Seurat v5.6.0 发布，新增线程控制并加速核心分析步骤
Seurat 发布 v5.6.0，新增 setThreads 和 getThreads 控制支持的 C++ 内核与 uwot UMAP 后端线程。
推荐理由：新版本把归一化、降维、聚类和整合等常用步骤改为多线程 C++ 实现，并修复了 BPCells 磁盘型数据的打分问题，做单细胞分析的读者可据此判断是否升级。
#单细胞
Seurat：GitHub Releases精选AI 评分7272
Cell SystemsAI 评分6262 研究系统评估人类早期发育 blastoid 模型的转录组
Long 等人整合人类胚胎发育过程的单细胞转录组构建参考，并用互补指标评估四种 blastoid 协议。分析揭示了不同协议在细胞身份、发育时序和谱系结构上的差异，为比较和改进 blastoid 模型提供了系统依据。
Arc Institute精选AI 评分7878 Arc Institute 为 2026 虚拟细胞挑战赛生成跨六种细胞系的 Perturb-seq 数据
Arc Institute 为 2026 虚拟细胞挑战赛生成了覆盖六种细胞系的 Perturb-seq 数据，任务从去年的同细胞系少样本预测升级为跨细胞系的零样本预测。
推荐理由：Arc 披露 2026 虚拟细胞挑战赛数据集的生成与质控细节，可了解跨细胞系 Perturb-seq 数据如何做到一致可比。
Bluesky：Adlung Lab (@adlunglab.com)AI 评分3232 CytoVI 深度生成模型发表于 Nature Methods，用于流式与质谱细胞术数据整合
CytoVI 深度生成模型正式发表于 Nature Methods，可整合流式细胞术、质谱细胞术与 CITE-seq 数据，并预测缺失标志物、发现疾病相关细胞状态。Adlung Lab 称将试用该方法并鼓励课题组采用。
Genomics, Proteomics & BioinformaticsAI 评分3838 单细胞与空间转录组揭示 DEFB1+ 胆管细胞与 IFI30+ 巨噬细胞互作驱动肝内胆管癌免疫抑制微环境
整合单细胞 RNA 测序与空间转录组构建人肝内胆管癌（ICC）细胞与转录图谱，发现 CD8+ 增殖 T 细胞存在终末型与祖细胞样两种耗竭程序。DEFB1+ 胆管细胞与 IFI30+ 巨噬细胞在多个独立 ICC 队列中呈强正相关，并在肿瘤微环境中空间邻近，其互作预测涉及 TGFB1–TGFBR1 信号轴，可能促进肿瘤进展与免疫治疗耐药。
Bluesky：Manvendra Singh (@manusingh.bsky.social)AI 评分4242 单核调控图谱将转座子与成年海马神经发生联系起来
一项预印本发布“A single-nucleus regulatory atlas links transposons to adult hippocampal neurogenesis”，由 RETROGEN 实验室的 Umut、Fede 和 Souad 主导完成。该研究构建单核调控图谱，将转座子与成年海马神经发生建立联系，全文可在 bioRxiv 获取。
Cell Genomics精选AI 评分7878 九种哺乳动物脑单细胞多组学比较揭示细胞类型特异的调控保守性
Anderson 等对九种哺乳动物的脑组织开展单细胞多组学比较，发现增强子的保守性不止体现在 DNA 序列上，还体现在细胞类型特异性和靶基因上。功能实验进一步显示，古老调控元件与人类特异调控元件共同影响脑生物学和神经系统疾病的易感性。
推荐理由：跨九种哺乳动物比较脑内基因调控，把增强子保守性从序列层面延伸到细胞类型与靶基因层面。
Bluesky：Chris Tape (@christophertape.bsky.social)AI 评分4242 膳食脂肪与神经酰胺经 YAP 驱动结直肠癌 revival 干细胞命运
一项研究显示，膳食脂肪与神经酰胺可驱动结直肠癌（CRC）中由 YAP 介导的 revival 干细胞命运。该研究发表于 Science，具体数据与结论细节未在原文中展开。
Molecular Systems Biology精选AI 评分6767 整合空间信息的正常与癌症相关结肠成纤维细胞图谱
研究结合大规模单细胞 RNA 测序、空间验证和功能实验，构建了人正常结肠成纤维细胞与间质亚群的参考图谱，并以小鼠结肠为参照。
推荐理由：该研究以小鼠结肠为参照，用单细胞与空间验证构建人正常结肠和结直肠癌成纤维细胞参考图谱，为 CAF 分型提供统一坐标。
Cell GenomicsAI 评分4242 通过跨物种比较浓缩骨髓细胞类型特异性转录特征
作者提出一个框架，通过同时要求细胞类型特异性保守和跨多物种 scRNA-seq 数据集表达保守，来提取浓缩的标志基因特征。来自四种小鼠物种的骨髓微环境与造血祖细胞特征，能在两个外群灵长类物种中稳健解析细胞身份，捕获高度保守且具生物学意义的信息。
Europe PMCAI 评分3636 预测性虚拟细胞中的显式机制算子：证据、失效模式与单细胞扰动预测的最小证伪框架
