预印本评测长读长 RNA-seq 计数是否应做归一化
一篇 bioRxiv 预印本系统评测长读长 RNA-seq 的计数是否需要归一化，在 PacBio 与 ONT 平台上比较了 5 种归一化方法与 5 种定量工具。研究以 spike-in 和匹配的 Illumina 数据作为基准真值，预印本链接为 www.biorxiv.org/content/10.6...。
#测序技术
Bluesky：Maria Dzunkova (@dzunkovam.bsky.social)AI 评分5555
Phys.orgAI 评分4040 手摇离心芯片一分钟内同时测血型与红细胞压积
台湾大学 Chien-Fu Chen 团队开发出一种手摇离心驱动的塑料芯片，仅需约 3 微升指尖血、约一分钟即可同时判定 A/B/Rh 血型并读取红细胞压积。在 21 例医院患者样本上，结果与标准医院分析仪高度一致，且读数不受摇柄转速影响。该研究发表于 Biosensors and Bioelectronics，目标是让急救人员在无电力和无专业培训条件下完成这两项血液检测。
Genome BiologyAI 评分5858 Amira 直接从长读段检测单拷贝与多拷贝耐药基因
Amira 通过构建基因空间 de Bruijn 图，直接从长读段中检测抗菌药物耐药（AMR）基因，把读段精确对应到不同的 AMR 基因拷贝，并据此完成组装。作者称，在模拟数据、精选样本和公开数据集上，Amira 相比现有方法提升了拷贝数召回率和核苷酸准确度。
Genome BiologyAI 评分6060 十种被子植物 HiFi 长读长 SV 检测流程基准评测
研究为十种代表性被子植物构建了碱基分辨率的结构变异（SV）真值集，并系统评测 91 条基于 PacBio HiFi 长读长的 SV 检测流程。
Cell GenomicsAI 评分6060 多机构基准评测：细胞系混合样本检测低等位基因频率嵌合突变
Ha 等人用短读长与长读长全基因组测序，对低变异等位基因频率（VAF）嵌合突变的检测策略做多机构基准评测。研究由五家机构构建细胞系混合样本，以 PacBio HiFi 数据交叉验证 Illumina 平台的变异检测结果，据此构建分层参考集、界定现实检出下限，并为非癌组织中低 VAF（<2%）变异的全基因组分析给出最佳实践。
Bluesky：James Lloyd 🧬 (@jamespblloyd.bsky.social)AI 评分2222 James Lloyd 介绍 Nanopore 全质粒测序计算流程 PICARD-seq
James Lloyd 在 SynBio4ALL Africa 的研讨会上介绍了其新开发的 Nanopore 全质粒测序计算流程 PICARD-seq，相关报告录像已发布。该报告主题为如何让资源有限的实验室也能开展全质粒测序。
Bluesky：Maria Dzunkova (@dzunkovam.bsky.social)AI 评分4242 Ana Conesa 团队在 Nature Communications 发表长读长 RNA-seq 转录本检测策略比较论文
Ana Conesa 团队在 Nature Communications 发表长读长 RNA-seq 研究，比较"先合并 reads 再检测转录本（Join & Call）"与"逐样本检测再合并（Call & Join）"两种策略。研究使用 PacBio 与 ONT 数据、6 款工具并设置多个重复，结论是策略优劣取决于所用工具。
NAR Genomics and BioinformaticsAI 评分6060 Nanopore 测序结合自适应采样与 NanoExpansion 可准确刻画重复扩增疾病
研究团队用 Oxford Nanopore 的 GridION 或 PromethION-2Solo 平台对 132 名参与者做靶向长读长测序，结合自适应采样（AS）与自研 Python 工具 NanoExpansion，对短串联重复扩增进行定长和序列中断检测。
Bluesky：Society for Mucosal Immunology (@societymucosalimm.bsky.social)AI 评分4242 新方法结合细菌特异性荧光探针与光谱流式，绝对定量并追踪早产儿体内被免疫球蛋白结合的微生物
一种结合细菌特异性荧光探针与光谱流式的新技术，可对免疫球蛋白结合的微生物进行绝对定量与追踪，并已应用于早产儿。该方法由 @thehandiestlab 等人在 Cell Host & Microbe 发表。
Andrew CarrollAI 评分6565 Andrew Carroll 用 76 个物种测序数据评测 MiniBWA 与 BWA MEM 的比对表现
Andrew Carroll 在 76 个不同物种的测序数据上运行 MiniBWA，并与 BWA MEM 比较比对速度、比对率和准确度，结论是 MiniBWA 表现很好，做短读段比对的人值得一试。详细结果发布在其博客文章 the-best-of-both-worlds-assessing-minibwa 中。
Jared SimpsonAI 评分4242 nanopolish v0.14.0 发布
Jared Simpson 宣布 nanopolish v0.14.0 发布，新增对 modification BAM 文件的支持，并可在 M1 Mac 上编译。
Nicolas AltemoseAI 评分7070 DiMeLo-seq 论文在 Nature Methods 发表，用长读长测序定位单条染色质纤维上的蛋白-DNA 结合位点
作者宣布描述 DiMeLo-seq 的论文已在 Nature Methods 发表。该方法利用长读长测序，在单条染色质纤维上定位特定蛋白-DNA 相互作用位点，作者称其在表观基因组学中有多种应用。论文链接为 https://www.nature.com/articles/s41592-022-01475-6。
Nicolas AltemoseAI 评分2222 DiMeLo-seq 技术讲解引关注
Nicolas Altemose 推荐了一个详细讲解 DiMeLo-seq 的推文串，该推文串基于 Annie Maslan 在 nanoporeconf 会议上关于用 DiMeLo-seq 在全基因组范围绘制蛋白-DNA 相互作用的报告。
Jared SimpsonAI 评分4242 Nanopolish 支持 SAM/BAM 碱基修饰标签
Jared Simpson 表示 Nanopolish 现已支持 BonfieldJames 提出的 SAM/BAM 碱基修饰标签，可直接在基因组浏览器中查看 5-mC 等修饰，但所含信息与默认 TSV 略有不同。
Jared SimpsonAI 评分6060 Nanopolish v0.12 发布，支持测序运行中实时甲基化检测
Nanopolish v0.12 支持在测序仪运行过程中实时进行甲基化检测。作者 Jared Simpson 表示这次更新值得重新启用旧博客来介绍，并给出了博客文章地址。
Jared SimpsonAI 评分4242 Jordi Silvestre-Ryan 与 Ian Holmes 纳米孔双读段解码预印本
Jared Simpson 分享并推荐了 Jordi Silvestre-Ryan 与 Ian Holmes 在 bioRxiv 上的一篇新预印本，主题是纳米孔双读段的解码。
Jared SimpsonAI 评分5858 nanopolish 发布支持 R10 数据的预发布版本，可检测 CpG 甲基化
Jared Simpson 推送了 nanopolish 的预发布版本，该版本支持 R10 数据，并包含 CpG 甲基化检测功能，代码位于 GitHub 的 r10 分支。作者同时感谢上周提供 R10 数据的用户。