生信日报 · 2026 年 11 月 6 日 · 星期五
BIOINFOSOUL
方法与工具
Nature Methods一手另有 1 家信源报道abcFISH 实现环状 RNA 单分子多路成像与空间异质性分析
研究团队开发了基于扩增子的环状 RNA 荧光原位杂交方法 abcFISH，通过靶向反向剪接位点的优化滚环扩增策略，实现高特异性、单分子的环状 RNA 成像。该方法可在细胞和组织中进行定量、多路检测，据此揭示了同一基因座产生的不同环化模式，发现与 RNA 结合蛋白组合效应相关的细胞类型特异性环状 RNA 表达，并绘制了神经元和脑组织中环状 RNA 的不同空间分布模式，还展示了 circRNA Cdr1as 与长非编码 RNA Cyrano 的功能性共定位。
Nature Genetics一手CORAL：基于图学习的深度生成模型实现跨尺度空间多组学整合
研究团队提出 CORAL（Cross-scale spatial Omics Registration and Analysis via graph Learning），一种基于图注意力的概率深度生成模型，用于整合不同空间分辨率、跨模态对齐和分子覆盖度差异的空间转录组、蛋白组、代谢组和表观组数据。CORAL 将分子覆盖度有限的高分辨率数据与低分辨率全基因组数据联合建模，生成兼具广分子覆盖度和高空间分辨率的统一表示。在来自多种组织和平台的合成与实验数据集中，CORAL 能识别空间域、预测高分辨率分子谱、检测空间可变基因并推断细胞间相互作用。
Nature Methods一手DIRAC 统一空间多组学数据的整合与注释
DIRAC 是一个几何深度学习模型，用广义域适应框架同时完成空间多组学数据的垂直整合（合并不同分子模态）和水平整合（跨研究对齐细胞类型）。它学习对批次效应、组学模态和研究站点造成的域偏移不敏感的任务判别特征，从而建立共享嵌入空间，并通过从参考数据集迁移标签实现自动细胞类型注释。在测序类和成像类数据集上，DIRAC 在胶质母细胞瘤中识别出一个新的微血管增生域，修正了重度阿尔茨海默病的皮层分层注释，解析了小鼠胚胎中的细微结构，并对缺失数据和未见细胞类型保持稳健。
Nature Communications一手DeltaCata 用几何深度学习建模突变引起的酶动力学参数变化
研究团队开发了 DeltaCata，一种 Siamese 几何图神经网络，直接预测残基替换引起的酶动力学参数变化（Δk_cat 和 ΔK_m），而非预测参数的绝对值。为此，他们通过语言模型辅助解析结合人工核验的半自动流程，配对在相同实验条件下测得的野生型与突变体动力学参数，构建了高质量的酶突变效应数据集。DeltaCata 在性能上明显优于现有方法，对训练集中未出现的酶尤其如此；作者还用深度突变扫描数据集做了计算层面的有益突变筛选验证。最后将其用于甲基转移酶 sGmOMT2 的改造，在体外 icaritin 合成中催化效率最高提升 7.0 倍。
研究发现
Google Research Blog一手另有 2 家信源报道Google 研究用智能手表传感器无袖带校准检测高血压迹象
Google Research 联合 Beth Israel Deaconess Medical Center 和 Harvard Medical School 在 Nature 发表研究，提出多模态 AI 系统 AI-PPG-ACC-HTN，可用消费级智能手表被动检测高血压迹象，且无需袖带校准。
Science一手肿瘤转移劫持肝脏造血以促进免疫抑制
