MBD2 蛋白识别甲基化 CpG DNA 的双稳态平衡机制
经典分子动力学模拟显示，MBD2 从目标位点下游一个碱基对位置在微秒内迁移至甲基化 CpG 靶位点，并结合为两种稳定构象：一种接近 X 射线晶体结构，另一种亲和力降低但保持对 mCpG 的选择性。S189 被确定为关键宏观开关，其与甲基胞嘧啶骨架相互作用的丧失使平衡偏向次态；S189A 突变体模拟、NMR 与荧光偏振实验均支持该突变不改变 mCpG 选择性但降低结合亲和力。
#转录组/表观
Nucleic Acids ResearchAI 评分3333 Nucleic Acids ResearchAI 评分6262 整合分析揭示C2H2锌指蛋白在染色质环锚点上的广泛互作
研究整合216个C2H2-ZFPs的ChIP-seq数据与全基因组染色质互作图谱，发现超过40%的人C2H2-ZFPs在长程染色质互作（LRI）锚点显著富集。作者用亲和纯化-质谱构建了覆盖345个C2H2-ZFPs的互作组，并对204个成员做LUMIER二元互作实验，发现互作的C2H2-ZFP对在LRI上显著共富集，常定位于相同或相对的环锚点。
Nucleic Acids ResearchAI 评分6060 HRD 数据库发布 1.0 版，整合人类生殖与发育多组学资源
人类生殖与发育数据库 HRD 发布 1.0 版，整合了生殖、妊娠和发育相关的公开多组学数据。该版本收录 814 条组学记录，包括 432 条 bulk 转录组、144 条单细胞或单核转录组、156 条表观基因组、52 条代谢组和 30 条蛋白质组记录，另有 702 条临床试验记录、293 条暴露与结局关联和 779 个先证 SNP 及其表型关联。
Nucleic Acids ResearchAI 评分6262 EvoNiche 数据库发布，整合 91 套空间与单细胞转录组数据解析肿瘤生态位
EvoNiche 数据库发布，整合 91 套配对的空间与单细胞转录组数据集，覆盖 35 种癌症类型。数据库包含 712 张组织切片、1 953 708 个空间 spot 和 58 个单细胞数据集共 2 945 536 个细胞，识别出 5609 个空间生态位，并重建组织水平和细胞水平的时空轨迹。
Nature Genetics精选AI 评分7575 研究揭示人早期胚胎中 Polycomb 抑制格局的建立过程
研究对人类配子、二细胞胚胎、八细胞胚胎、囊胚和胚胎干细胞中的 H2AK119ub（H2Aub）进行图谱分析，发现 H2Aub 最早在二细胞阶段于 GC 富集区域出现，随后逐步累积，并在后期集中于 PcG 靶基因。
推荐理由：该研究追踪人胚胎从配子到囊胚的 H2Aub 动态，说明 H2Aub 如何引导 H3K27me3 重建 Polycomb 抑制格局。
BMC BioinformaticsAI 评分5858 Genes2Reg 通过异构图注意力网络融合多源生物知识构建基因耦合先验
Genes2Reg 提出用异构图注意力网络（HGAT）把蛋白互作、通路共属、调控靶向等异质生物网络融合为单一对称的基因-基因耦合矩阵，形成可正则化任意基因索引模型的任务无关先验。
Science AdvancesAI 评分6060 肌肉干细胞分泌 Fibrillin-1 基质维持静息状态，缺失可致马凡综合征相关肌病
Science Advances 发表研究，发现基质糖蛋白 Fibrillin-1（FBN1）是 Notch 调控的肌肉干细胞自主效应因子，对维持干细胞静息状态必不可少。
Science AdvancesAI 评分4747 CellDiffusion：通过精准推断细胞间关联增强 scRNA-seq 数据整合
