PAZy 数据库扩展至 450 多个经实验验证的塑料活性酶并开放 REST API
PAZy 塑料活性酶数据库发布扩展版本,收录超过 450 个经实验验证能作用于合成或生物基塑料的酶,并补充更详细的元数据与更广的底物覆盖。新版改为关系型数据库,引入大语言模型辅助整理活性数据,网页界面支持按蛋白或塑料底物浏览,并提供公开 REST API 供程序化调用。该资源用于区分实验验证的塑料活性酶与仅计算预测的候选,可免费访问 https://www.pazy.eu。
PAZy 塑料活性酶数据库发布扩展版本,收录超过 450 个经实验验证能作用于合成或生物基塑料的酶,并补充更详细的元数据与更广的底物覆盖。新版改为关系型数据库,引入大语言模型辅助整理活性数据,网页界面支持按蛋白或塑料底物浏览,并提供公开 REST API 供程序化调用。该资源用于区分实验验证的塑料活性酶与仅计算预测的候选,可免费访问 https://www.pazy.eu。
研究提出 DNA-SaM 系统,整合高效编码、严格的生化约束检查和两级索引的存储单元分布架构,用于可扩展的 DNA 数据存储。计算分析显示其编码时间复杂度为线性,编码时间较代表性方法明显缩短,并主动排除同聚物重复、串联重复和潜在启动子基序等可能干扰下游生化过程的序列。该系统在体外和体内实际存储中均取得 100% 成功率,按其编码方案与序列设计空间理论上可存储超过 2^70 PB 数据。
Netanel Tzarum 开发出一种基于瞬时毒素中和的模块化重组生产平台,可对高毒性细菌蛋白进行可扩展的表达与纯化,结合天然毒素-抗毒素系统实现中和。该方法适用于毒素-抗毒素及效应物-免疫系统研究,成果已发表于 Microbial Biotechnology。
Bits to Binders 全球竞赛以 CAR-T 为场景评估 de novo 结合域设计,来自 42 个国家的团队提交了 12,000 个靶向人 CD20 的 80 氨基酸 minibinder 设计。
推荐理由:这项竞赛把 1.2 万个 AI 设计的 CAR-T 结合域放进细胞功能筛选,而非只看亲和力,为评估蛋白设计提供了更接近功能的检验方式。
研究团队开发 shotgun genetic engineering(SGE),用递送大量带条形码小构建替代单个大构建,让每个细胞携带一条合成通路作为独立实验,再通过测序筛选具有目标表型的细胞。
推荐理由:用大量带条形码的小构建替代单个大构建,把哺乳动物代谢通路的组合筛选扩展到数百万种,为复杂性状工程提供可迁移策略。
研究提出 shotgun genetic engineering(SGE)多元工程策略,可在单次实验中筛选数百万种组合方案,并通过选择策略找出有效设计,用于快速改造哺乳动物细胞的复杂生物学功能。作者称该方法有望用于将复杂表型工程化到哺乳动物细胞中。
Jura Bio 宣布推出连续变分合成(continuous variational synthesis),称其提升了按生成模型设计 DNA 序列进行合成的能力,规模可达 petascale。相关说明见 jurabio.com/s/cvs.pdf。
Khalil 实验室首批 T1 T-DNA 载体已在 Addgene 开放获取,包含无筛选标记的 pT1 及带 BASTA、kan、hygro 筛选标记的 pT1-B、pT1-K、pT1-H 四个版本。相关预印本已在 bioRxiv 发布,为植物科学、生物技术与合成生物学提供新工具。