化蛋白界面以调控蛋白定位
可变剪接通过微调模块化蛋白界面来调控蛋白定位，相关成果发表于 Nature Structural & Molecular Biology。该研究将可变剪接与蛋白定位控制联系起来，具体机制与数据细节原文未展开。
Kresten Lindorff-LarsenAI 评分2020 p21 内在无序蛋白经典论文发表30年
Kresten Lindorff-Larsen 提到 Richard Kriwacki、Peter Wright 等人关于 p21 在游离态与 Cdk2 结合态下结构研究的 IDP 论文发表于30年前的今天，该研究显示构象无序介导结合多样性。
Frances ArnoldAI 评分4242 Arnold 团队实现芳烃原料伯胺化酶催化
Frances Arnold 展示了团队通过定向进化开发的新酶活性，可利用羟胺对芳香族原料进行伯胺化；其学生 Kathleen Sic 的引用推文补充该工作已发表于 ACS Central Science。
Nature BiotechnologyAI 评分5858 六种蛋白组衰老时钟首次进入临床试验
六种蛋白组衰老时钟首次被部署到一项临床试验中，研究结果更多揭示了这些时钟本身的特性，而非药物效果。材料未给出试验规模、药物名称及具体结论。
公众号：北大生科精选AI 评分6767 昌增益研究组揭示NH₄⁺与HCO₃⁻协同耗竭ATP触发细菌休眠并驱动蛋白质相分离
北京大学昌增益团队在Scientific Reports发表研究，提出细菌休眠由氨基酸氧化副产物NH₄⁺与HCO₃⁻协同触发，而非营养耗尽本身。两种代谢物同时存在时才会显著降低ATP水平，解除ATP对FtsZ、FtsA、MinD、AdhE、RplA等蛋白的增溶保护，使其以折叠态相分离组装成复苏延迟体；补充ATP可完全溶解凝聚体并恢复生长。
推荐理由：该研究把细菌休眠的触发从营养饥饿转向NH₄⁺与HCO₃⁻协同耗竭ATP，为理解持留与抗生素耐受提供新框架。
Matthias Mann LabAI 评分5858 质谱蛋白质组分析 83 例儿童肾上腺皮质肿瘤，识别出 4 种与生存相关的蛋白质组状态
Matthias Mann 实验室对 83 例罕见儿童肾上腺皮质肿瘤的存档 FFPE 组织做质谱蛋白质组分析，识别出 4 种蛋白质组定义的状态，这些状态对生存的预测优于组织学。该工作由 Rainer Claus 和 Andreas Metousis 主导，发表在 eBioMedicine，DOI 为 10.1016/j.ebiom.2026.106504。
Cell SystemsAI 评分5858 研究重建4.6亿年间一个必需分子互作的界面演化
一项系统发育与实验重建研究追踪了一个必需分子互作在4.6亿年间的演化，发现历史替换不断随机地增强或削弱界面上的不同位点，逐步改变了亲和力的模式与生化基础，也改变了可能突变带来的效应。研究由Yeonwoo Park与V. Narry Kim完成，发表于Cell Systems。
Caleb LareauAI 评分5858 MSKCC 团队在 Nature Biomedical Engineering 报告 AI 设计抗肿瘤治疗蛋白的首个进展
Memorial Sloan Kettering 癌症中心（MSKCC）Caleb Lareau 实验室在 Nature Biomedical Engineering 在线发表研究，报告其用 AI 设计新型治疗蛋白、并将其开发为抗肿瘤疗法的第一步。作者称这项工作始于三年前，目标是探索能否借助 AI 获得新的治疗性蛋白，更多细节见 MSKCC 新闻稿链接。
Ben LehnerAI 评分4242 五种人类蛋白激酶变构架构的保守与分化
Ben Lehner 分享其实验室新预印本，研究五种人类蛋白激酶的变构架构在进化中的保守性与分化，由 Carla Folgado 等人完成，涉及 Sanger 研究所等机构。
Bluesky：Marcel Dickmanns | 🌿❄️🔬 (@madic.bsky.social)AI 评分3232 Nature Plants：cryoET 解析 Physcomitrium patens 胞间连丝原位结构
研究利用 cryo-electron tomography（cryoET）结合 AlphaFold 与蛋白质组学，解析了 Physcomitrium patens 胞间连丝的天然组织方式，成果发表于 Nature Plants。研究发现胞间连丝受细胞壁重塑调控而开闭，螺旋状蛋白组装体为内部膜结构提供支架。