CellDiffusion 是一个无监督图模型，通过扩散过程传播细胞特征、学习细胞间注意力网络，在整合 scRNA-seq 数据时自适应识别跨批次对应细胞群并进行细胞特异性校正。该模型在包括人子宫内膜在内的多个数据集上验证，生成的细胞嵌入在跨批次对齐细胞的同时保留固有细胞类型与发育轨迹，并提升了标签转移、聚类和轨迹推断等分析。
eLife精选AI 评分7878 无病毒谱系追踪与活体成像显示 NeuroD1 不能将微胶质细胞重编程为神经元
eLife 发表的研究用小鼠无病毒遗传谱系追踪系统在微胶质细胞中特异表达 NeuroD1，并在多个时间点追踪其命运，结果显示表达 NeuroD1 的细胞在生理和损伤条件下都保持微胶质细胞身份、不能转为神经元。
推荐理由：用无病毒谱系追踪、双光子活体成像和单细胞转录组三重证据，检验 NeuroD1 能否把微胶质细胞转成神经元。
PLOS Computational BiologyAI 评分6262 CLIMB 与 CLIFF 框架通过单细胞到 bulk 转录组映射计算解卷积药物敏感性
作者提出 CLIMB 和 CLIFF 两步机器学习框架，将 bulk RNA-seq 解卷积为细胞类型组成与表达，再把 bulk 药物敏感性测量解析为细胞亚型和单细胞特异的图谱。
eLifeAI 评分3838 RiboTRAP-seq 揭示秀丽隐杆线虫前肠与后肠在免疫和代谢调控中的空间特异性功能
研究用 RiboTRAP-seq 分别构建秀丽隐杆线虫前部 INT1 细胞与其余 INT2-9 肠细胞的翻译组，发现 INT1 是翻译上独特的肠亚区，富集免疫与应激反应基因。INT1 特异性基因的功能实验显示其在病原回避和个体存活中起作用，且 INT1 通过感知肠腔丙酮酸调控肠道胰岛素拮抗剂 INS-7 的分泌。
eLifeAI 评分2828 酿酒酵母染色体末端减数分裂轴蛋白沉积与DNA双链断裂诱导的可分离下调机制
酿酒酵母染色体末端20 kb内重组促进轴蛋白富集偏低与DNA双链断裂（DSB）下调，由多种常具染色体特异性的抑制机制共同造成。轴蛋白抑制依赖组蛋白甲基转移酶Dot1和Sir沉默复合体，Dot1至少部分不依赖其经典靶点H3K79抑制Sir活性；Sir复合体则通过限制启动子开放度抑制少数隐蔽热点的DSB诱导。dot1和sir3突变体中末端DSB减少仍大部分存在，提示还有其他调控层参与。
BMC BioinformaticsAI 评分4747 GenPerturb：用预训练基因组模型从序列出发解读扰动转录组
GenPerturb 通过拟合预训练序列嵌入的条件特异性线性读出，将 Perturb-seq 的 pseudobulk 表达与顺式调控元件和转录因子基序关联起来，无需目标实验配套染色质数据。
Genome BiologyAI 评分4242 GenoCLAMP：从基因组尺度数据中整合序列基序
GenoCLAMP 是一种整合基序聚类与比对的算法，可将冗余的转录因子结合基序合并为高质量矩阵表示。该工具能可靠还原结合共同基序的已知转录因子复合物，并发现此前未表征基序的证据，为大规模转录因子–DNA 结合数据的计算分析与生物学解读提供高效框架。
NCBI Insights精选AI 评分8080 NCBI 推出 RNA-Seq Gene Feature Counts 数据资源
NCBI 发布面向全部公开人类和小鼠 SRA 数据的 RNA-Seq Gene Feature Counts，通过 AWS Registry of Open Data 免费开放。
推荐理由：公共 SRA 的人和小鼠 RNA-Seq 数据有了统一流程算出的基因特征计数，做大规模表达分析前可先据此筛选。
eLifeAI 评分2222 花瓣身份基因 PhDEF 在表皮层具有主要结合与调控作用