研究发现肝转移灶可驱动一种由肝转移相关造血干细胞（LM-HSC）介导的肝脏造血。肝转移灶建立异位门管区造血龛，通过 Kupffer 细胞依赖的 CCR1 信号招募骨髓 HSC。LM-HSC 虽保留自我更新和多能性，但 CREB 激活使其分化偏向髓系，尤其是 ANXA1+ 未成熟中性粒细胞。这些中性粒细胞产生糖皮质激素，以旁分泌方式激活糖皮质激素受体信号，诱导 CD8+ T 细胞和自然杀伤细胞表达免疫检查点受体并进入功能失能状态。作者据此提出，肝转移灶重编程肝脏造血以促进免疫抑制。
公众号：生信菜鸟团另有 2 家信源报道近88万人全基因组测序绘制平均个体基因组变异基线
一项发表于Genome Medicine的研究利用UK Biobank与All of Us两大队列共879,461名成年人的全基因组测序数据，绘制了平均个体基因组的变异全景。每个平均基因组携带约430万至530万个SNV/短indel，其中仅约1.5%为队列内MAF低于1%的罕见变异；非洲遗传相似组比其他人均多约100万个变异。每人中位携带68个大于10 kb的CNV，约21,000至26,000个编码区SNV/indel，pLoF变异中位229个。
公众号：BioArt蒋争凡课题组在 Molecular Cell 报道钙信号经 CaMK1D 磷酸化 STING 启动抗病毒天然免疫
北京大学生命科学学院、北大-清华生命科学联合中心蒋争凡课题组在 Molecular Cell 在线发表研究，发现宿主细胞把病毒感染引发的钙释放当作早期危险信号，通过 CaM–CaMKK–CaMK1D 级联磷酸化 STING，进而激活 TBK1 和 I 型干扰素应答。抑制或敲除 CaM、CaMKK、CaMK 会削弱 DNA 病毒感染、胞质 DNA 刺激及 STING 激动剂诱导的 TBK1/IRF3 活化和 I 型干扰素产生，也减弱 STING 激活的自噬和溶酶体生成。
公众号：BioArtNature 发表超10万人临床数据研究，揭示成人棕色脂肪的功能分区与药物调控
美国洛克菲勒大学 Paul Cohen 团队在 Nature 发表论文，利用超过10万人的临床数据刻画成人棕色脂肪（BAT）的临床表型，并发现现有药物氯沙坦（losartan）可通过 PPARγ 增强 UCP1 表达和 BAT 产热。研究纳入 101,243 人，其中 8,897 人为 BAT 阳性，经倾向评分匹配和多变量校正后，98 种疾病与 BAT 显著相关，其中 92 种在 BAT 阳性人群中更少，以 T2D、慢性缺血性心脏病、高血压等心血管代谢疾病最明显。
Phys.org结核分枝杆菌必需基因互作图谱在 Nature 发表，可指导抗生素组合
洛克菲勒大学 Jeremy Rock 团队在 Nature 发表研究，构建了结核分枝杆菌（Mtb）必需基因互作的最全面图谱。团队改造 CRISPRi 使其能同时抑制两个基因，先在 Mycobacterium smegmatis 中优化方法，再在 Mtb 中分析 762 个基因，鉴定出近 6,500 个基因互作。通过比较已知功能基因与未知功能基因的互作模式，研究者发现若干未表征基因参与电子传递链，并用 AlphaFold 3 辅助分析分子层面的互作。
医药产业
BioSpace另有 3 家信源报道诺华确认 Zolgensma 相关肿瘤报告 9 例
诺华向 BioSpace 确认，在接受过脊髓性肌萎缩症基因疗法 Zolgensma 治疗的患者中已报告 9 例肿瘤，其中 2 例显示载体整合进患者 DNA 的证据，这两名患者已接受治疗并继续被监测，另有 7 例尚未与疗法建立因果关系。Zolgensma 于 2019 年获批用于两岁以下 SMA 患儿，其说明书已包含 AAV 载体整合可能导致肿瘤的理论风险警示。诺华表示，截至周四已有超过 6000 名患者在临床试验、管理准入项目和商业治疗中接受该疗法。SMA Europe 称相关监管机构正在评估现有证据，并已要求诺华及时公开沟通。此前该疗法的安全争议主要集中在肝脏相关不良事件。