MSKCC 团队在 Nature Biomedical Engineering 报告 AI 设计抗肿瘤治疗蛋白的首个进展
Memorial Sloan Kettering 癌症中心（MSKCC）Caleb Lareau 实验室在 Nature Biomedical Engineering 在线发表研究，报告其用 AI 设计新型治疗蛋白、并将其开发为抗肿瘤疗法的第一步。作者称这项工作始于三年前，目标是探索能否借助 AI 获得新的治疗性蛋白，更多细节见 MSKCC 新闻稿链接。
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Caleb LareauAI 评分5858
GigaScienceAI 评分2525 仓鸮（Tyto alba）染色体级别、单倍型解析的基因组组装
研究发布了仓鸮（Tyto alba）染色体级别、单倍型解析的基因组组装，采用 trio-binning 策略结合 Illumina 亲本 reads、PacBio HiFi 与 Oxford Nanopore 数据，获得 2 套定相 contig，并借助连锁图挂载为 40 个连锁群。
Stephen Quake精选AI 评分7878 Tabula Sapiens 2.0 在 Cell 上线，细胞数扩至逾 110 万
Tabula Sapiens 2.0 在 Cell 上线，数据集规模翻倍至 28 个组织、逾 110 万个细胞。作者团队还绘制了人类转录因子的表达，并分析了细胞衰老程序，图谱开放获取。
推荐理由：Tabula Sapiens 2.0 把细胞数扩到 110 万并新增转录因子表达与衰老程序分析，做单细胞图谱比较的读者可据此了解数据规模变化。
Arc InstituteAI 评分6262 研究揭示哺乳动物细胞内的支链氨基酸发酵通路
Arc Institute 的 Jain 实验室在小鼠缺氧代谢组中发现，支链氨基酸（BCAA）发酵可作为哺乳动物细胞中不依赖乳酸的替代电子受体途径。研究显示，在缺氧条件下，LDHA 会以催化混杂的方式将支链酮酸还原为支链羟酸（BCHA），小鼠尿液中的 BCHA 水平升高；在人类中，BCHA 在抗阻运动、重症 COVID-19 和饮酒三种状态下升高，主要作为还原应激的生物标志物。
Manolis Kellis精选AI 评分8585 跨物种单细胞图谱绘制人脑纹状体，定位精神疾病遗传风险细胞类型
研究团队发布人脑纹状体跨物种单细胞图谱，覆盖 109 个样本、69 名供体、67 万个细胞核，鉴定出 31 个神经元亚群，其中包括 9 类中型多棘神经元（MSN）。
推荐理由：这份跨物种纹状体图谱把 124 项 GWAS 的遗传风险定位到特定神经元亚群，并显示小鼠与人存在分区差异。
Bluesky：Teif lab (@teiflab.bsky.social)AI 评分5858 AlBawardi 等 2026 预印本：核小体定位不规则驱动晶态到液态转变并调节染色质可及性
AlBawardi 等 2026 年在 bioRxiv 发布预印本，提出核小体定位不规则会驱动染色质从晶态向液态的相变，并调节染色质可及性。作者列出两点：类异染色质序列形成致密纤维；超过 2-3 bp 的定位不规则会触发状态转变。
Biohub精选AI 评分7878 Biohub 用 AI 揭示肿瘤细胞状态异质性，预测联合用药延长 DMG 小鼠生存
Biohub 与哥伦比亚大学等机构合作在 Nature Genetics 发表两篇论文，提出“cancer quantum biology”假说：同类型肿瘤在患者间拥有几乎相同的恶性细胞状态集合，这些状态可相互转换从而逃避单靶点药物。
推荐理由：两篇 Nature Genetics 论文提出肿瘤细胞状态在患者间高度保守，并用 AI 预测针对多状态的联合用药，在 DMG 小鼠模型中延长生存。
公众号：中国科学院分子细胞卓越中心精选AI 评分8484 周斌组在Science揭示心肌缺血后新生冠状侧支动脉主要来源于毛细血管
中国科学院分子细胞卓越中心周斌研究组与香港中文大学吕爱兰研究组合作，在Science在线发表研究，发现心肌梗死后新生冠状侧支动脉主要来源于毛细血管内皮细胞，而非原有动脉内皮细胞的重新装配。
推荐理由：研究用新型谱系追踪工具推翻原有动脉重排假说，把侧支动脉来源指向毛细血管，并给出VEGFA到YY1的表观通路。
Bluesky：Megan Dennis (@mydennis.bsky.social)AI 评分6060 田鼠基因组预印本正式发表于 Cell Genomics，单文库 HiFi-CiFi 完成染色体级二倍体组装