结合单细胞 RNA-Seq 与 ChIP，对矮牵牛 phdef 细胞层特异性突变体的分析显示，花瓣身份基因 PhDEF 在表皮与叶肉中调控不同靶基因，且在表皮中结合更显著、调控作用更强。研究发现 PhDEF 靶基因的结合谱高度多样，包含层特异性与非特异性结合位点的复杂组合，表明细胞层身份会影响同源异型基因的调控过程。
Bioinformatics AdvancesAI 评分5252 Cis-TERN：整合scRNA-seq与scATAC-seq推断细胞拟时序的图方法
Cis-TERN 是一种基于图的拟时序推断方法，整合 scRNA-seq 与 scATAC-seq 数据，在两类细胞间构建有向二部图，边权由近端或远端染色质可及性决定，再通过网络扩散为所有细胞赋予连续拟时序分数。
Cell精选AI 评分7878 慢性运动多组学图谱覆盖 22 种组织
研究团队构建了慢性运动的 22 种组织多组学图谱，刻画了随组织、性别和时间变化的分子适应，以及骨骼肌中细胞类型特异的表观遗传重塑。图谱显示转录组、表观遗传、蛋白质组和代谢层面在全身范围内协同重塑。
推荐理由：该图谱覆盖 22 种组织，呈现运动适应在组织、性别和时间维度上的差异，为研究跨组织分子调控提供参照。
Genome BiologyAI 评分6262 人类 DCM-time machine 追溯原始肠管分化中的细胞状态变化
研究团队将 DCM-time machine 引入人诱导多能干细胞，实现对转录活性的回溯性全基因组追踪。该系统用 DCM 甲基化标记活跃的基因和增强子，这些标记在 S 期随 DNA 复制传递下去。在诱导多能干细胞向定型内胚层和原始肠管分化的过程中，该系统解析了活性动态，并可与转录因子网络和 CpG 甲基化谱整合。
PLOS Computational BiologyAI 评分5858 小鼠脾脏 T 细胞受体库的空间差异主要由分区大小与增殖解释
研究比较了未免疫与免疫小鼠脾脏 T 细胞区、B 细胞区和生发中心中 CDR3β 的组成，发现各分区 TCR 库虽有明显差异，但在计入分区大小和增殖效应后这些差异基本消失。
Arc Institute精选AI 评分7878 eclair-CLIP构建67个RNA结合蛋白高分辨率结合图谱并训练Pythia模型
Arc Institute、Biohub、UCSF与Vector Institute团队开发eclair-CLIP，用统一小标签替代逐个抗体，在人类细胞中绘制67个癌症相关RNA结合蛋白（RBP）图谱，以单核苷酸分辨率定位超过900万个RNA结合位点。
推荐理由：用统一标签的CLIP方法构建67个癌症相关RBP的高分辨率结合图谱，并据此训练可解释的RNA结合预测模型。
Bioinformatics AdvancesAI 评分3131 基于转录组谱与共表达整合筛选金黄色葡萄球菌生物膜相关sRNA–mRNA互作
研究整合菌株Bmb9393新测转录组与5株金黄色葡萄球菌公共数据，在生物膜与浮游条件下注释并刻画小调控RNA的表达与基因组环境，鉴定出10个生物膜中一致上调、4个一致下调的小调控转录本。
Europe PMC精选AI 评分4545 AI 驱动的 RNA 药物设计综述：从分子优化到系统级评估
这篇综述从分子优化与系统级评估的衔接角度梳理 AI 驱动的 RNA 药物设计，比较 siRNA、反义寡核苷酸、适配体、mRNA 和翻译导向 circRNA 各自的设计约束，并评估序列模型、生成模型和结构感知模型的能力与局限。
推荐理由：综述把 RNA 药物设计从分子优化延伸到系统层面评估，梳理了不同 RNA 模态的设计约束与虚拟细胞的定位。
Genomics, Proteomics & BioinformaticsAI 评分6060 单细胞多组学揭示系统性红斑狼疮免疫抑制治疗后仍存在的多维免疫失调
