cadonilimab 联合吉西他滨和顺铂一线治疗晚期胆道癌的 II 期 BicureX 试验结果
BicureX 是一项单中心、开放标签、单臂 II 期试验，评估抗 PD-1/CTLA-4 双特异性抗体 cadonilimab 联合吉西他滨和顺铂（GC）一线治疗不可切除局部晚期或转移性胆道癌（BTC）。61 例患者入组，接受最多 8 个联合周期后进入 cadonilimab 维持治疗，主要终点为按 RECIST v1.1 评估的客观缓解率（ORR）。
#肿瘤
Nature CommunicationsAI 评分5858 Nature CommunicationsAI 评分5858 冷冻电镜结构揭示二聚体颗粒酶 A 特异性识别并切割全长 GSDMB
研究团队解析了人源 GSDMB 与颗粒酶 A（GZMA）复合物的冷冻电镜结构，显示 GZMA 通过其单体表面及二聚体界面上的多个接触位点识别 GSDMB 的 C 端结构域（GSDMB-CTD），这些接触作为外部位点（exosite）把底物呈递给相邻的 GZMA 完成反式切割。此前已知 GZMA 的底物特异性由催化位点之外的相互作用决定，但 GZMA 外部位点识别 GSDMB 的分子机制并不清楚。GSDMB 被杀伤淋巴细胞释放的 GZMA 切割后，其 N 端结构域形成 gasdermin 孔道，在靶细胞中引发焦亡并增强抗肿瘤免疫。
Nucleic Acids ResearchAI 评分6262 整合分析揭示C2H2锌指蛋白在染色质环锚点上的广泛互作
研究整合216个C2H2-ZFPs的ChIP-seq数据与全基因组染色质互作图谱，发现超过40%的人C2H2-ZFPs在长程染色质互作（LRI）锚点显著富集。作者用亲和纯化-质谱构建了覆盖345个C2H2-ZFPs的互作组，并对204个成员做LUMIER二元互作实验，发现互作的C2H2-ZFP对在LRI上显著共富集，常定位于相同或相对的环锚点。
Nucleic Acids ResearchAI 评分6262 EvoNiche 数据库发布，整合 91 套空间与单细胞转录组数据解析肿瘤生态位
EvoNiche 数据库发布，整合 91 套配对的空间与单细胞转录组数据集，覆盖 35 种癌症类型。数据库包含 712 张组织切片、1 953 708 个空间 spot 和 58 个单细胞数据集共 2 945 536 个细胞，识别出 5609 个空间生态位，并重建组织水平和细胞水平的时空轨迹。
Nucleic Acids ResearchAI 评分5252 ImmunEscpMap 发布以基因为中心的肿瘤与病毒感染免疫逃逸知识库
ImmunEscpMap 是一个以基因为中心的知识库，把肿瘤与病毒感染中的免疫逃逸证据放进统一框架。
Briefings in BioinformaticsAI 评分5858 DPA 框架通过模块重连解析胃癌分期进展并识别治疗脆弱点
研究提出动态扰动分析（DPA）框架，用“扰动程度”这一新指标量化疾病不同阶段分子互作网络的模块重连。以胃癌进展为模型，DPA 发现肿瘤起始后阶段特异性转录变化有限，但广泛的模块重连持续存在，并识别出细胞外基质重塑、致癌信号激活、干性获得和晚期微环境适应等进展相关扰动程序。扰动分析给出两个主要疾病驱动程序，并优先锁定 PTPN12 和 LINGO1 等此前未被认识的调控因子，其功能在实验中得到验证。基于模块重连的药物重定位还发现 PJ-34 是靶向晚期疾病相关扰动的候选药物。作者称 DPA 可作为通用框架用于解析疾病进展。
Cell Reports MedicineAI 评分6060 靶向致癌 SOX2 凝聚体可抑制鳞状细胞癌进展
Luan 等发现 SOX2 凝聚体通过调控染色质组织和致癌基因表达促进鳞状细胞癌（SCC）进展。FDA 已批准的药物 ixazomib 能以依赖 HSP70 的方式选择性破坏 SOX2 凝聚体，提供了一种针对 SCC、可由生物标志物指导的治疗策略。
BMC BioinformaticsAI 评分2525 乳腺癌相关肠道微生物组的分类、预测功能与网络特征分析
