预印本评测长读长 RNA-seq 计数是否应做归一化
一篇 bioRxiv 预印本系统评测长读长 RNA-seq 的计数是否需要归一化，在 PacBio 与 ONT 平台上比较了 5 种归一化方法与 5 种定量工具。研究以 spike-in 和匹配的 Illumina 数据作为基准真值，预印本链接为 www.biorxiv.org/content/10.6...。
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Bluesky：Maria Dzunkova (@dzunkovam.bsky.social)AI 评分5555
Chris MasonAI 评分4242 Chris Mason 实验室发布 RNA 修饰分析新算法
Chris Mason 实验室在 bioRxiv 发布由 Theo 与 Horner 实验室合作开发的新算法及表观转录组分析工具集，可从直接 RNA 测序中解析转录本、等位基因和条件相关的 RNA 修饰差异。
Bluesky：Dr. Ahna Skop (@ahnaskop.bsky.social)AI 评分4242 Waldo：对同一细胞进行活细胞成像与单细胞测序的基因条码方法
一种名为 Waldo 的基因条码方法可对显微镜下观察到的同一批细胞先做活细胞成像、再做单细胞测序。相关预印本已发布在 bioRxiv，作者称其目标是让研究者能测序显微实验中关注的那一个细胞。
Arc Institute精选AI 评分7878 eclair-CLIP构建67个RNA结合蛋白高分辨率结合图谱并训练Pythia模型
Arc Institute、Biohub、UCSF与Vector Institute团队开发eclair-CLIP，用统一小标签替代逐个抗体，在人类细胞中绘制67个癌症相关RNA结合蛋白（RBP）图谱，以单核苷酸分辨率定位超过900万个RNA结合位点。
推荐理由：用统一标签的CLIP方法构建67个癌症相关RBP的高分辨率结合图谱，并据此训练可解释的RNA结合预测模型。
David KelleyAI 评分5858 David Kelley 团队发布长序列基因组预测状态空间模型预印本与 Cerberus 开源模型
David Kelley 团队本周发布预印本，探索用状态空间模型做长序列基因组预测，并同步开源基于该工作的 Cerberus PyTorch 模型集。预印本已上线 bioRxiv，链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.02.756377v1。
Bluesky：Daphne O. Martschenko, PhD (@daphmarts.bsky.social)AI 评分2222 用 LLM 作为评判者评估 GWAS Catalog 中群体描述符的使用
一项预印本工作以 LLM 作为评判者，评估了 GWAS Catalog 中群体描述符的使用情况，覆盖 2007-2025 年发表的约 4,000 篇论文。该工作由 Stephanie Gogarten 主导，Daphne O. Martschenko 与 @nasalab 等参与。
Pranam ChatterjeeAI 评分5050 PepRePs：肽重定向磷酸酶实现可编程去磷酸化
Pranam Chatterjee 介绍 PepRePs，一种基于其团队此前为 E3 泛素连接酶和 DUB 生成的 pLM 肽引导（uAbs、duAbs）发展而来的肽重定向磷酸酶，可实现任意靶标的可编程去磷酸化，相关预印本已发布于 bioRxiv。
Bluesky：Dr Javier Sánchez Utgés (@javierutges.bsky.social)AI 评分2222 预印本：用对比学习嵌入做基于结构的虚拟筛选——DrugCLIP 案例研究
一项新预印本考察对比学习嵌入在基于结构的虚拟筛选中的表现，以 DrugCLIP 为案例。该预印本已发布在 bioRxiv，DOI 为 10.64898/202。
Mohammed AlQuraishiAI 评分6262 AlQuraishi 点评 bioRxiv 预印本：训练时 MSA 深度分布影响蛋白结构预测性能
Mohammed AlQuraishi 在 X 上推荐一篇 bioRxiv 预印本，称其细致追踪了训练时 MSA 深度分布对预测性能的影响，并给出一个在 AF2/3 基础上明显改进的训练配方。他未在帖中给出具体数据集、指标或改进幅度，仅附上预印本链接。
