生信日报 · 2026 年 11 月 4 日 · 星期三
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王晓东团队张泽领衔在Cell报道TECR棕榈酰化启动新型坏死通路并参与急性肝损伤
北京生命科学研究所、清华大学生物医学交叉研究院王晓东团队由张泽博士领衔，在Cell发表论文，发现内质网脂肪酸代谢酶TECR可通过S-棕榈酰化启动一条不依赖凋亡、程序性坏死、焦亡和铁死亡经典执行机制的坏死性细胞死亡通路。研究通过全基因组CRISPR-Cas9筛选锁定TECR，发现其七个半胱氨酸位点棕榈酰化存在功能冗余，ZDHHC5/GOLGA7、ZDHHC2负责添加修饰，ABHD10负责去除；该通路经PERK-eIF2α-ATF4-CHOP信号执行死亡。
方法与工具
Nature Genetics一手MANTIS 模型基于 DNA 甲基化预测儿童脑瘤个体化生存与治疗获益
Stefan 等人提出 MANTIS，一个基于全基因组 DNA 甲基化芯片数据预测儿童脑瘤患者个体化生存的 AI 模型。该模型在 2,786 例髓母细胞瘤与室管膜瘤患者数据上构建，可输出 10 年内的个体化生存概率，一致性指数最高达 0.80 ± 0.07，显著高于现有临床指标的预测准确性。研究进一步用 MANTIS 估计个体化治疗效应，识别出约 60% 的平均风险髓母细胞瘤患者在接受较低剂量颅脊髓照射后未见显著生存劣势（P = 0.683），而该方案与神经认知结局改善相关。作者认为，这为儿童脑瘤的 AI 精准预后与治疗个体化奠定基础，并为其他癌种的类似工作提供蓝图。
Phys.org另有 4 家信源报道西湖大学团队开发 Pinal 模型，用自然语言提示设计蛋白质
西湖大学团队在 Nature 发表论文，提出大规模 AI 模型 Pinal，可仅凭自然语言提示生成候选蛋白序列。Pinal 由两个模块组成：T2struct 先把文字描述转成一维结构蓝图，SaProt-T 再结合原始提示生成对应的氨基酸序列；模型会生成多个结构蓝图并逐一打分选出最佳设计。训练数据来自 1.35 亿条蛋白序列，团队借助 AI 模型和已有注释构建了 17 亿条蛋白-文本配对，结构信息取自 AlphaFold 数据库。
Nature Genetics一手新框架实现全基因组DNA甲基化刻画与变异效应预测
研究提出一套框架，可系统开展全基因组甲基化分析，并基于序列预测变异对甲基化的情境特异性影响。该框架整合了来自不同研究的甲基化数据，覆盖90余种组织和细胞类型，并据此以数据驱动方式划分甲基化类别，揭示甲基化在不同组织、细胞类型和基因组区域中的情境依赖作用。框架还包含深度学习序列模型Wreath，用于预测任意遗传变异对甲基化的情境依赖影响。作者用Wreath系统刻画了非编码致病变异对组织特异性甲基化的影响，为单个调控变异提出机制假设。完整框架（包括数据汇编、甲基化类别和模型）已开放给社区使用。
研究发现
公众号：生信人卞修武团队在 Cancer Cell 绘制胃癌多阶段染色质图谱并定义酸性微环境耐药亚型
卞修武、王斌、白凡、王振宁等团队在 Cancer Cell 发表研究，依托439名受试者的650份多阶段胃组织样本，用 bulk ATAC-seq、scATAC-seq 及配对 RNA-seq、snRNA-seq 绘制了从正常黏膜、胃炎、肠上皮化生到胃癌的染色质可及性图谱。研究发现肠化生阶段已出现染色质提前开放的许可态，ATF3 等转录因子参与其中；进展期胃癌可分为增殖型、间质-炎症型和拟胃型三种表观亚型，拟胃型在 FOSL2 部分驱动下上调 H⁺/K⁺-ATP 酶、构建酸性微环境抑制 CD8⁺ T 细胞。
公众号：BioArt另有 1 家信源报道Cell：马越等揭示工业化驱动人类肠道细菌趋同基因组进化
德国基尔大学Eric J. Alm、Mathieu Groussin和Mathilde Poyet团队（共同一作Malte Rühlemann和马越）在Cell发表论文，利用全球微生物组保护计划（GMbC）的肠道细菌分离株基因组资源，研究工业化生活方式对肠道细菌基因组进化的影响。研究建立了覆盖9个国家、24个地区和434个物种水平基因组簇的5981个高质量分离株基因组库，并比较147对同一样本同物种的分离株基因组与宏基因组组装基因组（MAGs），发现分离株能恢复更多蛋白质编码基因、代谢功能及移动遗传元件，检测到更多HGT事件。