基于 PRJNA658160 的 804 份粪便 16S rRNA V4 测序数据（386 例乳腺癌、418 例健康对照），乳腺癌样本的分类学 alpha 多样性显著降低，13 个属存在差异丰度，Bacteroides、Erysipelatoclostridium、Parabacteroides 和 Fusobacterium 在乳腺癌中富集。
Cell Reports MedicineAI 评分4242 异补骨脂查尔酮靶向去泛素化酶 OTUB1 诱导 PD-L1 降解并增强抗肿瘤免疫
Zhang 等发现异补骨脂查尔酮靶向去泛素化酶 OTUB1，促进癌细胞中 PD-L1 的泛素化与降解。该调控增强 T 细胞介导的抗肿瘤免疫，重塑肿瘤免疫微环境并抑制肿瘤生长。
Briefings in BioinformaticsAI 评分2828 AI 与生物信息学协同用于脑疾病精准医学：整合影像组学与多组学数据
一篇综述系统梳理了 AI 与生物信息学整合框架如何将影像组学与基因组学、转录组学、蛋白质组学等多组学数据融合，以更全面建模脑疾病复杂性。文章指出，尽管两个领域各自都有进展，影像组学与多组学融合的联合应用仍未被充分利用。借助深度学习和图神经网络等表征学习方法，这类多模态系统可支持生物标志物发现、患者分层和个性化治疗策略。作者重点评估了数据异质性、可解释性有限和临床验证障碍等挑战，并以胶质瘤、阿尔茨海默病和多发性硬化症的案例说明统一影像-组学架构的临床价值。
Genome MedicineAI 评分6262 结合 MAVE 与计算预测器提升遗传性癌症基因跨祖源变异分类
研究在 5 个有高质量 MAVE 数据的癌症相关基因上比较 MAVE 与 GEMME、EVE、CPT-1 等无人群依赖变异效应预测器的分类表现，发现 MAVE 按 ACMG/AMP 校准后更保守、判定更明确，而 VEP 整体能识别更广范围致病变异。
Genome MedicineAI 评分5858 SHH 型髓母细胞瘤单细胞与空间纵向图谱揭示复发相关程序及候选治疗靶点
研究对 22 例 SHH 型髓母细胞瘤样本（16 例原发、6 例复发，含 4 对原发-复发配对）开展 snRNA-seq（n = 16）、snATAC-seq（n = 13）和空间转录组（n = 6）分析，并结合 25 例样本的外显子变异数据，另用 48 例样本（24 对原发-复发配对）的 bulk RNA-seq 做验证。
Science AdvancesAI 评分5858 TAK-243 的 CRISPR 筛选揭示 HAPSTR1/HUWE1 轴调控染色质蛋白稳态与细胞周期
研究在泛素 E1 抑制剂 TAK-243 存在下开展全基因组 CRISPR 敲除筛选，鉴定出 239 个基因，敲除这些基因会使细胞对泛素化阻断更敏感。后续分析显示，核蛋白 HAPSTR1 将 E3 连接酶 HUWE1 招募到染色质，维持染色质相关蛋白组的稳定，而 HAPSTR1 自身在细胞周期进程中被 HUWE1 降解。
Cell Reports MedicineAI 评分6060 过表达 NKG2D 借助肿瘤 NKG2D 配体共刺激增强 CAR-T 细胞
Li 等人在 Cell Reports Medicine 报告，活化的 CAR-T 细胞会上调 NKG2D 配体（NKG2DL），从而易被 NK 细胞识别。过表达 NKG2D 可屏蔽内源配体，并利用肿瘤 NKG2DL 提供共刺激，在多个模型中增强 CAR-T 细胞的持久性、肿瘤浸润和抗肿瘤效果。
Cell Reports MedicineAI 评分5050 靶向 MMGT1 增强三阴性乳腺癌免疫治疗疗效
Liu 等发现，膜镁转运蛋白 1（MMGT1）高表达通过衰老相关分泌表型诱导 CD8+ T 细胞耗竭，从而促进三阴性乳腺癌免疫逃逸。靶向 MMGT1 是提升抗 PD-1 免疫治疗疗效的潜在策略。
Nature Methods精选AI 评分7575 AmpliconSuite 发布：面向肿瘤基因组局灶性扩增的端到端分析流程