这篇 Perspective 提出用最小证伪框架检验生物机制算子能否提升单细胞扰动预测：在统一锁定评测下，与晚期融合、容量匹配静态模型、容量匹配学习动力学算子及拓扑重连对照比较。
GigaScienceAI 评分5252 分子锚定的空间转录组框架实现 CA1–Sub 精确分区并解析阿尔茨海默病区域转录变化
研究提出一个分子锚定的空间转录组框架，用 Stereo-seq 与 snRNA-seq 参考定义 CA1 与 Sub 的可复现分子分区。
Europe PMCAI 评分3838 面向肝病学的 AI 虚拟细胞：单细胞模型中的表征、生成、动力学与干预
这篇综述将肝脏 AI 虚拟细胞（AIVC）的建模路径归纳为三类：生成模型表征细胞状态，动力学与转运模型推断状态转换，预训练或基础模型检验表征能否跨供体、病因、疾病阶段和平台迁移，并以扰动响应预测作为贯穿性评估。
Bluesky：Andre Rendeiro (@andre-rendeiro.com)AI 评分7272 Rendeiro 实验室发布人体组织衰老单细胞图谱预印本
Rendeiro 实验室在 bioRxiv 发布预印本，以单细胞分辨率绘制人体组织衰老图谱，覆盖 3.5 billion 个细胞、16 个器官、980 名供体，跨越成年生命周期。该工作由 @e-abila 主导，论文链接为 www.biorxiv.org/content/10.6...。
Heidi LedfordAI 评分6060 实验性细胞疗法能否在骨质疏松患者体内重建骨骼
Heidi Ledford 在 X 上转述 Nature 的一篇报道，讨论一项小型早期临床试验：经改造、可靶向骨骼的骨髓细胞是否在骨质疏松患者体内重建了骨骼。报道作者 Elie Dolgin 在文中同时呈现了希望与需要保留的地方，并附有原文链接 https://www.nature.com/articles/d41586-026-02828-3。
Europe PMCAI 评分2929 解码血管重塑中的PVAT复杂性：多模态单细胞技术揭示新治疗靶点
多模态单细胞技术（scRNA-seq、空间转录组与AI整合）正以空前分辨率解析血管周围脂肪组织（PVAT）生态系统，构建出揭示不同血管床细胞结构、表型可塑性与空间互作的整合图谱。综述据此提出Dpp4+前脂肪细胞、BMP4诱导的棕色化等新生物标志物与可干预疗法，并给出以人类PVAT生物样本库、CRISPR谱系追踪和AI建模为优先的转化路线图。
Bluesky：Sarah Crome (@sarahcrome.bsky.social)AI 评分4242 人类脾脏先天淋巴细胞的空间与功能特化研究
一项新论文在单细胞和空间分辨率下绘制了人类脾脏 NK 细胞与先天淋巴细胞（ILC）图谱，揭示其空间与功能特化。研究由 Sarah Colpitts 主导，论文题为“Spatial and functional specialization of human splenic innate lymphoid cells”。
Stephen Quake精选AI 评分7878 Tabula Sapiens 2.0 在 Cell 上线，细胞数扩至逾 110 万
Tabula Sapiens 2.0 在 Cell 上线，数据集规模翻倍至 28 个组织、逾 110 万个细胞。作者团队还绘制了人类转录因子的表达，并分析了细胞衰老程序，图谱开放获取。
推荐理由：Tabula Sapiens 2.0 把细胞数扩到 110 万并新增转录因子表达与衰老程序分析，做单细胞图谱比较的读者可据此了解数据规模变化。
Manolis Kellis精选AI 评分8585 跨物种单细胞图谱绘制人脑纹状体，定位精神疾病遗传风险细胞类型
研究团队发布人脑纹状体跨物种单细胞图谱，覆盖 109 个样本、69 名供体、67 万个细胞核，鉴定出 31 个神经元亚群，其中包括 9 类中型多棘神经元（MSN）。
推荐理由：这份跨物种纹状体图谱把 124 项 GWAS 的遗传风险定位到特定神经元亚群，并显示小鼠与人存在分区差异。
Scanpy：GitHub ReleasesAI 评分3838 Scanpy 1.13.0a2 发布
Scanpy 发布 1.13.0a2 预发布版本。原文未披露该版本的具体功能变更、修复内容或数据与代码公开情况。
Scanpy：GitHub ReleasesAI 评分2020 Scanpy 1.12.4 发布
Scanpy 发布 1.12.4 版本，为这一单细胞分析工具的补丁更新。原文未披露具体修复内容与新增功能。
Biohub精选AI 评分7878 Biohub 用 AI 揭示肿瘤细胞状态异质性，预测联合用药延长 DMG 小鼠生存
Biohub 与哥伦比亚大学等机构合作在 Nature Genetics 发表两篇论文，提出“cancer quantum biology”假说：同类型肿瘤在患者间拥有几乎相同的恶性细胞状态集合，这些状态可相互转换从而逃避单靶点药物。
推荐理由：两篇 Nature Genetics 论文提出肿瘤细胞状态在患者间高度保守，并用 AI 预测针对多状态的联合用药，在 DMG 小鼠模型中延长生存。