pharmaphorumYolTech 碱基编辑疗法 YOLT-202 治疗 PiZZ 型 AATD 的病例报告获同行评审发表
中国生物技术公司 YolTech 开发的体内基因疗法 YOLT-202 在一名 66 岁 PiZZ 型 α1-抗胰蛋白酶缺乏症（AATD）患者中完成治疗，相关病例报告经同行评审后发表于 Journal of Hepatology。患者经静脉输注单次 35 mg 碱基编辑疗法后，肝活检显示该剂量下修正效率较高，未检出旁观者编辑或脱靶改变；患者 PiZZ 基因型转为 PiMM、PiMZ 与 PiZZ 细胞的嵌合状态，由纯合转为杂合。研究者称这是向遗传性肝病永久微创疗法迈近的一步。
公众号：中科院之声中科院动物所构建 disc-Gastruloid 体外重现人类原条样结构发生
中国科学院动物研究所等构建出胚盘样类原肠模型 disc-Gastruloid，在体外重现人类原条样结构从启动、定位到有序组织的动态过程。研究依托人多能干细胞和胚外谱系细胞，结合微图案培养技术在培养皿中限定细胞附着区域、形状与大小，模拟胚盘空间边界。结果显示三类胚外细胞分工调控：羊膜样细胞释放促进原条样命运建立的信号，滋养层干细胞约束原条样结构生长范围，胚外中胚层干细胞引导原条样细胞迁移。作者指出，任一类细胞的信号或空间功能异常都可能使原条形成的位置、数量或迁移方向出现偏差，干扰神经、心血管、泌尿、生殖等系统后续发育。
AI × 生物医药
公众号：深势科技 DP Technology另有 1 家信源报道深势科技等开发的虚拟细胞模型ProteinTalks登陆Nature正刊并推进药物研发合作
深势科技与合作团队开发的虚拟细胞模型ProteinTalks于2026年9月9日发表于《Nature》，该模型将大规模动态蛋白质组与连续动力学建模结合，用于药物扰动响应预测。研究团队以超过3800万项蛋白质丰度测量构建时序扰动数据集，覆盖用药前及给药后6、24和48小时，并用神经常微分方程（Neural ODE）预训练，同时学习细胞状态及其随时间演变。
Google DeepMind Blog一手Google Antigravity 上线化学信息学技能，一小时完成肺癌药物分子设计与合成路线
Google DeepMind 为 Google Antigravity 推出 Cheminformatics Skills，把分子数据整理、建模和候选分子设计整合进一个智能体工作台。该技能以 RDKit 为基础，并连接 ChEMBL 与 PubChem，由语言模型负责流程编排和科学推理，确定性化学工具执行分子计算。官方以非小细胞肺癌药物 crizotinib 和 lorlatinib 为例，智能体在数分钟内检索并清洗数千个化合物，完成匹配分子对分析，并在四个实验读出上以 scaffold split 基准评测多种机器学习架构。
医药产业
拜耳FXIa抑制剂阿舒克森片获NMPA批准上市
拜耳的1类创新药阿舒克森片（Asundexian，舒华博）获NMPA批准上市，用于降低缺血性卒中或高风险TIA成人患者的卒中风险，不包括心源性栓塞型卒中患者，成为全球首个获批的FXIa抑制剂。该药2026年4月30日获CDE受理并进入优先审评，约半年后在中国首批落地，美国FDA和日本监管部门也已受理其上市申请。
BioSpaceCompass Pathways 拟两周内完成 COMP360 滚动上市申请
Compass Pathways 表示预计在未来两周内完成其迷幻药抑郁候选 COMP360 的滚动上市申请，用于治疗难治性抑郁症（TRD）。此前有报道称 Usona Institute 已为其迷幻药候选 PSIL201 提交新药申请，Compass 股价周一跌超 35%，周二发布第三季度财报后有所回升，但仍较本周初低 23%，报 9.01 美元。两家候选均持有 Commissioner's National Priority Vouchers（CNPV），可将审评周期从 10–12 个月缩短至 1–2 个月，因此均可能在年底前获批。