利用 Venn-Abers 预测器在无标签条件下估计选择性分类器的准确率
该研究提出用 Venn-Abers 预测器在无真实标签时估计选择性分类器的性能,给出校准的区间估计与实用下界,用于量化不确定预测转人工复核时分类器的可靠程度。
该研究提出用 Venn-Abers 预测器在无真实标签时估计选择性分类器的性能,给出校准的区间估计与实用下界,用于量化不确定预测转人工复核时分类器的可靠程度。
在深度学习抗生素筛选中,跨数据划分的 AUPRC 差异无法单独量化结构差异对性能变化的贡献,因为 AUPRC 依赖测试集阳性率,而分子划分会改变训练集与测试集的结构相关性和类别组成。跨划分比较应报告测试集大小、阳性数、阳性率、划分方法和精确率-召回率汇总指标,模型直接比较应尽量使用同一固定独立测试集。关于实际筛选价值的结论还应考虑 top-k 性能、早期富集指标或在预设预算下的前瞻性实验命中率。
研究为十种代表性被子植物构建了碱基分辨率的结构变异(SV)真值集,并系统评测 91 条基于 PacBio HiFi 长读长的 SV 检测流程。
Ha 等人用短读长与长读长全基因组测序,对低变异等位基因频率(VAF)嵌合突变的检测策略做多机构基准评测。研究由五家机构构建细胞系混合样本,以 PacBio HiFi 数据交叉验证 Illumina 平台的变异检测结果,据此构建分层参考集、界定现实检出下限,并为非癌组织中低 VAF(<2%)变异的全基因组分析给出最佳实践。
Kong 等提出一种泛基因组方法,利用 HapMap 混合样本和泛基因组图构建合成体细胞变异资源,为跨变异类型和等位分数的体细胞变异检测提供标准化基准集。该资源可用于评测测序技术和变异检测方法。
Bits to Binders 全球竞赛以 CAR-T 为场景评估 de novo 结合域设计,来自 42 个国家的团队提交了 12,000 个靶向人 CD20 的 80 氨基酸 minibinder 设计。
推荐理由:这项竞赛把 1.2 万个 AI 设计的 CAR-T 结合域放进细胞功能筛选,而非只看亲和力,为评估蛋白设计提供了更接近功能的检验方式。
Bushnell、Schulz 和 Villada 推出 RandomReadsMG,一款可生成宏基因组测序数据集的快速模拟器,能控制群落丰度、不均匀基因组覆盖度以及平台特异的读段特征。该软件可扩展到 50,000 个基因组的群落规模,并支持可复现的基准评测与病原检测研究设计。
Tzanakakis 等对 Evo 2 和 megaDNA 生成的长片段基因组序列开展基准评测,在多项互补的组成与组织特征上与自然基因组对比。合成序列仍可被检测出与自然序列不同,并随生成过程逐步偏离其条件种子,且修正单一伪影并不能保证整体基因组真实性。
这篇 Perspective 提出用最小证伪框架检验生物机制算子能否提升单细胞扰动预测:在统一锁定评测下,与晚期融合、容量匹配静态模型、容量匹配学习动力学算子及拓扑重连对照比较。