AmpliconSuite 是一个从肿瘤全基因组测序数据分析局灶性扩增的工具包，可识别染色体外 DNA（ecDNA）、断裂-融合-桥（breakage–fusion–bridge）及其他扩增模式，其 ecContext 模块对 ecDNA 结构分类以理解形成机制。
推荐理由：该工具把肿瘤全基因组测序中的局灶性扩增分析整合为端到端流程，并在 72 个模型、175 个基因上做了 FISH 验证。
BMC BioinformaticsAI 评分3131 连续免疫组成在小儿白血病纵向模型中保留超越粗粒度生态背景标签的信息
研究用贝叶斯框架在连续时间 Ornstein–Uhlenbeck 模型中检验协调后的单细胞免疫组成是否比粗粒度生态背景标签携带更多纵向信息。重新处理两个 ScPCA 白血病项目后，104 名可评估参与者中 k=2 聚类可复现；在 99 名 B-ALL 参与者中分出 73 例 TNK 主导与 26 例 B/髓系偏移，但原始组成与中心对数比赋值一致性差。
PLOS GeneticsAI 评分4040 组织-血浆配对全基因组DNA甲基化分析鉴定胃癌诊断cfDNA新标志物
对29对胃癌及癌旁组织和61例胃癌患者、29例健康对照的血浆cfDNA进行WGBS，鉴定出32个在组织与血浆中一致变化的稳定DMR，并筛选出8个核心诊断标志物。
EMA News精选AI 评分8282 EMA 建议批准 Rasonque（daraxonrasib）用于转移性胰腺癌
EMA 人用药品委员会（CHMP）建议在欧盟批准 Rasonque（daraxonrasib）上市，用于既往至少接受过一次治疗的成人转移性胰腺腺癌。该药为口服 RAS 抑制剂，通过结合 cyclophilin A 形成复合物附着于 RAS 蛋白并阻断其活性。
推荐理由：CHMP 对 daraxonrasib 的阶段性审评把评估压缩到 150 天内，为 RAS 抑制剂在胰腺癌的监管路径提供了参照。
Cell GenomicsAI 评分5555 NeoBridge 发布：结合生物物理特征与克隆结构为胰腺癌新抗原排序
Lana Mediavilla 等提出 NeoBridge，一个结合生物物理信息的机器学习集成方法，用于优先排序免疫原性新抗原。在胰腺癌中，亚克隆新抗原负荷而非克隆新抗原负荷与更差的生存相关，提示克隆结构应纳入疫苗靶点选择。
CellAI 评分5858 细胞自组织调控铁死亡的传播方向与范围
Cell 在线发表的研究显示，局部细胞间相互作用会形成可编码铁死亡敏感与抵抗命运的细胞图案，并在细胞内建立极性脂质组织。这些生化与生物物理特性耦合后，使自组织的细胞群体能够定向并限制原本各向同性、无界扩散的铁死亡传播，从而提出一种在系统层面调控群体细胞命运的机制。
Genome MedicineAI 评分6262 FAME：整合血浆 cfDNA 甲基化与片段组学信号的可解释癌症诊断模型
研究团队开发了可解释多模态模型 FAME，以血浆 cfDNA 甲基化单倍型块（MHB）为单位整合甲基化与片段组学特征用于癌症检测和组织来源预测，并扩展出加入全基因组特征的 FAME-GW。
Cell Reports MedicineAI 评分5858 用常规临床活检的活体肿瘤片段预测免疫治疗反应
Braun 等利用常规穿刺和钳取活检取得的活体肿瘤组织，在体外测量免疫治疗反应，结果与一个小型患者队列的临床结局一致，其中包括被现有生物标志物检测误判的患者。该研究提示，离体活肿瘤片段或可作为预测癌症免疫治疗获益的补充手段。
CellAI 评分5858 靶向线粒体的四氧杂烷类化合物 WMK-1/2 通过脂质过氧化驱动铁死亡并抑制肿瘤
Pan 等人在 Cell 报道了含四氧杂烷结构的化合物 WMK-1/2，它们是第一代线粒体脂质过氧化诱导剂，可绕过 GPX4 和视黄醇介导的防御，触发一条独立的“mito-ferroptosis”亚通路。该工作在多种体内模型中显示出具有生物利用度的抑瘤活性。
Genome Medicine精选AI 评分7878 研究揭示NOTCH1早期突变在正常食管上皮中受正选择却抑制后续ESCC驱动突变演化
一项发表于Genome Medicine的研究用定量演化框架分析2171份样本，区分突变率与选择，发现NOTCH1突变在组织学正常食管上皮克隆扩增中受强正选择，这解释了其在该组织中的高 prevalence。
