物种边界为何模糊:基因组学时代的微生物分类困境
基因组测序揭示水平基因转移(HGT)在微生物中远比此前假设的普遍,使生命之树的枝条交叉合并,模糊了物种边界。文章以临床微生物学家 Frank Koontz 对基因分类法的质疑为线索,梳理从 Linnaeus 到 Crick 提出“蛋白质分类学”的分类学史,并指出在美国工程微生物是否需接受监管审查取决于其外源 DNA 是否来自不同属。
基因组测序揭示水平基因转移(HGT)在微生物中远比此前假设的普遍,使生命之树的枝条交叉合并,模糊了物种边界。文章以临床微生物学家 Frank Koontz 对基因分类法的质疑为线索,梳理从 Linnaeus 到 Crick 提出“蛋白质分类学”的分类学史,并指出在美国工程微生物是否需接受监管审查取决于其外源 DNA 是否来自不同属。
当基因组监测止步于细菌谱系时,会漏掉移动 DNA 携带的流行病学信息。一项研究以宿主内 vanB 屎肠球菌、新生儿重症监护病房(NICU)中一株药物敏感 K. variicola 暴发和 MRSA AK3 为例,展示解析移动 DNA 能为调查补充什么。原文链接指向新西兰抗菌药物耐药(AMR)相关研究,DOI 为 10.1071/MA26。