田鼠基因组预印本已正式发表于 Cell Genomics 的 T2T 特刊。研究由 Abuelanin 等完成，将 PacBio HiFi 与低覆盖度 CiFi 邻近连接读段合并到单个文库和单次测序运行中，生成连续、接近端粒到端粒且定相准确的二倍体组装。
Bluesky：Andre Rendeiro (@andre-rendeiro.com)AI 评分7272 组织衰老时钟论文在 Nature Medicine 发表，基于 983 名 GTEx 供体的组织学图像
Andre Rendeiro 团队的组织衰老时钟论文在 Nature Medicine 发表，研究从 983 名 GTEx 供体的约 2.5 万张组织学图像中量化生物学年龄，并显示该信号可从血液中读出。
Ben LehnerAI 评分4242 五种人类蛋白激酶变构架构的保守与分化
Ben Lehner 分享其实验室新预印本，研究五种人类蛋白激酶的变构架构在进化中的保守性与分化，由 Carla Folgado 等人完成，涉及 Sanger 研究所等机构。
Bluesky：Vijay G. Sankaran (@bloodgenes.bsky.social)AI 评分2222 两项预印本揭示遗传性B-ALL易感性的趋同机制
两项互补的预印本揭示遗传性B-ALL易感性的趋同机制，由Lara Wahlster、Alnee Hus和Andrew Lee主导完成，已发布于bioRxiv。
Quaid Morris精选AI 评分7878 Codebook Project 在 Nature 发布 300 多个未表征人类转录因子的 DNA 结合基序
Codebook Project 这项国际合作在 Nature 发布结果，为 300 多个此前未表征的人类转录因子（TF）鉴定了准确的 DNA 结合基序和基因组结合位点。论文链接为 https://www.nature.com/articles/s41586-026-10798-9。
推荐理由：这项国际合作给出了 300 多个此前未表征的人类转录因子的 DNA 结合基序与基因组结合位点，可供做调控基因组分析的读者参考。
Jay ShendureAI 评分6767 DNA Typewriter 重建小鼠胚胎从受精卵到 E13.5 的单细胞谱系
Jay Shendure 发帖介绍用 DNA Typewriter 重建的小鼠胚胎单细胞谱系，覆盖单只动物从受精卵到器官发生晚期（E13.5）的发育过程。该谱系树包含 1,340,794 个经转录组分析和注释的末端细胞，以及 1,142,588 个带时间标注的内部节点，根节点为受精卵。
Bluesky：Stylianos Lefkopoulos (he/him) (@slefkopoulos.bsky.social)AI 评分6060 单细胞转录组揭示驱动人冠状动脉粥样硬化进展的内皮祖样重塑
Yao、Li、Gai 等人用单细胞转录组对人正常冠状动脉及早期、晚期冠状动脉粥样硬化样本进行图谱刻画，识别出一类祖样内皮亚型，并提示其在疾病进展中具有功能意义。
Biohub精选AI 评分7575 Biohub 用全基因组 CRISPR 筛选结合 AI 发现银屑病新药靶点
Biohub 团队对原代人成年皮肤角质形成细胞完成全基因组 CRISPR 筛选，并用基于文献训练的大语言模型 VirtualCRISPR 筛出文献中未被关注的靶点，相关结果发表于 Nature Communications。
推荐理由：用离心递送绕过角质形成细胞转染难题，完成全基因组 CRISPR 筛选，再以语言模型筛出文献未覆盖的靶点。
公众号：广州实验室AI 评分5858 广州国家实验室开发联合用药新策略，MMF与利巴韦林联用增强广谱抗病毒效果
广州国家实验室汪少伯、商锦赛团队联合山东中医药大学等开发联合用药新策略，发现已上市药物霉酚酸酯（MMF）与鸟苷类核苷类似物（如利巴韦林，RBV）联用可显著增强广谱抗病毒效果，成果发表于Acta Pharmaceutica Sinica B与Emerging Microbes & Infections。
Bluesky：Marcel Dickmanns | 🌿❄️🔬 (@madic.bsky.social)AI 评分3232 Nature Plants：cryoET 解析 Physcomitrium patens 胞间连丝原位结构
研究利用 cryo-electron tomography（cryoET）结合 AlphaFold 与蛋白质组学，解析了 Physcomitrium patens 胞间连丝的天然组织方式，成果发表于 Nature Plants。研究发现胞间连丝受细胞壁重塑调控而开闭，螺旋状蛋白组装体为内部膜结构提供支架。
Gunnar RätschAI 评分5858 剪接新抗原预测可重复性研究：候选生成与过滤的细微选择显著改变结果