推荐理由：研究用2171份样本区分突变率与选择，显示NOTCH1在正常食管上皮中受强选择，却与TP53、RB1呈拮抗上位性，抑制后续恶性演化。
Cell SystemsAI 评分3838 从代码到临床的 CAR T 细胞：以当前转化研究目标框定建模方法
一篇发表于 Cell Systems 的视角文章梳理了 CAR T 细胞治疗的数学建模如何支撑预测性设计与临床决策。文章按 CAR T 治疗的关键转化难题对现有模型进行分类定位，并指出机器学习、多尺度建模、控制理论和替代细胞类型等新兴方向在模型引导的下一代细胞疗法设计中的机会。
Nature Biotechnology精选AI 评分7878 配体导向脂质纳米颗粒在体内生成 CAR NK 细胞
研究团队开发了靶向 NK 细胞的脂质纳米颗粒 NtLNPs，用工程化双靶向 NK 细胞配体驱动受体特异性摄取和 mRNA 递送，在小鼠中实现最高约 80% 的 NK 细胞转染且脱靶效应很小。经系统给药递送 CAR mRNA 可在体内生成 CAR NK 细胞：靶向 CD19 的 CAR NK 细胞在健康小鼠中完全清除循环 B 细胞，靶向 CD3 的 CAR NK 细胞在自身免疫性肝炎模型中清除几乎全部自身反应性 T 细胞，作者据此提出其在 T 细胞驱动疾病上可能优于 CAR T 疗法。
推荐理由：研究用双靶向配体修饰的 LNP 在小鼠体内直接生成 CAR NK 细胞，为体内细胞工程提供了可迁移的递送思路。
Nature Genetics精选AI 评分7575 人胰腺导管腺癌克隆异质性及其对肿瘤进展的影响
研究团队对 62 例原发胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤进行单细胞 RNA 测序（443,451 个细胞），并对其中 11 例肿瘤匹配空间转录组（53,236 个 spot），同时纳入 6 例化疗前后配对样本，刻画克隆、转录与空间多样性。分析发现同一肿瘤内共存多个遗传上不同的肿瘤克隆，克隆特异的配体-受体程序受基因组剂量调控：配体或受体扩增增强相应互作，缺失则抑制，空间转录组与多重免疫荧光支持这些遗传编码差异。
推荐理由：62 例原发肿瘤的单细胞与空间转录组图谱，把克隆异质性、8q24/MYC 扩增与经典-基底表型转换联系起来。
Nature Genetics精选AI 评分7272 微核中的 ecDNA 限制肿瘤细胞适合度并与患者较好生存相关
研究发现 ecDNA 是微核的重要来源，复制压力下 ecDNA 发生有丝分裂聚集、不对称分配和错分进入微核，携带 ecDNA^+ 微核的细胞增殖能力下降、更易死亡。单微核测序显示多个不同 ecDNA 种类会汇聚到同一微核中；在 MYCN 扩增的神经母细胞瘤患者中，诊断时 ecDNA^+ 微核频率较高与总生存期改善相关。作者据此提出有丝分裂期 ecDNA 滞留可能成为治疗切入点。
推荐理由：研究把 ecDNA 的微核错分与适合度下降联系起来，并给出神经母细胞瘤患者生存关联，为理解 ecDNA 的代价提供新角度。
Cell Reports MedicineAI 评分5050 口服代谢重编程益生菌 EcN-HlpA-CGL 通过级联激活抗肿瘤免疫抑制结直肠癌
Wang 等开发出口服代谢工程菌平台 EcN-HlpA-CGL（EHC），用于结直肠癌免疫治疗。该菌通过触发结直肠癌细胞铁死亡增强免疫原性，同时以细菌佐剂效应重塑免疫抑制微环境，激活全身与肠道黏膜免疫，有效抑制原位肿瘤生长与转移。
Cell Reports MedicineAI 评分4040 白介素与 OX40 激动剂的空间定位递送增强协同抗肿瘤免疫
Klich 等利用水凝胶在瘤内和瘤周递送免疫治疗组合，通过合理选择给药部位实现肿瘤清除与长期存活。该研究发表于 Cell Reports Medicine，显示白介素与 OX40 激动剂的空间定位可增强协同抗肿瘤免疫。
Bioinformatics AdvancesAI 评分2020 Fusobacterium nucleatum ATCC 25586 三个保守致病相关基因组区域的计算表征