研究用单细胞多组学在真实临床场景下追踪系统性红斑狼疮（SLE）患者接受免疫抑制剂标准治疗期间的免疫组库动态，发现该疗法未能纠正 B 细胞和浆细胞的突变负荷下降，也未能阻止 CD4+ Th1 与 CD8+ 记忆 T 细胞的克隆扩增。作者还将自有数据与已发表的 SLE 数据集整合，构建了约 160 万细胞的 SLE 免疫图谱，并指出这些持续存在的失调可能与该病治疗后高复发率相关。
Bioinformatics AdvancesAI 评分5252 RT-SRFM：面向发育单细胞时间序列的潜动力学框架
研究提出 RT-SRFM，一个面向发育单细胞转录组时间序列的分阶段潜动力学框架，将最优传输引导的速度学习、分解式群体增长建模、形状细化与监督式生物学读出整合在同一潜空间中，并通过八阶段课程训练提升局部传输精度、质量校准、命运一致性与长时程推演稳定性。
PLOS GeneticsAI 评分3434 鸡胚单细胞转录组揭示Müllerian管分化的新见解
鸡胚单细胞转录组分析显示，Müllerian管分化比此前认识更具细胞复杂性，鉴定出上皮（MDE）与间充质（MDM）两隔室的分子特征。雄性退化间充质表达MSX1/2、RUNX2、GATA5、DLX3/5及DKK4、NRG1，其中WNT拮抗剂DKK4响应AMH诱导，在雌性异位表达可诱导管退化。雌性右管未如雄性般退化，转录上独特且缺乏退化间充质群体，提示其AMH介导机制不同于雄性。
中国科学院遗传与发育生物学研究所精选AI 评分8888 杨维才团队与国内多家单位合作在 Cell 发表水稻全生命周期三维时空细胞图谱
中国科学院遗传与发育生物学研究所杨维才团队与国内多家单位合作，在 Cell 在线发表水稻全生命周期时空组图谱研究，以粳稻品种中花11为材料，结合高分辨率空间转录组、单核RNA测序和人工智能分析，构建了覆盖种子萌发到开花结实全过程的三维时空细胞图谱。
推荐理由：图谱覆盖水稻10个器官、61个发育阶段，并配套在线平台与RICE scGPT基础模型，可供植物单细胞与空间组学研究复用。
GigaScienceAI 评分5555 MCMNA：单细胞水平构建帕金森病多尺度转录组网络模型
研究团队提出基于 metacell 的多尺度网络分析方法 MCMNA，用于系统解析帕金森病黑质 snRNA-seq 数据中的细胞类型特异基因调控结构。该方法通过 metacell 聚合缓解单细胞数据的稀疏性，构建稳健的基因调控网络，并结合基因共表达模块、metacell 差异表达与贝叶斯因果网络，推断候选驱动基因及其层级关系。作者称该多尺度网络模型可为疾病机制研究和治疗靶点优先级排序提供框架。
中国科学院遗传与发育生物学研究所精选AI 评分7878 李响团队开发空间三维基因组学技术 SpaceA 并绘制小鼠胚胎染色质构象图谱
中国科学院遗传与发育生物学研究所李响研究组在 Developmental Cell 在线发表论文，将微流控空间条形码技术与 SPRITE-like 无连接酶接触检测策略结合，开发出空间三维基因组学技术 SpaceA，可在组织切片原位高置信度解析远距离染色质互作。
推荐理由：SpaceA 把空间条形码与无连接酶接触检测结合，让染色质远距离互作能在组织切片原位测量，为空间三维基因组学提供了新手段。
EMBL NewsAI 评分6060 EMBL 罗马团队揭示小鼠胚胎基因组激活的时序与表观调控
EMBL 罗马 Ana Boskovic 团队在小鼠中建立精确控制受精时间的 IVF 方案，结合多个时间点的单胚胎基因活性分析，以高分辨率刻画了胚胎基因组激活（EGA）过程，成果发表于 Science Advances。
