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今天10月20日周二2 条
  1. Nucleic Acids Research60

    RNAffinityDB 发布实验测定的 RNA-蛋白结合亲和力数据库

    RNAffinityDB 是一个人工整理的实验 RNA-蛋白结合亲和力数据库,每条测量都锚定到一个明确的蛋白构建体和一个由规范核糖核苷酸组成的单链 RNA 序列。当前版本收录来自 1,055 篇原始文献的 10,016 条构建体级记录,覆盖 3,057 个蛋白构建体和 4,638 条 RNA 序列。数据库按原文保留亲和力数值与测量边界,并收录未结合的观测结果。网页界面支持按蛋白身份或 RNA 序列直接检索,也支持按生物学功能进行语义查询,记录链接到 UniProt 注释,并提供 AlphaFold 3 预测复合物结构的交互式可视化。

10月19日周一
  1. Nucleic Acids Research60

    HRD 数据库发布 1.0 版,整合人类生殖与发育多组学资源

    人类生殖与发育数据库 HRD 发布 1.0 版,整合了生殖、妊娠和发育相关的公开多组学数据。该版本收录 814 条组学记录,包括 432 条 bulk 转录组、144 条单细胞或单核转录组、156 条表观基因组、52 条代谢组和 30 条蛋白质组记录,另有 702 条临床试验记录、293 条暴露与结局关联和 779 个先证 SNP 及其表型关联。

  2. Nucleic Acids Research58

    PAZy 数据库扩展至 450 多个经实验验证的塑料活性酶并开放 REST API

    PAZy 塑料活性酶数据库发布扩展版本,收录超过 450 个经实验验证能作用于合成或生物基塑料的酶,并补充更详细的元数据与更广的底物覆盖。新版改为关系型数据库,引入大语言模型辅助整理活性数据,网页界面支持按蛋白或塑料底物浏览,并提供公开 REST API 供程序化调用。该资源用于区分实验验证的塑料活性酶与仅计算预测的候选,可免费访问 https://www.pazy.eu。

  3. Nucleic Acids Research62

    EvoNiche 数据库发布,整合 91 套空间与单细胞转录组数据解析肿瘤生态位

    EvoNiche 数据库发布,整合 91 套配对的空间与单细胞转录组数据集,覆盖 35 种癌症类型。数据库包含 712 张组织切片、1 953 708 个空间 spot 和 58 个单细胞数据集共 2 945 536 个细胞,识别出 5609 个空间生态位,并重建组织水平和细胞水平的时空轨迹。

  4. Nature Communications58

    DNA-SaM 编解码系统提升 DNA 数据存储可扩展性

    研究提出 DNA-SaM 系统,整合高效编码、严格的生化约束检查和两级索引的存储单元分布架构,用于可扩展的 DNA 数据存储。计算分析显示其编码时间复杂度为线性,编码时间较代表性方法明显缩短,并主动排除同聚物重复、串联重复和潜在启动子基序等可能干扰下游生化过程的序列。该系统在体外和体内实际存储中均取得 100% 成功率,按其编码方案与序列设计空间理论上可存储超过 2^70 PB 数据。

10月15日周四
  1. Cell78

    慢性运动多组学图谱覆盖 22 种组织

    研究团队构建了慢性运动的 22 种组织多组学图谱,刻画了随组织、性别和时间变化的分子适应,以及骨骼肌中细胞类型特异的表观遗传重塑。图谱显示转录组、表观遗传、蛋白质组和代谢层面在全身范围内协同重塑。

    推荐理由:该图谱覆盖 22 种组织,呈现运动适应在组织、性别和时间维度上的差异,为研究跨组织分子调控提供参照。

  2. Cell82

    研究基于 467,152 份 UK Biobank 基因组构建全表型结构变异图谱

    研究利用 467,152 份 UK Biobank 基因组构建了全表型结构变异图谱,显示大于 50 bp 的结构变异是人类疾病风险中重要且此前被低估的来源。该资源揭示了与疾病相关的罕见结构变异和调控性结构变异,为理解人类生物学和药物研发提供线索。

    推荐理由:基于近 50 万份 UK Biobank 基因组构建的结构变异图谱,把大于 50 bp 的变异与疾病风险系统关联起来,可作为结构变异研究的参考资源。

10月14日周三
  1. Nature Methods80

    MassNet 发布 15 亿张质谱图的 AI-ready 语料库并配套 MSDT 格式

    MassNet 发布面向 AI 的质谱蛋白质组学数据语料库,包含来自 35 个物种、高质量 DDA 质谱数据的 15 亿张串联质谱图,其中约 170 万个肽前体来自人类样本。