Rahul Satija精选AI 评分7878 Seurat 5.6 公测版发布，提升核心流程速度与内存表现
Seurat 5.6 公测版发布，针对核心工作流的速度、内存和可扩展性做了大幅改进，尤其面向大规模数据集。作者团队称过去几个月用编码智能体重写了 Seurat 核心流程，把部分步骤从 R 迁移到 C++ 并优化代码，部分场景提速 10 倍以上且输出一致。安装说明见 https://github.com/satijalab/seurat/discussions/10449。
推荐理由：Seurat 5.6 公测版针对大数据集重写核心流程，做单细胞分析的读者可据此判断是否试用。
Jingyi Jessica Li (李婧翌)AI 评分3232 李婧翌团队发表单细胞转录组统计评论
李婧翌（@jsb_ucla）致谢其博士生 Chenxin (Flora) Jiang 和博士后 Changhu Wang 参与完成一篇发表于 Cell Systems 的评论文章，该文围绕 Sun et al. (2024)、Mukamel & Yu (2025) 及 Sun et al. 回复之间关于单细胞转录组学的争论展开。
公众号：中国科学院分子细胞卓越中心精选AI 评分8484 周斌组在Science揭示心肌缺血后新生冠状侧支动脉主要来源于毛细血管
中国科学院分子细胞卓越中心周斌研究组与香港中文大学吕爱兰研究组合作，在Science在线发表研究，发现心肌梗死后新生冠状侧支动脉主要来源于毛细血管内皮细胞，而非原有动脉内皮细胞的重新装配。
推荐理由：研究用新型谱系追踪工具推翻原有动脉重排假说，把侧支动脉来源指向毛细血管，并给出VEGFA到YY1的表观通路。
Silvana Konermann精选AI 评分6060 Arc 研究所启动 2026 虚拟细胞挑战赛，发布 6 种细胞类型 CRISPRi 扰动数据
Arc 研究所启动 2026 虚拟细胞挑战赛，任务是在没有挑战赛专属训练数据的细胞情境中零样本预测扰动响应。Arc 团队为本次比赛专门生成了高质量单细胞 CRISPRi 扰动数据，覆盖 6 种细胞类型，参赛者需预测靶向特定基因后不同细胞类型的响应并达到实验精度。
推荐理由：Arc 研究所为虚拟细胞挑战赛专门生成了 6 种细胞类型的 CRISPRi 单细胞扰动数据，读者可据此了解零样本预测任务的评测设置。
Jay ShendureAI 评分6767 DNA Typewriter 重建小鼠胚胎从受精卵到 E13.5 的单细胞谱系
Jay Shendure 发帖介绍用 DNA Typewriter 重建的小鼠胚胎单细胞谱系，覆盖单只动物从受精卵到器官发生晚期（E13.5）的发育过程。该谱系树包含 1,340,794 个经转录组分析和注释的末端细胞，以及 1,142,588 个带时间标注的内部节点，根节点为受精卵。
Bluesky：Stylianos Lefkopoulos (he/him) (@slefkopoulos.bsky.social)AI 评分6060 单细胞转录组揭示驱动人冠状动脉粥样硬化进展的内皮祖样重塑
Yao、Li、Gai 等人用单细胞转录组对人正常冠状动脉及早期、晚期冠状动脉粥样硬化样本进行图谱刻画，识别出一类祖样内皮亚型，并提示其在疾病进展中具有功能意义。
Scanpy：GitHub ReleasesAI 评分4242 Scanpy 1.13.0a1 发布
Scanpy 发布 1.13.0a1 版本。该版本为 GitHub Releases 上的预发布版本，具体更新内容原文未列出。
Stephen Quake精选AI 评分8080 Universal Cell Embedding 模型基于 3600 万细胞训练，可研究训练集外物种
Stephen Quake 介绍 Universal Cell Embedding 模型，该模型在来自多种物种和组织的 3600 万细胞数据集上训练，可研究远超训练集范围的生物体。相关成果来自 Rosen 等人的 Nature 论文，DOI 为 10.1038/s41586-026-10689-z。
推荐理由：Universal Cell Embedding 在 3600 万细胞上训练，可外推到训练集之外的物种，为跨物种细胞研究提供参考。
Seurat：GitHub ReleasesAI 评分2222 Seurat v5.5.0 发布：新增 BPCells 回归支持与多项可视化参数
Seurat 发布 v5.5.0，为 BPCells 的 IterableMatrix 在 ScaleData 中新增 vars.to.regress 与 latent.data 支持。
Nicolas AltemoseAI 评分5858 Jop Kind 组将 DamID 扩展至修饰蛋白与 DNA 互作及单细胞多组学
Jop Kind 团队提出一种新方法，把 DamID 扩展到在体内定位 DNA 与翻译后修饰蛋白之间的相互作用，并与 RNA-seq 联合使用，甚至可用于单细胞。该工作以预印本形式发布在 bioRxiv，链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.10.26.465688v1。