Cell Reports MethodsAI 评分5555 CFAR：用荧光各向异性实现无扩增的高通量内源基因表达检测
Wei 等人在 Cell Reports Methods 描述 CFAR，一种无需扩增、可及性较好的高通量方法，用于检测内源基因表达，弥补报告基因 assay 只能测启动子活性的局限。用 CFAR 做化学筛选，在结直肠癌细胞中筛出靶向致癌基因 MYC 表达的 FDA 已批准药物。
Cell SystemsAI 评分6262 研究系统评估人类早期发育 blastoid 模型的转录组
Long 等人整合人类胚胎发育过程的单细胞转录组构建参考，并用互补指标评估四种 blastoid 协议。分析揭示了不同协议在细胞身份、发育时序和谱系结构上的差异，为比较和改进 blastoid 模型提供了系统依据。
Genomics, Proteomics & BioinformaticsAI 评分3838 miRNA 过表达可扩展 isomiR 谱并可能影响靶基因沉默
在 HeLa、HEK293T、LUHMES 和 SH-SY5Y 四种人细胞系中过表达 mir-34a、mir-129、mir-873、mir-133b、mir-7 五种 miRNA，isomiR 谱显著扩展，单个 miRNA 最多检出 845 种独特异构体。转染后 8 小时内 isomiR 多样性快速上升，且随转染前体量变化；蛋白组分析提示 isomiR 谱改变可能影响靶基因抑制的幅度与频率。
Cell Reports MethodsAI 评分6262 stFormer：整合空间配体信号的空间转录组基础模型
Cao 等提出空间转录组基础模型 stFormer，将细胞内上下文与空间配体信号整合进同一模型。相比单细胞基础模型，stFormer 在细胞层面和基因层面的分析上均有提升，并支持通过计算扰动研究空间配体信号的响应。
中国科学院遗传与发育生物学研究所精选AI 评分7272 段力辉团队开发 OpenFISH 技术，实现空间组织原位转录与代谢联合分析
中国科学院遗传与发育生物学研究所段力辉团队开发 OpenFISH，可在同一张组织切片上连续完成空间转录组与 MALDI-MSI 空间代谢组检测。该方法通过模块化探针设计和单轮基因编码将空间转录组成本降低约 95%，并借助导电玻片预处理与 MALDI-MSI 后组织成胶、透明化实现两模态兼容。
推荐理由：该工作把成像空间转录组与 MALDI-MSI 代谢组放在同一张切片上，并给出约 95% 的转录组成本降幅，做空间多组学的人可关注其兼容方案。
Cell GenomicsAI 评分6262 疾病相关位点与常见环境暴露下的响应 eQTL 共享特征
Lin 与 Li 等人将分化中的人干细胞培养体系暴露于尼古丁、咖啡因或乙醇，鉴定出只有在暴露后才显现对基因表达效应的遗传变异。这些环境特异调控变异与疾病相关位点具有相似特征，提示环境敏感的基因调控可帮助解释人类遗传学研究中的信号。
Molecular Systems Biology精选AI 评分6767 整合空间信息的正常与癌症相关结肠成纤维细胞图谱
研究结合大规模单细胞 RNA 测序、空间验证和功能实验，构建了人正常结肠成纤维细胞与间质亚群的参考图谱，并以小鼠结肠为参照。
推荐理由：该研究以小鼠结肠为参照，用单细胞与空间验证构建人正常结肠和结直肠癌成纤维细胞参考图谱，为 CAF 分型提供统一坐标。
Cell SystemsAI 评分5858 血浆蛋白被整合进与心血管代谢疾病相关的跨组织基因调控网络
Bankier 等利用 STARNET 研究数据开展跨多组织的平行多组学整合分析，显示血浆蛋白是跨组织基因调控网络（GRN）的组成部分。不同 GRN 的蛋白质组特征与心血管代谢结局及风险因素相关。