    推荐理由:该语料库覆盖 35 个物种的 15 亿张质谱图,并配套标准化存储格式,为质谱蛋白质组学的深度学习提供了可复用的数据底座。

10月9日周五
  1. Bioinformatics Advances47

    1100 个用于细胞过程动态建模的合成基准问题

    研究构建了 1100 个合成建模问题,基于 22 个已发表建模问题的常微分方程组与实验设计生成,并扩展了近期一种针对随机观测函数的时间序列数据模拟方法,使其覆盖多种实验条件下的真实测量模式。对数据与模型特征、优化性能和参数可识别性的分析显示,该合成问题集在真实性和多样性上扩展了现有问题空间。基准问题与算法已公开。

10月8日周四
  1. Ensembl Blog72

    Ensembl 上线全基因组 Cactus 比对集中仓库

    Ensembl 建立全基因组 Cactus 比对集中仓库,在 https://ftp.ensembl.org/pub/misc/compara/multi/hal_files/ 提供鸟类、哺乳动物、昆虫、甲壳类、线虫、禾谷类、鱼类和 SARS-CoV-2 等类群的比对文件与元数据。

    推荐理由:Ensembl 把多类群全基因组 Cactus 比对集中到统一 FTP 目录,做比较基因组和共线性分析的读者可据此直接取用。

10月7日周三
  1. Biohub88

    Biohub 联合 DOE、NIH 与产业伙伴投入 18 亿美元扩展虚拟生物学计划

    Biohub 与美国能源部、NIH 及新资助伙伴宣布扩展虚拟生物学计划(Virtual Biology Initiative),合计投入 18 亿美元的资金、数据、算力和新测量技术。

    推荐理由:这项跨机构投入给出了资金分配与数据标准化分工,可看清虚拟细胞所需开放数据从哪来、由谁整合。

10月6日周二
10月1日周四
  1. Arc Institute78

    Arc Institute 为 2026 虚拟细胞挑战赛生成跨六种细胞系的 Perturb-seq 数据

    Arc Institute 为 2026 虚拟细胞挑战赛生成了覆盖六种细胞系的 Perturb-seq 数据,任务从去年的同细胞系少样本预测升级为跨细胞系的零样本预测。

    推荐理由:Arc 披露 2026 虚拟细胞挑战赛数据集的生成与质控细节,可了解跨细胞系 Perturb-seq 数据如何做到一致可比。

9月29日周二
9月25日周五
  1. NCBI Insights60

    NLM 推出 Linked Discoveries 试点,可从 PubMed 引文探索相关文献网络

    美国国家医学图书馆(NLM)发布实验性试点资源 Linked Discoveries,可从一条 PubMed 引文出发,映射最多 200 篇最相近的相关文章。该工具分析 PubMed 引文的标题、摘要和关键词,把超过 2900 万条引文与 NCBI 各数据库的相关资源连接起来,支持按疾病、基因、化学物质过滤,并可用“any”(OR)与“all”(AND)逻辑组合。

9月4日周五
6月12日周五
  1. Biohub85

    Biohub 与 UC Berkeley 用激光相位板提升冷冻电镜成像对比度

    Biohub 与 UC Berkeley 团队在三篇论文中报告,激光相位板在单激光和双激光(xLPP)两种配置下都能显著提升冷冻电镜图像对比度。单激光版本使分辨率最多提升 44%,双激光版本将铁蛋白 apoferritin 成像到 1.8 埃,并提升了冷冻 E. coli 的对比度。

    推荐理由:三篇论文报告激光相位板在真实冷冻电镜中提升小蛋白成像对比度,为在完整细胞内看清蛋白提供新手段。

  2. Biohub74

    Biohub 与 UC Berkeley 实现激光相位板,提升冷冻电镜对小蛋白的成像对比度

    Biohub 与 UC Berkeley 团队将激光相位板集成到 Thermo Scientific Krios 冷冻电镜中,显著提升小蛋白成像对比度,相关成果分别发表于 Science 和 bioRxiv。

    推荐理由:激光相位板把冷冻电镜的对比度提升到能看清小蛋白,为结构生物学长期难以成像的多数蛋白打开入口。