Gunnar Rätsch 团队在 bioRxiv 发布关于剪接新抗原（splicing neoepitope）预测可重复性的预印本，发现候选新抗原的生成与过滤方式上的细微选择，会造成新抗原数量和身份上的重大差异。论文链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.09.10.674685v1。
Nicolas AltemoseAI 评分4242 Altemose 实验室发布首个预印本
Nicolas Altemose 宣布其实验室发布首个预印本，该工作由 Matt Franklin 主导，在基因组中最神秘的区域有一些意外发现，论文已上传至 bioRxiv。
Gunnar RätschAI 评分4242 利用HIRID数据集预测呼吸衰竭
Gunnar Rätsch 分享了一篇刚完成的预印本手稿，基于更大的 HIRID 数据集预测呼吸衰竭相关方面，并扩展了此前关于循环衰竭的工作。
Trevor BedfordAI 评分2222 Trevor Bedford 解读全球猴痘病例增长曲线
Trevor Bedford 引用全球健康数据平台（@globaldothealth）汇总的全球猴痘确诊与疑似病例数据，指出随着基于病例的监测上线，病例数初期快速上升，随后增长放缓但仍在持续。
Trevor BedfordAI 评分2222 Trevor Bedford 评估 Omicron 亚系相对适合度
Trevor Bedford 表示，美国境内 BA.4、BA.5 和 BA.2.12.1 的共循环已足以评估这些病毒的相对适合度。
Trevor BedfordAI 评分2222 Bedford 关注 Omicron 新亚系 452 位点突变
Trevor Bedford 表示，正开始看到 Omicron 出现可能具有影响力的新亚系进化，重点关注 spike 蛋白 452 位残基的突变，并点名纽约的 B.2.12.1 以及南非的 BA.4 和 BA.5。
Nicolas AltemoseAI 评分7575 T2T 人类基因组着丝粒区域研究在 Science 发表
Nicolas Altemose 等在 Science 发表 T2T 人类基因组研究的最终版论文，聚焦新加入序列中占比最大的部分，即各染色体着丝粒及其周边区域。论文链接为 https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl4178。
Trevor BedfordAI 评分2222 Omicron 两大分支 21K 与 21L 流行趋势
Trevor Bedford 指出，Omicron 可分为 PANGO 谱系 BA.1 和 BA.2（对应 Nextstrain 分支 21K 和 21L），全球测序样本中 21K 约 63 万、21L 约 1.8 万，但 21L 占比正在上升。
Nicolas AltemoseAI 评分5656 UCSF 团队测试近 2400 个合成免疫受体蛋白，揭示 CAR-T 表型输出规律
UCSF 的 Kyle 等人通过测试近 2400 个合成免疫受体蛋白，揭示了可用于改进 CAR-T 细胞癌症治疗的新基本规律。该工作以预印本形式发布在 bioRxiv，题为用组合信号基序文库与机器学习探索嵌合抗原受体表型输出的规律。
Nicolas Altemose精选AI 评分7878 T2T 联盟发布人类基因组着丝粒周边卫星序列详细分析
端粒到端粒（T2T）联盟的着丝粒周边卫星序列团队发布了对人类基因组中 6.2% 序列的详细分析，这部分序列此前约 20 年几乎完全缺失于参考序列。相关预印本已发布在 bioRxiv，链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.12.452052v1。
推荐理由：T2T 联盟对长期缺失的着丝粒周边卫星序列做了系统分析，可了解人类参考基因组补全的具体进展。
Matthew StephensAI 评分4242 统计模型识别更多癌症驱动基因
Matthew Stephens 表示很高兴看到这项研究发表，该工作利用精细的统计模型识别出更多癌症驱动基因，由 Siming Zhao、Xin He 等人完成，论文发表于 Nature Communications。
Ed BoydenAI 评分4545 膨胀显微镜揭示卵子形成中染色体分离机制
Ed Boyden 介绍，膨胀显微镜（Expansion microscopy）可帮助观察卵子形成过程中染色体分离所依赖的、行为类似液体的特殊结构，该工作来自 Max Planck 生物物理化学研究所 Schuh 实验室，发表于 Science。