Bluesky：Rhys White (@rhystwhite.bsky.social)AI 评分3333 NEXCISION：从系统发育基因组 NEXUS 矩阵中精确切除坐标定义区域
NEXCISION 可从转置 NEXUS 矩阵中精确、经验证地切除坐标定义区域，避免人工编辑出错改变矩阵。该工具由 RhysWhite 发布在 GitHub（github.com/RhysWhite/nexcision），作者以预印本形式给出引用信息，并公开征集反馈。
Biohub精选AI 评分8585 Biohub 与 UC Berkeley 用激光相位板提升冷冻电镜成像对比度
Biohub 与 UC Berkeley 团队在三篇论文中报告，激光相位板在单激光和双激光（xLPP）两种配置下都能显著提升冷冻电镜图像对比度。单激光版本使分辨率最多提升 44%，双激光版本将铁蛋白 apoferritin 成像到 1.8 埃，并提升了冷冻 E. coli 的对比度。
推荐理由：三篇论文报告激光相位板在真实冷冻电镜中提升小蛋白成像对比度，为在完整细胞内看清蛋白提供新手段。
Sara MostafaviAI 评分4242 预印本评估深度学习预测变异对基因表达影响
Sara Mostafavi 等人发布预印本，考察当前深度学习在预测遗传变异对基因表达影响方面的实际表现，该工作与 ChikinaLab、Alex 等合作完成。
Gunnar RätschAI 评分4242 基因组图比对新方法支持标签切换
Gunnar Rätsch 介绍了一种将测序读段比对到基因组图的新方法，在"忽略标签比对任意路径"与"仅允许标签一致路径"两个极端之间，提出可允许标签切换的高效技术，从而获得更长、更准确的比对结果。
Ed BoydenAI 评分6060 Ed Boyden 团队提出时间复用成像 TMI，用普通显微镜记录活细胞多路动态信号
Ed Boyden 团队提出时间复用成像（TMI），让普通显微镜也能对活细胞内的多个动态信号成像。不同信号对应具有不同时钟样特性的荧光团，再通过一段细胞影像把各信号拆分出来。相关预印本已发布在 bioRxiv，链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.08.22.504781v1。
Ed BoydenAI 评分5555 Ed Boyden 转发 ONE 显微成像预印本，用普通光学显微镜观察 GABA 受体等蛋白
Ed Boyden 转发并评论一项 bioRxiv 预印本，该工作用 ONE（one nanometer expansion microscopy）在普通光学显微镜下拍摄 GABA 受体、otoferlin 和 calmodulin 的图像。被引帖子称该工作由 Ali H. Shaib 与 Rizzoli 实验室完成，基于 Ed Boyden 和 Henriques 实验室的概念，并附有 GABAA 受体的示例图像。
Ed BoydenAI 评分5050 Ed Boyden 展示 1 纳米分辨率膨胀显微镜
Ed Boyden 表示，在普通光学显微镜上就能看到蛋白质的形状，并称这是 1 纳米分辨率的膨胀显微镜。
Nicolas AltemoseAI 评分5858 Jop Kind 组将 DamID 扩展至修饰蛋白与 DNA 互作及单细胞多组学
Jop Kind 团队提出一种新方法，把 DamID 扩展到在体内定位 DNA 与翻译后修饰蛋白之间的相互作用，并与 RNA-seq 联合使用，甚至可用于单细胞。该工作以预印本形式发布在 bioRxiv，链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.10.26.465688v1。
Jared SimpsonAI 评分4242 Jordi Silvestre-Ryan 与 Ian Holmes 纳米孔双读段解码预印本
Jared Simpson 分享并推荐了 Jordi Silvestre-Ryan 与 Ian Holmes 在 bioRxiv 上的一篇新预印本，主题是纳米孔双读段的解码。
Ed BoydenAI 评分2222 植物组织膨胀显微术预印本问世
Ed Boyden 对 Gregor Mendel 研究所 Nodine 实验室在 bioRxiv 发布的植物组织膨胀显微术（expansion microscopy）预印本表示关注。