对 Fusobacterium nucleatum ATCC 25586 基因组的整合计算分析识别出三个含溶血素产生、代谢适应、毒素-抗毒素系统、定植与免疫逃逸相关基因的基因组区域，15 个 Fusobacterium 基因组的比较分析提示这些区域广泛保守且垂直遗传。
Cell Reports MethodsAI 评分5555 CFAR：用荧光各向异性实现无扩增的高通量内源基因表达检测
Wei 等人在 Cell Reports Methods 描述 CFAR，一种无需扩增、可及性较好的高通量方法，用于检测内源基因表达，弥补报告基因 assay 只能测启动子活性的局限。用 CFAR 做化学筛选，在结直肠癌细胞中筛出靶向致癌基因 MYC 表达的 FDA 已批准药物。
Molecular Systems BiologyAI 评分6060 通量效率与代谢控制的权衡决定酶分配
研究推导出联系平衡常数 K 与催化丰度商 CAQ 的解析关系，用以界定通路达到最大通量效率的条件。作者整合反应热力学、酶动力学、转录组与蛋白组数据，在进化距离较远的多个物种中比较糖酵解与 TCA 循环的酶分配，发现偏离该关系的部分可由最大化通量效率与集中通量控制之间的权衡解释。
GigaScienceAI 评分4747 Epitope Generation Gateway（EGG）：基于生物学情境的癌症疫苗表位优先级流程
Epitope Generation Gateway（EGG）是一个容器化流程，整合 Mutect2、STAR-Fusion、ArcasHLA 与 pVACtools，在预测表位序列后叠加共表达网络、蛋白互作网络、中心性指标、DepMap CRISPR 依赖数据和 IntOGen 驱动基因状态进行优先级排序。
Microsoft Research Blog精选AI 评分7575 微软研究院推出 Quine：面向生物学复杂性的 AI 研究系统
微软研究院推出 Quine，一个由多模态生物学世界模型和连接模型、科学工具、文献与研究者的交互式 harness 组成的 AI 研究系统。
推荐理由：微软研究院公开了面向生物学的多模态世界模型与实验编排系统，并给出胰腺癌细胞状态转换的湿实验验证案例。
Genomics, Proteomics & BioinformaticsAI 评分3838 单细胞与空间转录组揭示 DEFB1+ 胆管细胞与 IFI30+ 巨噬细胞互作驱动肝内胆管癌免疫抑制微环境
整合单细胞 RNA 测序与空间转录组构建人肝内胆管癌（ICC）细胞与转录图谱，发现 CD8+ 增殖 T 细胞存在终末型与祖细胞样两种耗竭程序。DEFB1+ 胆管细胞与 IFI30+ 巨噬细胞在多个独立 ICC 队列中呈强正相关，并在肿瘤微环境中空间邻近，其互作预测涉及 TGFB1–TGFBR1 信号轴，可能促进肿瘤进展与免疫治疗耐药。
Molecular Systems Biology精选AI 评分6767 整合空间信息的正常与癌症相关结肠成纤维细胞图谱
研究结合大规模单细胞 RNA 测序、空间验证和功能实验，构建了人正常结肠成纤维细胞与间质亚群的参考图谱，并以小鼠结肠为参照。
推荐理由：该研究以小鼠结肠为参照，用单细胞与空间验证构建人正常结肠和结直肠癌成纤维细胞参考图谱，为 CAF 分型提供统一坐标。
Molecular Systems BiologyAI 评分6060 TME-CARTographer 解析活体胰腺癌中治疗性 T 细胞的时空免疫抑制
研究团队开发了计算流程 TME-CARTographer（TME-CART），整合高维数据、图论、行为分析和深度学习，用于解析活体胰腺导管腺癌（PDA）肿瘤中 4D 的 T 细胞与肿瘤微环境相互作用。
Cell SystemsAI 评分6060 多类器官系统模拟生理吸收与代谢用于抗肿瘤药物评价
Xiao 等建立了一个整合肠道吸收、肝脏代谢和肿瘤反应的多类器官系统，用于评价抗肿瘤药物。该系统能捕捉仅用肿瘤培养时被忽略的药物活化与失活过程，为预测药物疗效和毒性提供了更接近生理条件的途径。