生信日报 · 2026 年 11 月 3 日 · 星期二
BIOINFOSOUL
汉诺威医学院与仁济医院用碱基编辑矫正基因，治疗7名AATM患者
德国汉诺威医学院（MHH）与中国上海仁济医院合作，首次用CRISPR/Cas9碱基编辑矫正AAT产生肝细胞中的缺陷碱基，治疗了7名alpha-1抗胰蛋白酶缺乏症（AATM）患者，初步安全性和有效性结果发表在Journal of Hepatology。该方法在修改突变碱基后于对侧链制造单链断裂，由细胞自身修复程序补上正确碱基，避免DNA双链断裂。55岁的Katrin H.接受输注后血检显示体内重新产生功能性AAT，且无副作用，此后不再需要每周静脉补充蛋白；但已造成的肺和肝损伤无法逆转。该疗法尚未获批，MHH的临床试验计划于2027年初继续，研究团队认为该策略可扩展到其他单碱基替换的先天性肝病。
Medical Xpress原文 方法与工具
Nature Communications一手HuBMAP Data Portal 发布健康人体多模态空间与单细胞数据资源
NIH 人类生物分子图谱计划（HuBMAP）的 Data Portal 作为健康人体组织多模态、多尺度空间与单细胞数据的综合存储库，截至 2026 年 8 月收录来自 501 名供体的 9,316 个公开数据集，覆盖 26 种数据类型和 29 个器官类别。门户支持在浏览器内完成元数据与数据驱动的检索、可视化与分析，包括可访问高性能计算的协作 Workspaces，以及面向非空间、2D 和 3D 空间数据集的交互式 Vitessce 可视化。
Nucleic Acids Research一手InterPro 发布 110.0 版本，新增深度学习方法 InterPro-N 与 InterProScan 6
蛋白质序列分类资源 InterPro 发布 110.0 版本，新增深度学习方法 InterPro-N，将 UniProtKB 的序列覆盖度提升到 90% 以上。InterPro 整合多个成员数据库的预测模型（signature），把序列归入蛋白家族并预测结构域和功能位点，注释覆盖数亿条序列，并可映射到 Gene Ontology、PDBe 和 AlphaFold 蛋白结构数据库。
研究发现
公众号：BioArtNature 发表免疫单细胞多组学图谱，追踪遗传变异到疾病的调控链
美国马萨诸塞州总医院 Ramnik J. Xavier 团队在 Nature 发表论文 Population-scale immune multiome atlas reveals regulatory disease mechanisms，在 1,108 名 FinnGen 参与者的外周免疫细胞核中同时测量基因表达和染色质可及性，构建单细胞多组学遗传调控图谱。
Nature Genetics一手CAR19 治疗后克隆性造血扩增并与继发髓系肿瘤相关
研究显示，克隆性造血在 CAR19 治疗后发生扩增，并与治疗相关髓系恶性肿瘤（tMN）相关。作者纳入接受 CAR19 的淋巴瘤患者，与倾向性匹配的自体造血干细胞移植（autoHCT）对照比较，发现 CAR19 组免疫重建受损、感染增加。骨髓分析显示，CAR19 后长期血细胞减少与意义未明的克隆性血细胞减少及干扰素介导的炎症相关；克隆性造血扩增与免疫重建受损和 tMN 相关，CAR19 后 tMN 在分子和临床上与 autoHCT 后 tMN 相当。单细胞 DNA 分析显示，多数 CH 克隆相互独立，而 CAR 载体整合进 CH 突变 T 细胞的情况频繁出现，可能驱动这些细胞的扩增与持续存在。
公众号：BioArtMED另有 3 家信源报道Cell：西式饮食经代谢与菌群诱导Treg脆弱，启动免疫检查点治疗不良反应
美国匹兹堡大学Abigail Overacre-Delgoffe团队在Cell发表研究，建立生活方式诱导的irAEs易感性（LISA）小鼠模型，揭示西式饮食驱动的代谢与微生物改变经IFN-γ信号诱导调节性T细胞（Treg）脆弱，使细胞毒性组织驻留记忆T细胞（Trms）攻击正常组织，引发免疫检查点阻断相关不良反应。研究给野生型C57BL/6小鼠喂食低纤维、高脂、高加工碳水化合物的西式饮食14天后给予抗PD-1抗体，小鼠在首剂后第6天出现结肠、肝脏、皮肤和肺多器官炎症，血清IFN-γ、IL-12、GM-CSF、IL-17和IL-5升高。
Cell 研究：工业化驱动人类共生体微生物组与宿主生理趋同变化
一项发表于 Cell 的研究整合全球多样人群的微生物组组学与宿主数据，发现工业化会重构肠道微生物生态系统和肠道生理。这些变化包括微生物多样性下降、组成异质性和群落稳定性改变、肠道免疫与生理反应变化，以及基于微生物组的疾病预测模型跨人群迁移能力有限。
公众号：BioArt另有 1 家信源报道Science：330 万人队列揭示生殖系 EGFR T790M 与肺癌高风险关联
Dana-Farber/哈佛癌症中心 LoPiccolo 等人与 23andMe 合作，在超过 330 万欧洲祖先参与者中评估了罕见生殖系变异 EGFR T790M 与肺癌的关联，结果发表于 Science。研究从 23andMe 的 10,162,685 名参与者中检出 641 名携带者，携带者频率为 0.0000631，其中 58.0% 为女性、67.4% 报告从不吸烟；携带者肺癌诊断中位年龄为 59.5 岁，非携带者为 65 岁。
昆明动物所团队发现高黎贡山62种无危鸣禽遗传多样性平均下降43%
中国科学院昆明动物研究所董锋团队将高黎贡山62种IUCN“无危”鸣禽的历史标本与当代样本做全基因组比较，发现过去半个世纪其遗传多样性平均下降43%，研究10月30日在线发表于《科学》。团队整合20世纪六七十年代与本世纪初至今各294份样本的全基因组数据，62个物种的遗传多样性均明显下降。扩散能力弱的物种降幅更大，种群数量越多的物种下降越严重，作者认为中低海拔栖息地片段化削弱了基因流、加剧遗传漂变，使大种群被分割为孤立小种群。团队据此呼吁将遗传监测纳入保护体系、把监测对象扩大到常见物种并恢复栖息地连通性。
Nature Communications一手胃癌 Perturb-seq 绘制表观遗传治疗的单细胞药物基因组图谱
研究团队用直接捕获 Perturb-seq 在正常胃细胞和胃癌细胞系中，针对 200 多个胃癌相关基因与 4 种表观遗传治疗药物进行组合扰动，在 625,866 个细胞中鉴定出 1770 万条药物基因组表达互作，覆盖基线与治疗后分子表型。该图谱验证了已知的基因驱动分子表型，并刻画了部分研究较少的基因以及基因剂量与分子表型的关系。治疗后存活细胞的分子表型中富集与耐药相关的通路，包括上皮–间质转化、细胞周期改变和代谢重编程。作者将体外分子表型映射到原发人胃癌，发现预后和空间上的差异，并比较不同药物与细胞系背景下的扰动，识别出保守与情境特异的分子改变。
医药产业
GEN另有 2 家信源报道FDA 受理 uniQure 亨廷顿病基因疗法 BLA，设定 5 月 1 日 PDUFA 目标日期
FDA 已受理 uniQure 亨廷顿病基因疗法候选药 ifezuntirgene inilparvovec 的生物制品许可申请（BLA）并给予优先审评，设定 5 月 1 日为 PDUFA 目标行动日期；若获批，它将成为首个被证明能改变这一致死性遗传神经退行性疾病病程的治疗。FDA 同时提示，暂计划在未来的咨询委员会会议（很可能是 CTGTAC）上讨论该 BLA，但截至发稿尚未确定会议日期。该药采用 miQURE 基因沉默平台，经 MRI 引导的增强对流立体定向神经外科手术单次直接递送至纹状体。
BioSpaceivonescimab 关键审评临近，多家药企争相与其联用合作
在 Summit Therapeutics 的 PD-1xVEGF 双抗 ivonescimab 迎来 FDA 关键审评前，多家药企正排队与其开展临床试验合作。该药 2024 年 9 月在中国开展的头对头 III 期研究中击败默沙东 Keytruda，在晚期非小细胞肺癌中降低疾病进展或死亡风险的效果高出 49%，但该试验完全在中国患者中开展。